Петрункевич и члены его семьи также взяли на свое попечение несколько тверских школ. В своих мемуарах Иван Ильич вспоминал, как они «снабжали школы книгами и учебными пособиями, а также устраивали на рождественских святках ели для учащихся, причем ни разу не встретили ничего, что было бы похоже на вмешательство школьной инспекции или полиции».
В первые годы XX века в России в очередной раз приобрел чрезвычайную остроту земельный вопрос. В 1905 году И.И. Петрункевич опубликовал на эту тему специальную брошюру, в которой подчеркивалось, что «аграрный вопрос застал нас столь же неожиданно, как и японская война» и что, в то время как «Россия справедливо признается страной земледельческой по преимуществу, земледелие менее всего привлекало внимание правительства».
Начиная формулировать собственный проект аграрной реформы, Петрункевич пишет, что государство крестьянам должно. Долг этот юридически не зафиксирован, но он есть, и при разработке новой системы землеустройства необходимо это учитывать. Мотивировал он это так: «Нужды государства (по развитию главным образом обрабатывающей промышленности) непрерывно возрастали и покрывались в основном крестьянским населением». Вывод же из этого патриарх русского либерализма делает такой: «Отчуждение частновладельческих земель должно производиться в пользу и за счет государства на началах отчуждения недвижимого имущества в видах государственной необходимости, подобно тому как производится отчуждение под железные дороги, улицы, устройство крепостей и так далее». Государство же будет «отдавать отчуждаемую землю тем, которые больше всего в ней нуждаются, совершенно независимо от того, существовали ли когда-нибудь между бывшими и будущими ее владельцами обязательственные отношения».
Подобная постановка проблемы удивляет, поскольку Петрункевич к тому времени уже заработал себе устойчивую репутацию политика, действующего «во имя права и посредством права». Впрочем, он сам поясняет свою позицию: «Вопрос о праве принудительного отчуждения земельного имущества в принципе не может в настоящее время встречать возражений, так как современное государство отрешилось от идеи священной и неприкосновенной собственности».
Заметим, что аграрный вопрос был главным пунктом разногласий внутри самой конституционно-демократической партии. Партийные лидеры всерьез опасались раскола. На II Всероссийском съезде кадетов (январь 1906 года) развернулась дискуссия о том, насколько идея отчуждения земли соответствует либеральным принципам. И.И. Петрункевич, стремясь не допустить раскола партии в такой важной ситуации, сказал, что в целях сохранения партийного единства он готов отказаться от своих радикальных идей. При этом он отметил: «Никто не покушается на частную собственность, так как собственностью государства станет только та земля, которая отчуждается… Только этим путем мы сможем разрешить величайший кризис».
Трудно не согласиться с высказываниями И.И. Петрункевича о том, что реальная аграрная политика должна была поставить в свою основу вопрос о расширении площади крестьянского хозяйства. Не отрицая необходимости внедрять в крестьянскую среду новейшие достижения сельскохозяйственной науки, Петрункевич предрекал неудачу подобным попыткам до тех пор, пока величина крестьянского надела не будет существенно увеличена.
Конструктивного решения так и не удалось найти. Споры по аграрному вопросу между либералами и правительством продолжались и были перенесены в Государственную думу.
Кадетская партия, признанным лидером которой считался И.И. Петрункевич, одержала победу на выборах в I Государственную думу: более трети депутатского корпуса (153 человека из 448) составили кадеты. Авторитет Петрункевича в партии еще со времен его бессменного председательства в Союзе освобождения был настолько велик, что после подведения итогов выборов вопрос о лидере парламентской фракции даже не стоял. Газета «Русские ведомости» написала, что, когда узнали, что И.И. Петрункевич выиграл выборы по Тверской губернии, стало ясно, что именно он, вероятнее всего, возглавит фракцию. Тем более что в ней тогда еще не было П.Н. Милюкова…
На съезде Конституционно-демократической партии (Партии народной свободы), состоявшемся в преддверии созыва I Думы (апрель 1906 года), конкретного решения о структуре фракции не было принято. Декларировались только общие принципы, формулируемые в духе постановлений IV съезда предшественника кадетов – Союза освобождения. Союз полагал, что его члены «могут вступать в Думу не ради участия в повседневных законодательных работах, а исключительно с целью борьбы за введение в России действительных конституционных свобод и учреждений на демократических основах, не стесняясь при этом перспективой возможности открытого разрыва с существующим правительством».