Работу по непосредственной организации деятельности фракции взял на себя Центральный комитет партии. 26 апреля на общефракционном собрании Милюков предложил избрать Временный комитет фракции из 10 человек на го дней, п мая 1906 года уже в постоянный состав Комитета было избрано 19 человек. 15 мая они определились с кандидатурами своих руководителей: председатель И.И. Петрункевич, его товарищи (заместители) М.М. Винавер и В.Д. Набоков, секретарь фракции А.С. Медведев.
Позиция Петрункевича как председателя Комитета во многом определяла политическую физиономию фракции. За 72 дня функционирования I Государственной думы Петрункевич выступал с трибуны пять раз. Выступления эти получили широкую известность и были изданы в 1907 году специальной брошюрой.
Эта брошюра начинается со знаменитой речи об амнистии – первого выступления, прозвучавшего с трибуны Государственной думы в день ее открытия, 26 апреля 1906 года. В тот день депутаты встретились с императором в Зимнем дворце, а затем направились в Таврический дворец, где должно было пройти первое заседание Думы. Плывшие на корабле по Неве депутаты миновали знаменитую петербургскую тюрьму «Кресты»; впечатление, произведенное тысячами, как казалось депутатам, простертых к ним оттуда рук, было настолько сильным, что согласованную ранее программу первого заседания решили изменить.
Сразу после избрания С.А. Муромцева председателем Государственной думы на трибуну поднялся И.И. Петрункевич и произнес речь об амнистии. «Долг чести, долг нашей совести повелевает, – сказал он, – потребовать амнистии для всех политических заключенных… Свободная Россия требует освобождения всех пострадавших». Очень короткое и сильное, это выступление действительно могло служить образцом ораторского искусства.
Печатный орган Партии народной свободы газета «Речь» писала, что «первые слова свободного собрания представителей народа… раздались спокойно, смело, уверенно». Им в ответ раздался гром аплодисментов; в этот момент «вся Дума испытала ощущение единства».
Вопрос об амнистии обсуждался и на последующих заседаниях. Здесь обнаружилось, что позицию, высказанную И.И. Петрункевичем, разделяют не все депутаты. Так, М.М. Ковалевский, выйдя на трибуну, предложил «довести до сведения Государя Императора о единогласном ходатайстве Думы о даровании им амнистии политическим заключенным». Петрункевич ответил: «Мы не желаем быть ходатаями, мы хотим быть законодателями». М.М. Винавер, занимавший в то время пост товарища председателя Комитета фракции, впоследствии писал об этом эпизоде, что «Партия народной свободы гордым окриком из уст Петрункевича отвергла мысль Ковалевского», тогда тоже, кстати говоря, кадета.
Известно, чем завершила свое существование I Дума. Замок, повешенный ночью на двери Таврического дворца, символизировал желание правительства продемонстрировать, кто в стране обладает реальной властью. Это привело к «продолжению заседания» Государственной думы на территории Финляндии, в Выборге, где действовали более либеральные законы. Именно там было подготовлено так называемое Выборгское воззвание, в котором экспарламентарии обращались к народу с призывом протестовать против роспуска Думы, оказывая пассивное сопротивление правительству.
Стенограммы выступлений, звучавших на этом собрании, в настоящее время находятся в распоряжении исследователей. Изучив их, можно судить о том, насколько участники совещания представляли себе всю тяжесть возможных последствий. Петрункевич, в отличие от некоторых своих коллег, сразу предрек подписавшим воззвание политическую смерть. Однако сделать это он полагал необходимым, более того, принял непосредственное участие в редактировании текста воззвания.
В итоге, как известно, состоялся суд, на котором участники собрания в Выборге были лишены политических прав. Отсидев два месяца в тюрьме, Петрункевич, которому уже перевалило за шестьдесят, стал постепенно отходить от партийных дел. Здоровье его к тому времени было уже далеко не идеальным, все больше времени он проводил в Крыму и все меньше принимал активное участие в текущей политической жизни. Его позиция в партии в это время действительно напоминала позицию патриарха: с 1909 по 1915 год он являлся председателем ЦК партии. Не вмешиваясь непосредственно в текущие дела, Петрункевич, избранный в 1915 году Почетным председателем ЦК кадетской партии, оставался для сподвижников неким нравственным ориентиром.