В конце 1886 года Петрункевич после вторичной высылки из Черниговской губернии приехал в Тверь, где уже жил в ссылке и где теперь решил обосноваться надолго. Условия борьбы в Твери представлялись Петрункевичу более благоприятными, нежели в Чернигове. За время его пребывания в Твери в 1883–1886 годах в ссылке под гласным надзором полиции он приобрел большое количество единомышленников. Костяк этого кружка составляли его брат Михаил Ильич, а также семья Бакуниных. В Тверь, расположенную между Петербургом и Москвой, стремились многие из тех, кому было запрещено проживать в столицах. В результате местное общество пользовалось устойчивой репутацией одного из самых либеральных в России. Таким образом, Тверь стала для Петрункевича «колокольней, которая, однако, должна служить нам не препятствием, чтобы видеть Россию, а сторожевой вышкой, с которой горизонт будет шире и виднее».
В Новоторжском уезде Петрункевич приобрел участок земли, который позволил ему участвовать в выборах земских гласных в 1891 году. Это был фиктивный ценз: жил Петрункевич в основном в Москве. Но в 1897-м он поселился в имении «Машук» и, устроив там «конституционное гнездо» (по выражению Б.В. Штюрмера), жил в нем до 1905 года включительно. В этот период деятельность Петрункевича постепенно начинает переходить на общегосударственный уровень. Земскими вопросами он уже не занимался так же плотно, как в Черниговском земстве.
Поселившись в «Машуке», Петрункевич полагал, что достигнет «результатов наиболее важных и желательных: разъединенные и даже взаимно враждебные общественные силы прочно будут связаны в местном самоуправлении и через него достигнут коренной русской реформы – замены самодержавия конституцией». Этим обусловлено то, что это был период «напряженной общественной работы» за «освобождение нашей родины от режима исключительных положений, насилий и беззакония».
Это, безусловно, очень интересный этап в жизни и деятельности И.И. Петрункевича, самый плодотворный, по его собственному признанию. В своих воспоминаниях он отмечает, что за все время его работы в Новоторжском уездном земстве состав последнего практически не изменялся, что позволило стабильно и последовательно вести земскую деятельность. Имело значение и то обстоятельство, что если в Борзне Петрункевич со своими единомышленниками пришел фактически на пустое место и всю работу земства они были вынуждены налаживать с нуля, то на Тверской земле система уже существовала и нормально функционировала.
Серьезным новшеством, внесенным И.И. Петрункевичем в работу Тверского земства, была организация кредитного товарищества. Кредит, являясь необходимым условием для нормального ведения хозяйства, конечно, в деревне существовал. Однако кредитованием занимались, как правило, зажиточные крестьяне, которые предлагали крайне невыгодные для основной массы населения условия. Тем самым развитие крестьянских хозяйств существенным образом тормозилось. Заметив это, Петрункевич пришел к мысли устроить «кредитное товарищество, которое могло бы выполнить три задачи: оказывать своим членам недорогой краткосрочный кредит вообще; оказывать кредит для покупки всяких предметов хозяйства: лошадей, скота, сельскохозяйственных удобрений и так далее; брать на себя посредничество в продаже предметов хозяйства и оказывать кредит под залог продаваемых предметов». Однако в России существовал типовой, так называемый нормальный устав кредитных товариществ, и он не предусматривал функций, предложенных Петрункевичем. По этому поводу следовало подавать специальное ходатайство в Министерство финансов.
Для учреждения кредитного товарищества нужно было собрать не менее тридцати подписей его будущих участников. Однако крестьяне крайне неохотно ставили свои подписи под непонятным документом – недостающие автографы Петрункевичу пришлось собирать среди членов семьи. Эта проблема неготовности крестьян к ведению дел, требующих аккуратности и точности, вообще очень волновала Петрункевича. Тем не менее он рассчитывал, что сумеет уделять товариществу достаточно времени в качестве исполняющего контролирующие функции попечителя.
По прошествии года устав товарищества был утвержден министерством, и оно начало работать, преодолевая недоверие крестьян. По словам Петрункевича, изменила отношение последних к кредитному товариществу покупка им несгораемого шкафа для хранения денег. После этого дело начало налаживаться. Благодаря тому что И.И. Петрункевич настоял на утверждении 9 % годовых по займам вместо обычных 12 %, удалось предложить условия лучшие, нежели у конкурентов – зажиточных крестьян и мелких лавочников. Убедиться в успехе начинания Петрункевича приехал из Москвы М.Я. Герценштейн, в ту пору директор Московского земельного банка.