Хомяков ответил Крупенскому: «Я должен сделать… замечание. Направлять прения, останавливать ораторов и не допускать ораторов говорить то, что по закону им не предоставлено, возложено на Председателя Государственной Думы. (Рукоплескания слева и в центре.) Я глубоко убежден, что Государственная Дума сознательно избирала своих председательствующих. Я думаю, что выбранные вами председательствующие не хуже каждого из членов Думы знают ст. 12 Основных Законов, и всякий председательствующий не допустит в этой зале ни единого движения вопреки этой статье. Ни единое постановление, ни единое пожелание, ни единый переход, указывающий на направление политики, здесь допущены не будут, ибо это есть прерогатива монарха, которой никто здесь оспаривать не смеет. Ни единого слова в этом направлении не было сказано, поэтому председательствующий ни разу не остановил оратора, а остановил докладчика».
Известный своей скандальностью деятель из числа правых В.М. Пуришкевич также произнес речь на тему международной политики, в которой вопрошал, с какой стати советник посольства в Италии Крупенский (однофамилец члена Думы) назначен посланником в Христианию (нынешний Осло). Хомяков Пуришкевича остановил, отметив: «Посланники назначаются Государем Императором в качестве его представителей, почему я покорнейше прошу Вас этого не касаться… Государь Император знает, кого назначить, и никто ему в этом указаний давать не может, тем более с этой кафедры».
Здесь Николай Алексеевич ошибся. По существовавшему праву представителями императора являлись послы, посланники же были представителями правительства. Это дало повод пятидесяти трем правым депутатам заявить протест. «Господин Председатель Государственной Думы, неоднократно обнаруживавший явно пристрастное отношение при произнесении речей ораторами разных партий, нарушил все общепринятые правила руководства собранием. Он не только превратным толкованием Основного Закона покрыл совершенно незаконное выступление оратора „оппозиции“… Милюкова, но и проявил недопустимую нетерпимость к вполне законным выступлениям оратора правых… Пуришкевича… Лишь несокрушимая энергия г. Председателя, не допускающего никакого обсуждения его изречений, не позволила оратору выяснить как незнакомство г. Председателя с общеизвестными нормами международного права, так и превратное толкование им действующих законов».
На следующий день, 3 марта, Хомякову пришлось вступить в конфликт не только с правыми, но и с левыми. Заседание прошло бурно. В Думу приехал министр народного просвещения Шварц. Поскольку его выступление не закончилось вовремя, кадеты потребовали объявить перерыв и отложить выступление. Так как председатель повел себя несколько нерешительно, многие кадеты вышли к трибуне и стали громко требовать перерыва во имя уважения министерства к Думе. Хомяков объявил перерыв, министр обиделся и уехал.
После перерыва обсуждение проблем образования продолжилось. Пуришкевич допустил очередную гнусную выходку, сказав, что среди совета старост Санкт-Петербургского университета есть женщина, которая «находится в близких физических сношениях со всеми членами совета». На кадетских скамьях поднялся шум, послышались выкрики: «Негодяй! Вон!» Хомяков с председательского кресла заявил, что «на совести того, кто говорит, лежит ответственность за сказанное». П.Н. Милюков высказался с места: «Бесполезно взывать к совести Пуришкевича!» После этого Дума превратилась в базар. Справа кричали: «Вон Милюкова, вон Милюкова!» Председатель взывал: «Вы не должны допускать безобразий». «Это Вы не должны допускать безобразий», – парировал Милюков. Хомяков в ответ заметил: «Со скамьи перебраниваться с Председателем Вы права не имеете. Вы запишитесь, а сейчас Вы слова не получите… Я останавливаю того, кого считаю нужным, и указки Вашей не требую». «Вы допускаете безобразия», – настаивал Милюков. В обстановке всеобщего крика объявили перерыв.
После перерыва Николай Алексеевич сделал заявление. «Я просмотрел стенограмму последних минут прошлого заседания и усмотрел, что член
Государственной Думы Пуришкевич позволил себе совершенно недопустимые слова в собрании, которое сколько-нибудь уважается говорящим. Он позволил себе оскорбить, хотя и анонимно, женщину в выражениях самой невозможной формы. Это вызвало то естественное негодование, которое проявилось в стенах Государственной Думы. Ввиду этого я считаю невозможным допустить члена Государственной Думы Пуришкевича продолжать свою речь. Но тем не менее, несмотря на то что случилось, я не могу не сказать, что члены Государственной Думы позволили себе совершенно невозможное отношение к инциденту и к Председателю. Во главе этого шума, этих криков, к сожалению, стоял лидер одной из больших фракций. Два раза мною было сделано замечание члену Государственной Думы Милюкову, который, несмотря на мои замечания, продолжал вести себя не так, как надлежит вести себя члену Государственной Думы. Поэтому я ставлю ему на вид самым серьезнейшим образом, что такое действие недопустимо и, скажу, постыдно со стороны человека, который должен бы уважать Государственную Думу».