Понимая, что монополия на определение религиозной политики уходит из рук правых в сторону сложившегося октябристско-кадетского центра, Святейший синод, непосредственно руководивший значительной частью депутатов от духовенства, попытался перейти в контрнаступление. В конце мая 1908 года, незадолго до думских каникул, один из лидеров правых епископ Митрофан (Краснопольский) предложил Думе расширить состав комиссий по вероисповедным вопросам и по делам Православной церкви за счет крестьянских депутатов. «Менее искусное в диалектических тонкостях, которые приобретаются преимущественно на адвокатском и судебном поприщах, – аргументировал епископ, несомненно причисляя к лицам, поднаторевшим „на адвокатском поприще“, и частного поверенного Караулова, – духовенство, естественно, в словесных турнирах, в которые превратились заседания комиссий вероисповедной и по делам Православной церкви, должно было уступить своим оппонентам, а это значит не отстоять свою церковную точку зрения на предметы веры… Некоторые постановления, предпринимаемые указанными выше думскими комиссиями, производят сильное смущение в умах и сердцах верующего народа».
Коллегу-епископа поддержал и преподобный Евлогий. Он рассказал, что ему пришлось уйти с поста председателя комиссии по вероисповедным вопросам, так как «направление ее работ противоречит интересам Православной церкви», и тоже предложил включить в комиссию депутатов-крестьян, «ввиду не соответствующего интересам православной веры направления в рассмотрении вероисповедной комиссии вопросов». В.А. Караулов вынужден был ответить: «Такую редакцию этого предложения я считаю для нас, православных членов комиссии, оскорбительной и недопустимой. (Бурные рукоплескания.)»
С прямыми нападками на Караулова выступил на этом заседании и его постоянный оппонент, правый курский депутат Г.А. Щечков. Выпускник Московского университета, дипломированный юрист, бывший земец, ставший черносотенцем, он странным образом соединял в себе восторженную англоманию со столь же искренним антисемитизмом. «Я стою за участие крестьян в этой Комиссии, – сказал Щечков, – но не так стою, как Караулов и другие сочлены его по фракции, которые кричат о благе крестьян и между тем желают уничтожить крестьянское сословие и заменить его еврейским всесветным рассеянием. (Смех; Милюков с места: Какая гадость! Г-н Председатель, остановите его!)» Члены Думы большинством голосов отклонили идею расширения комиссий.
Больше полутора лет комиссия по старообрядческим вопросам во главе с В.А. Карауловым скрупулезно работала над поправками к проекту закона о старообрядческих общинах, внесенному в Думу министром внутренних дел. Для председателя комиссии это время не только работы над текстом закона, но и постоянных поездок по старообрядческим общинам по всей стране. 12 мая 1909 года он наконец выступил с большим докладом. В нем, от имени комиссии, предлагалось внести в министерский проект ряд принципиальных поправок. Проект предусматривал закрепление за старообрядцами (а их к тому времени в России насчитывалось не менее 12 млн) не только права на их веру, но и на ее проповедование. По мнению докладчика, «исповедание веры, ни логически, ни нравственно, ни юридически, неотделимо от понятия проповедания», ибо «проповедание составляет неотделимую часть самого исповедания, являясь для исповедающих известное вероучение обязанностью». Согласно проекту «комиссии Караулова» уменьшалось число лиц, имеющих право ходатайствовать о создании общины (с пятидесяти до двенадцати) – «дабы учесть ситуацию в отдаленных краях Империи, малонаселенных, каковою является вся Восточная Россия». Разрешительный порядок регистрации старообрядческой общины заменялся явочным, равно как и утверждение духовных лиц и старост – на их простую регистрацию в губернских правлениях. Предлагалось также закрепить за духовными лицами старообрядческой веры официальное наименование «священнослужители по старообрядчеству», приближавшее их к статусу священников Русской православной церкви.