30 августа 1816 года Сперанский получил указ о назначении его пензенским гражданским губернатором. Это было прощение, и былые недруги поспешили выразить свое почтение бывшему статс-секретарю. Сперанский сразу нашел государственный подход к местному управлению, план реформирования которого он предлагал еще в проектах 1808–1809 годов. Он начал с того, что ввел довольно редкую по тем временам практику: организовал прием граждан по личным вопросам для того, чтобы знать истинное положение вещей. Центру Сперанский предложил ряд мер: усилить власть вице-губернаторов за счет уменьшения нагрузки губернатора, законодательно определить размер повинности, дать крестьянам право судиться с помещиком, запретить продажу крестьян без земли, устранить препятствия для перехода крестьян в вольные хлебопашцы.
22 марта 1819 года Александр I подписал указ о назначении Сперанского генерал-губернатором Сибири. Император давал Сперанскому полтора-два года, чтобы навести порядок в Сибири, вскрыть все злоупотребления и составить предложения по коренному переустройству края. Новые обширные полномочия не могли не льстить самолюбию Сперанского. К тому же из указа было очевидно, что все былые подозрения сняты, что возвращение в столицу не за горами и, главное, что император видит его в будущем рядом с собой.
Практическая деятельность Сперанского в Пензе и Сибири не могла не повлиять на его взгляды. Если раньше преобразования он связывал с политическими свободами граждан, то теперь он пришел к выводу, что начинать необходимо с гражданских прав, которые «должны предшествовать преобразованиям политическим». В ряду гражданских преобразований на первое место Сперанский выдвигал реформу губернского управления. Им были разработаны и внесены для утверждения несколько законопроектов, затрагивавших различные стороны управления Сибирью (о компетенции и ответственности генерал-губернатора, о составе и структуре губернских учреждений и так далее). Образованный царем летом 1821 года специальный Комитет для рассмотрения отчета Сперанского одобрил все его предложения.
Наконец 8 февраля 1821 года Сперанский пустился в долгий обратный путь из Тобольска. 22 марта он был в Петербурге. «К обеду в Царском селе. Встреча Елисаветы. Какая встреча! Странствовал девять лет и пять дней», – записал Михаил Михайлович в дневнике. Сколько всего пережито, а Сперанскому всего 49 лет. За период с 1812 по 1821 год, который он провел в ссылке и на «выслужении», прошла целая эпоха, грандиозная по своей значимости для России.
Летом 1821 года Сперанский был назначен членом Государственного совета по департаменту законов; ему были пожалованы 3500 десятин земли в полюбившейся ему Пензенской губернии. Дочь его Елизавета была произведена во фрейлины. Но этим царские благодеяния ограничились…
Пришедшему на смену брату императору Николаю I посоветовали поручить написание Манифеста о восшествии на престол именно Сперанскому. Ирония судьбы заключалась в том, что в случае своей победы декабристы также планировали обратиться с подобной просьбой к Сперанскому и даже прочили ему место во Временном правительстве. Зная об этом, Николай I устроил Сперанскому проверку, заставив его участвовать в Верховном уголовном суде над декабристами. Все это чрезвычайно тягостно подействовало на Сперанского. Многих активных участников попытки переворота он хорошо знал, а Гавриила Батенькова, который долго жил в доме Сперанского, любил как сына.
Новый император столкнулся с удручающим состоянием российского правосудия. Его по-военному четкий склад ума требовал однозначных ответов, но законодательство, призванное вносить ясность, находилось в состоянии хаоса. Поэтому передача полномочий главы Комиссии по составлению законов Сперанскому была вызвана не особым доверием, а неотложной необходимостью. В 1830 году под руководством Сперанского было издано 45 томов «Полного собрания законов», содержащих 42 000 статей по истории развития русского законодательства. На основании всего этого под руководством Сперанского была начата работа над новым «Сводом законов», куда вошло только то, что «оставалось неизменным и ныне сохраняет свою силу и действие».
19 января 1833 года на заседании Госсовета было решено, что с 1835 года «Свод законов Российской империи» вступает в силу в полном объеме. Николай I торжественно снял с себя Андреевскую звезду и надел ее на Сперанского.