Суждения о личности Никиты Ивановича, истинного сына своего века, сохранились также в мемуарах одного из осведомленных и образованных его современников – Ф.Н. Головина, собеседника Вольтера и французских королей. Он утверждал, что Панин обладал большими достоинствами и «его отличала какая-то благородность в обращении, во всех его поступках… внимательность, так что его нельзя было не любить и не почитать: он как будто к себе притягивал. Я в жизни моей видел мало вельмож, столь по наружности приятных. Природа его одарила сановитостью и всем, что составить может прекрасного мужчину. Все его подчиненные его боготворили».
Желая показать императрице свое усердие, главный воспитатель придумал игру, которая должна была удержать великого князя от шалостей и дурных поступков. Он начал выпускать особые «Ведомости», где в отделе «Из Петербурга» упоминались все проступки Павла Петровича. Панин заверял, что о них будет знать вся аристократия Европы, так как «Ведомости» рассылаются по разным странам.
Сильное влияние гофмейстера на наследника не могло не беспокоить императрицу. Чтобы несколько уменьшить эту опасность, она через год после воцарения назначает его также главой департамента иностранных дел, и в самом деле полагая, что он, благодаря своим европейским связям, наиболее подходит для этой должности.
В 1767 году Екатерина привлекла Никиту Панина к работе Уложенной комиссии (1767–1769), которая была создана ею как бы в осуществление обещанных в Манифесте твердых «государственных установлений». Этот временный коллегиальный всесословный орган предусматривал разработку и обсуждение важнейших законов. Он оказался малоэффективен, но работали в нем многие талантливые люди, в том числе Д.И. Фонвизин, в то время уже известный писатель. Там и состоялось его первое знакомство с Паниным. А в 1769 году Никита Иванович пригласил Фонвизина в департамент иностранных дел. С тех пор их сотрудничество, как по службе в департаменте, так и в качестве соавторов и единомышленников в разработке основных положений «конституции», стало постоянным. К тому же оба принадлежали к масонству, которое в 1760-е годы продолжало влиять на общественную жизнь русской аристократической верхушки.
Росту политического влияния Никиты Панина весьма способствовали обстоятельства подавления восстания Пугачева. 9 апреля 1774 года скончался генерал-аншеф А.И. Бибиков, руководивший всей кампанией. Пугачев набирал силу, была захвачена Казань, разорен Саратов. Требовалось срочно назначить нового опытного командующего карательной армией. Тогда-то ловкий Никита Иванович и напомнил императрице о своем брате – генерале Петре Панине, который пребывал в опале и жил в Москве. После героической баталии и взятия турецкой крепости Бендеры (27 ноября 1770 года) Петра Ивановича наградили орденом Святого Георгия и отстранили от дел. Его оппозиционные настроения были известны императрице. По свидетельству М. Пассек, именно Петр Панин стал инициатором московского восстания («чумного бунта») 15 сентября 1771 года, за что и поплатился. Но теперь, в трудный момент, Екатерина II закрыла на это глаза. А.С. Пушкин, изучая историю Пугачевского бунта, замечал: «В сие время вельможа, удаленный от двора и… бывший в немилости, граф Петр Иванович Панин сам вызвался принять на себя подвиг, недовершенный его предшественником. Екатерина с признательностью увидела усердие благородного своего подданного».
29 июля 1774 года был подписан рескрипт Военной коллегии, объявляющий Петра Панина командующим войсками, направленными против Пугачева. Однако, зная о политических амбициях братьев и не чувствуя себя уверенно, Екатерина одновременно призвала на помощь князя Г.А. Потемкина: она рассчитывала, что именно он первым известит ее о поимке Пугачева. И все-таки генералу Панину удалось послать курьера раньше. Весть об этом облетела всю Россию, и общественное мнение сложилось в пользу Паниных. Правда, спустя некоторое время Петр Иванович, пожалованный за поимку Пугачева должностью «властителя» Оренбургского края, мечом, алмазами украшенным, орденом Святого Андрея Первозванного и 6 тысячами рублей серебром, вновь оказался в опале.
Недоверие Екатерины к братьям Паниным возрастало по мере приближения совершеннолетия цесаревича, связанного с вопросом о его бракосочетании. Мать заблаговременно стала подбирать сыну невесту. Она повела переговоры с ландграфиней Гессен-Дармштадтской насчет смотрин трех ее дочерей. Выбор пал на Вильямину, образованную молодую принцессу, жаждущую известности. В эти переговоры вмешался Никита Панин, в чем и был уличен.