Впервые в русской политической мысли Десницкий высказался о необходимости не только отделения суда от администрации, но и об установлении принципа независимости и несменяемости судий. Он писал, что судебная власть должна быть относительно независимой от воли монарха, хотя право назначать судей должно остаться за ним. В то же время судья не может быть снят со своего поста и должен пребывать на нем пожизненно, «…притом ему полная власть дана… судить всякого без изъятия так, что и апелляции на него делать никому б не дозволялось, разве в случае, когда он явно против закона кого осудит». Но и в этом случае монарх не выносит решение о судьбе нарушившего свой долг судьи: дело разбирается
Сенатом, а монарху предоставляется лишь право в случае установления факта виновности подвергнуть судью штрафу и наказанию.
Несмотря на то что автор «Представления…» декларирует право монарха назначать судей, в то же время он стремится поставить это право в определенные рамки. Так, судьей может стать лишь тот, кто сдаст экзамен профессорам юридического факультета, а затем – корпорации адвокатов. После сдачи экзаменов кандидат в судьи должен еще не менее пяти лет практиковать в качестве адвоката. Дела рассматриваются судьей с участием 15 присяжных – автор называет их «свидетелями». Таким образом, выработанные Десницким положения, касающиеся «судительной власти», в случае их реализации могли способствовать превращению судебной власти в институт, который вполне мог бы противостоять изменчивой воле монарха.
Основной задачей «наказательной власти» Десницкий считает «спокойство и тишину наблюдать в порученных себе местах, то есть воров, разбойников и подобных сим в тюрьму брать», «осужденных в тюрьме содержать и приказанном судьями месте казнить», «собирать подушное и пошлины из земельных владельцев». «Наказательная власть», согласно проекту Десницкого, возлагается на «воевод», назначаемых монархом. За воеводами устанавливается строгий судебный контроль. Жалобы на их действия должны рассматриваться в Сенате, после чего воевода может быть подвергнут «произвольному монарха штрафу или наказанию».
Для охраны правопорядка Десницкий разработал вопросы организации «полиции», которая должна «показывать все то, что принадлежит до благоустроения и благосостояния, удобного содержания и безопасности обывателей, и рассуждать о средствах, надобных к предупреждению внутренних волнений и к защищению от неприятельских нападений».
В «Представлении…» Десницкий также разработал положения о необходимости введения местного самоуправления: «Сия власть поручена должна быть таким людям, которые в городе живут и у которых больше дел отправляется в городе. Следовательно, такую власть иметь можно дозволить гражданам, а более еще купцам и художественным людям». Это представительство должно было в столичных городах состоять из 73, а в губернских и больших провинциальных – из 12 человек, избираемых на два года, но только из купцов и дворян.
В проектируемых им органах гражданской власти Десницкий отводил преобладающую роль купечеству. Так, из 73 членов городского самоуправления в столицах на долю купцов приходится 55 мест, а на долю дворян – только 18, в губернских и провинциальных из 12 членов купцов – семь, а дворян – пять. Не менее характерно, что членами городского самоуправления как в столицах, так и в провинции должны назначаться только купцы первой гильдии.
Полномочия проектируемых Десницким органов «общественного управления» ограничивались вопросами местного хозяйства (продовольственное дело, городское строительство, дорожное дело и местные финансы). На исполнительные органы этой гражданской власти возлагалась обязанность рассматривать дела об административных нарушениях, но под контролем суда. Обиженные могли жаловаться на постановления этих органов «судительной власти».
С.Е. Десницкий был противником крепостного права – прежде всего в силу его экономической неэффективности. Он не говорил о необходимости немедленной отмены крепостного права, но указывал, что следует как можно скорее ограничить личное рабство крестьян. Екатерине II Десницкий предлагал принять законы, запрещающие продажу крестьян без земли и разрушение их семей, так как это вредит не только крестьянам, но и самим помещикам. В приложении к своему труду «Представление…» Десницкий писал: «Противны человеколюбию, пагубны для государства, вредны самим помещикам ныне чинимые продажи крестьян в розницу или хотя и семьями, но без земель». Да и сам перевод в дворовые даже без последующей продажи является нежелательным для земледельческого хозяйства, самого помещика и крестьянской семьи. Поэтому данный процесс также следует регламентировать. Десницкий предлагает обязать помещиков самим, а не через посредников, отбирать дворовых, ограничить срок нахождения в этом состоянии, а также установить определенную компенсацию для семьи, которая лишается рабочих рук. Правда, исполнения всех своих проектов Десницкий ожидал от просвещенных помещиков в добровольном порядке. Главным шагом к освобождению крестьян должно было стать предоставление им права собственности на орудия их труда.