Защита следующей диссертации – «Очерки общей теории гражданского права» – дает Муромцеву степень доктора гражданского права (1877) и звание профессора (1878) с окладом 3000 рублей, что позволяло вести вполне обеспеченную жизнь и иметь достаточно свободного времени для научной работы. Вскоре Муромцев избирается (1880) председателем Юридического общества при Императорском московском университете, став сначала секретарем юридического факультета, а затем и проректором университета (утвержден в феврале 1881 года сроком на три года). В признание его заслуг Муромцеву был «всемилостивейше пожалован» орден Св. Станислава 2-й степени (январь 1881 года).
Однако уже в августе 1881 года, т. е. спустя всего несколько месяцев после гибели Александра II, Муромцев увольняется от должности проректора, а вскоре приказом министра народного просвещения от 22 августа увольняется и от должности профессора университета. В его архиве сохранился официальный документ с указанием причин отставки. Это «копия отношения окружного инспектора ректору Московского университета об увольнении проф. Муромцева С.А. ввиду его политической неблагонадежности»… С.А. Муромцев смог вернуться к преподаванию лишь двадцать лет спустя, когда в июне 1906 года вновь был утвержден профессором Московского университета по кафедре гражданского права.
Муромцев был, несомненно, цельной личностью, человеком одной идеи. Это видно по его лекциям, о которых сохранились воспоминания современников. Все они отмечают не только глубину и разносторонность его знаний, но и его попытку донести до слушателей либеральные ценности. Целью лекций Муромцева было формирование нового либерального общественного сознания. Свои либеральные принципы Муромцев активно проводил и в работе Юридического общества при Московском университете. Общество, объединявшее профессоров, адвокатов и студенчество, позволяло преодолеть формальные рамки бюрократической иерархии учебного процесса и в этом смысле само становилось важным институтом гражданского общества. Именно в рамках Юридического общества, где велись дискуссии по принципиальным вопросам теории и практики правовых реформ, Муромцев впервые проявил себя как общественно-политический деятель, стала очевидна способность рассмотреть всякий конкретный вопрос в общей перспективе государственного развития. Неотъемлемой частью этой деятельности стала работа Муромцева по изданию журнала «Юридический вестник», где отражались дискуссии в правовой науке, давалась критическая оценка новых идей и инициатив. «Я хочу придать этому журналу новый, живой характер, как в научном отделе, так и в практическом, – писал Муромцев. – Стараюсь завести организованную правильно судебную хронику и в ней бросить в нашу практику судов и адвокатов семена новых практических идей, взглядов, более благотворных, нежели те, кои руководят практикой теперь». Эта деятельность сделала Муромцева значимой общественной фигурой, определила его особый статус в университетской среде.
Именно Юридическое общество и «Юридический вестник» стали теми центрами, вокруг которых группировалась либеральная интеллигенция и рассматривались планы нового государственного устройства. В условиях, когда проекты конституционной реформы не могли обсуждаться открыто, неформальный характер научных и политических дискуссий в Обществе позволил заявить важнейшие идеи либеральной программы. Объективно неизбежные политические реформы, считал Муромцев, не должны застать общество врасплох. Необходима поэтому большая подготовительная работа по введению новых институтов народного представительства. Эта работа должна заключаться в создании важнейших законопроектов, призванных заложить основы конституционного строя. Муромцев и его коллеги исходили при этом из идеи радикальной реформы, движущей силой которой должно быть само правительство.
Это убеждение нашло выражение в составленной Муромцевым и рядом других общественных деятелей развернутой записке «О внутреннем состоянии России весною 1880 года», опубликованной позднее в «Вестнике Европы» (апрель 1881-го). Данная записка, поданная М.Т. Лорис-Меликову в марте 1880 года и получившая распространение в рукописном виде, содержала критический анализ государственного устройства и усматривала выход из положения во введении представительного правления – призвании избранных представителей народа к участию в управлении и предоставлении свободы выражению общественной мысли. «Вывести нашу страну из того заколдованного круга, в который она попала, не может ничто, кроме призыва в особое самостоятельное собрание представителей земства к участию в государственной жизни и деятельности, с прочным обеспечением прав личности на свободу мысли, слова и убеждения». Русское общество, заявляли авторы записки, не менее Болгарии «созрело для свободных учреждений» и чувствует себя униженным, что его так долго держат в опеке. В созыве представительного учреждения виделся основной способ остановить деятельность враждебных государству («анархистских») партий.