Все это говорит о том, что думская бюрократия была такой же, как и повсюду в России. Дела продвигались долго и неэффективно. Разумеется, Н.А. Хомяков не мог избежать соприкосновений со столь нелюбимым им «мертвым канцелярским делом». С другой стороны, политическая составляющая деятельности Думы к 1910 году приобретала все более обостренный характер. В этой ситуации председатель не чувствовал ничьей поддержки. Я.В. Глинка писал: «Сохраняя беспристрастность на кафедре, Хомяков не верил в поддержку в нужные моменты председателя своей фракцией во главе с ее лидером Гучковым… Остроумный, он был чужд всяких интриг, прямодушен и совершенно не способен к борьбе. Его возмущала и политика своей партии, и неестественный блок с партией Маркова 2-го и Пуришкевича… То, что октябристы не только не поддерживали, но даже топили Хомякова, это несомненно. Правые, ведя систематическую травлю Хомякова, всегда находили поддержку в известной части центра».
Неважно обстояли дела и в Думе в целом. Николай Алексеевич не раз указывал на отсутствие у самих думцев веры в плодотворность их деятельности. Бесконечные споры о том, есть ли в России самодержавие или нет, ему прекратить так и не удалось. Он неоднократно призывал общество посмотреть на этот вопрос с практической точки зрения: «Споры о неограниченности или ограниченности власти монарха, о конституции или самодержавии, мне, признаться, кажутся игрой слов… С моей точки зрения, этот вопрос тесно связан с вопросом о Думе. Будет Дума авторитетна – у нас самодержавия не будет. Дума не будет авторитетна, народ не увидит в ней пользы для себя – и самодержавие окрепнет». Для поднятия думского авторитета председатель призывал депутатов «работать, работать и работать». Тщетно.
Сложно складывались отношения у Хомякова с товарищами председателя – князем Волконским и заменившим Мейендорфа Шидловским. Я.В. Глинка, который, можно сказать, жил на этой «кухне», вспоминал, что его «неприятно поражало всегда желание Волконского затереть Хомякова. Во все выдающиеся моменты он старался выдвинуть свою фигуру. Он закрывал сессию и объявлял указ о возобновлении ее. Он председательствовал, когда проходили крупные законопроекты, он же вел заседания по общим прениям по бюджету. Но лишь только он чувствовал, что может произойти скандал, он уступал место Хомякову. Это право, присвоенное им себе в распределении председательствования, ему казалось настолько естественным, что однажды… мне пришлось быть свидетелем такой сценки. Волконский с Шидловским распределяли между собой дни председательствования на предстоящую неделю. Оказалось, что для Хомякова не было места. Стоявший тут же Николай Алексеевич сердито сказал: „А когда же я буду председательствовать?“…Через час я узнаю, что Хомяков вечером уезжает к себе в имение».
Николая Алексеевича сильно беспокоили препятствия, возникавшие в Государственном совете при прохождении принятых Думой законопроектов. Он пытался докладывать об этом императору, но прекрасно известно, насколько ненадежной опорой был Николай II. Думского председателя выводило из равновесия небрежное отношение к Думе правительства; в 1910 году он уже не мог без раздражения произносить фамилию Столыпин.
Кстати, как самого Столыпина, так и действия возглавляемого им правительства Хомяков изредка позволял себе публично критиковать. Он был единственным среди октябристов противником аграрной реформы по Столыпину, имел свой взгляд на русскую деревню и не собирался его скрывать. В 1909 году Николай Алексеевич резко критиковал политику массовых казней участников крестьянских волнений 1904–1905 годов, политику, которую С.Ю. Витте в своих мемуарах называл «игрой виселицами и убийствами под вывеской полевых судов». В интервью «Речи» 16 сентября 1909 года он говорил: «Совершенно не понимаю, кому нужны все эти казни?.. Точно довешивают! Прошло уже 5 лет, как были совершены многие из тех преступлений, за которые теперь казнят… Я не думаю, чтобы казни дали особое удовольствие и тем, кто вешает. И главное, пользы от них нет никакой. К чему же это нужно?»
В общем, Хомяков оказался в одиночестве, в котором на самом деле и пребывал с момента избрания. До поры до времени он устраивал всех, однако безоговорочной поддержки не имел ни у кого. Его фактически выживали из председателей. Этот процесс достиг кульминации в начале марта 1910 года. На заседании второго числа Милюков произнес большую речь о внешней политике в связи с докладом министра иностранных дел о новых штатах министерства. Содокладчик от бюджетной комиссии член Думы Крупенский сказал, что невозможно оппонировать Милюкову по этому вопросу, так как сам министр тему внешней политики не затрагивал, и вообще существует статья 12 Основных законов: «Государь Император есть верховный руководитель всех внешних сношений».