Проводя эти принципы на практике, Муромцев столкнулся с задачами огромной сложности. Главное условие парламентаризма – наличие отлаженной парламентской процедуры, принятой всеми политическими партиями, – отсутствовало. В расколотом российском обществе не существовало согласия по самым принципиальным вопросам – о легитимности Думы, отношении к ней и способам работы в ней. Стремление бойкотировать Думу или использовать ее исключительно для целей идеологической пропаганды со стороны крайних партий, отсутствие ясных представлений о характере и значении законодательной работы у многочисленного депутатского собрания, игра амбиций партийных фракций и их лидеров, наконец, открытое неприятие Думы со стороны бюрократии ставили под вопрос саму возможность парламентаризма и содержали угрозу его срыва уже на начальном этапе.
Принципиальная заслуга Муромцева как председателя состояла в решительном переломе этих настроений. Позднее, на процессе по «выборгскому делу» (за подписание Выборгского воззвания председатель распущенной Думы был приговорен к трехмесячному заключению, которое отбывал в Таганской тюрьме в Москве), Муромцев особо подчеркнет, что «Первая Дума впервые придала неорганизованному, наполовину стихийному, движению народа формы организованные, что в стенах Государственной Думы партии, встретившись между собою, впервые поняли, что пора сойти с почвы митинга и встать на почву организованного собрания». Главным условием этого стало создание российской парламентской традиции, выражение ее в правовых документах или системе неписаных соглашений – прецедентов, имеющих характер обычного парламентского права. Решающий вклад Муромцева в этой области определяется его ролью в составлении Наказа Государственной думы – свода парламентского права и правил законодательной процедуры.
Работа по созданию Наказа велась при активном участии другого крупнейшего российского ученого – депутата Думы М.Я. Острогорского. Острогорский был автором классического труда «Демократия и политические партии», впервые показавшего опасность монополизации воли народа политическими партиями и их парламентскими группами. Как и Муромцев, он усматривал в отсутствии разработанного парламентского права серьезную угрозу демократии в России. Встреча двух ученых и согласование их проектов Наказа в марте 1906 года позволили создать единый документ, представленный позднее I Думе сразу после ее открытия.
По наблюдению В.Д. Набокова, данный проект лег в основу внутреннего распорядка деятельности Думы всех последующих созывов, действительно став основой российского парламентского права. Отстаивание Муромцевым данного распорядка, его явное беспристрастие в ходе острых политических дискуссий, иногда даже подчеркнутый формализм его оценок и разъяснений официальных документов и процедур – все это было результатом глубоко продуманной позиции, состоящей в правовой защите компетенции и статуса Думы как органа законодательной власти.
Значение С.А. Муромцева как лидера русского либерального движения было хорошо понятно уже современникам. Его смерть в Москве 3 октября 1910 года была воспринята в обществе как конец целой эпохи в развитии русского освободительного движения. Огромные демонстрации объединили всех тех, кто связывал с именем Муромцева движение России к демократии и цивилизации. Участник тех событий А.А. Кизеветтер вспоминал: «Москва всколыхнулась… Панихиды на дому были так многолюдны, что нечего было и думать, чтобы впустить в квартиру всех приходящих, и каждая панихида повторялась затем под открытым небом, на обширном дворе дома. Лес венков и громадная толпа окружили дом перед выносом тела, и, когда мы шли в похоронной процессии к университетской церкви, толпа все росла. Дошли до театральной площади и увидели, что она запружена новой громадной толпой. После отпевания процессия двинулась к Донскому монастырю, где совершалось погребение. Уже сгустились вечерние тени, когда у могилы начались речи. При свете факелов говорились эти речи, перед толпой, наполнившей обширную, пустую тогда, поляну вновь разбитого кладбища…»
В речах ораторов, представляющих лучшие силы русской общественности, Муромцев выступал как «национальный герой», выведший страну «из египетского плена» (П.Н. Милюков); «несомненный вождь русского освободительного движения» (М.М. Ковалевский); «великий гражданин земли русской» (Ф.Ф. Кокошкин); «наш учитель и наш вождь» (А.А. Кизеветтер).