Слухи же о возможной отставке только что избранного председателя взялся развеять А.И. Гучков. «Ну разумеется, – сказал он в интервью «Голосу Москвы», – все эти слухи лишены всякого основания. Николай Алексеевич Хомяков слишком желанный человек для всей Думы, чтобы он мог отказаться от почетного председательского кресла… Избрание Хомякова для России очень важно. При условии долговечности Третьей Думы – а это можно считать вполне обеспеченным – председателю придется очень часто ездить во дворец, – очень важно поэтому, чтобы председателем был человек, угодный при дворе и независимый, с определенной физиономией и прекрасным прошлым, а Николай Алексеевич именно такой человек; с ним в придворных кругах считаются, и очень серьезно». Похоже, не протолкни Гучков в председатели Хомякова, фракция октябристов развалилась бы с самого начала. В ней вполне реально существовало левое крыло, выступавшее против любых блоков с правыми. Фигура председателя консолидировала не только Думу, но и октябристскую фракцию.
В III Думе Хомяков с речами практически не выступал, исполняя исключительно председательские функции. На этом поприще он стал одним из главных действующих лиц большого конфуза, случившегося весной 1908 года. 24 апреля в Думе, в присутствии министра финансов В.Н. Коковцова, обсуждался вопрос о причинах убыточности отечественных железных дорог. Возникла идея, сформулированная П.Н. Милюковым так: «Мы считаем необходимым образовать парламентскую комиссию по расследованию причин убыточности нашего казенного железнодорожного хозяйства». Коковцов отреагировал: «У нас, слава Богу, нет еще парламента». Реплика не вызвала сверхбурной реакции, но на следующий день депутаты пожелали ее обсудить. Хомяков воспротивился: «Мы не можем ставить как отдельный вопрос обсуждение неудачно сказанных кем бы то ни было слов. Как председатель я не имел никакой возможности остановить министра финансов, когда он сказал свое неудачное выражение; я не имел возможности и не имел даже права, но я считаю, что я имею возможность, имею и обязанность не допускать обсуждения этих слов в дальнейшем».
Это высказывание тоже никого особенно не затронуло – никого, кроме председателя Совета министров П.А. Столыпина. Как вспоминал В.Н. Коковцов, тот встретился с Хомяковым и заявил ему, что это выступление его, Столыпина, «крайне удивило и ставит перед ним даже вопрос о том, как быть министрам, если председатели Думы начнут награждать министров различными эпитетами за произносимые ими речи вместо того, чтобы предоставить Думе в лице ее членов возражать им по существу, и будут делать это еще в присутствии министров; что перед ним стоит даже вопрос о том, согласится ли министр финансов являться в Думу после такого инцидента, а если не согласится, то он, Столыпин, отнюдь не станет уговаривать его, вполне понимая, что и сам он поступил бы точно так же, и тогда встанет во весь рост вопрос о таком конфликте между Думой и Правительством, который просто не знаешь, как разрешить».
При этом Коковцов на момент разговора Столыпина с Хомяковым об инциденте даже не знал. А узнав, махнул на него рукой, сказав, что раздувать его не намерен и вообще считает слова «слава Богу» в своей реплике ошибочными (Столыпин же, наоборот, сказал, что это очень правильно: парламента действительно нет, и слава Богу, что нет). В свою очередь, Хомяков заявил Столыпину, что ему и в голову не приходило обидеть Коковцова: если бы «Владимир Николаевич подал в отставку из-за этого неосторожного шага, то я и сам тотчас же уйду из председателей». Хомяков сначала не понял, в чем состоял его проступок, и думал, что поступил чрезвычайно умно, не позволив депутатам говорить на скользкую тему и предложив простой выход из возникшего инцидента. Однако после беседы со Столыпиным пообещал, что завтра же в Думе возьмет свои слова назад. «Ведь так, пожалуй, по моим стопам члены Думы начнут подносить в своей критике и почище эпитеты, а кто же запретит министрам отвечать на них и в еще более повышенном тоне, от верхнего до диеза, и тогда действительно придется святых выносить из залы».
«Наш милейший Хомяков заварил кашу, пусть он ее и расхлебывает», – сказал Столыпин. 26 апреля 1908 года, председатель Государственной думы, открывая заседание, заявил: «Я вполне сознаю, что поступил некорректно в смысле формальном по отношению к министру, речь которого я квалифицировал, некорректно по отношению к членам Государственной Думы, не допустив их обсуждать слова министра после речи графа Уварова, когда они могли желать высказать свое мнение… Но, господа, я должен сказать, что, кроме наказа, кроме письменных регламентов, я знаю еще другой регламент – это моя совесть. Я считаю, что если предо мной в Государственной Думе от кого бы то ни было, будь то от правительства или будь то от кого-либо из членов Государственной Думы, падет искра, от которой может вспыхнуть пожар, я считаю своим долгом, вопреки регламенту, эту искру потушить. Если мне удалось это сделать, я не могу об этом забывать и до последних дней моей жизни буду вспоминать об этом с удовольствием, а не с раскаянием».