Греки в СССР наряду с советскими людьми и другими иностранными гражданами испытали на себе всю тяжесть тоталитарной системы. Специальных гонений на это национальное меньшинство не было. Закрытие церквей, покушение на правовые интересы, коллективизация – это касалось всего населения СССР. Уничтожение церквей и гонения на священников коснулись и греков. В Ленинграде была национализирована греческая посольская церковь. При содействии Греческой миссии и НКИД были приостановлены закрытие греческой посольской церкви в Москве и высылка её священников за пределы СССР. Встал вопрос о греческих церквях в Севастополе, Керчи, Одессе. Советские власти собирались их уничтожить. Греческие же священники, согласно решению советских властей, обязаны были состоять в советском гражданстве. Священникам греческих церквей запрещалось выдавать греческим гражданам справки о крещении и бракосочетании, хотя эти справки были необходимы для внесения изменений в списки греческих граждан. В марте 1932 года греки ходатайствовали о сохранении этих церквей[64]. В июне 1932 года советскому полпреду в Афинах было послано сообщение из Москвы. В нём говорилось о том, что советское правительство пошло навстречу грекам в разрешении дел с церквями в Севастополе и Керчи, но отказало в отношении церквей в Ленинграде и Москве[65].
В переписке Греческой миссии с НКИД постоянно присутствовали просьбы разобраться с арестом тех или иных греков. В прилагаемых списках насчитывались сотни фамилий. По поводу одних просили указать причины ареста, по поводу других – ускорить следствие или освободить из-под ареста. Для многих греков наиболее сложным оставался вопрос с определением их гражданства. Для греков, прибывших из Турции в качестве беженцев, Миссия просила признать их греческое гражданство. Дело в том, что бывшим турецким подданным, которые по Лозаннской конвенции об обмене населением получили в греческих консульствах греческое гражданство, выдавались не паспорта, а вид на жительство. Местные же власти оказывали на них давление в целях снабжения их советскими паспортами. За отказ получать советские паспорта давали два года тюрьмы[66]. Однако было много греков, которые не имели даже вида на жительство. Им запрещалось свободно передвигаться по стране, их штрафовали, а также часто увольняли с работы за неимением советского документа[67]. По поводу выдачи им греческих паспортов сложилась парадоксальная ситуация. Миссия требовала справку от лиц греческой национальности для того, чтобы быть уверенной, что советские органы не будут оспаривать их гражданство, а райисполкомы не давали таких удостоверений без выданных Миссией свидетельств о национальности. Без паспорта греки не могли въехать на свою историческую родину. Лица, эмигрировавшие из Турции, могли быть либо турецкими подданными, либо греческими, но не советскими, поскольку не было издано закона о признании за ними советского гражданства. Но лиц, которые имели доказательства их принадлежности в прошлом к турецкому подданству и которые не приняли советское гражданство, следовало признать, по мнению Миссии, греческими подданными[68].
Критическим стал для греков, как, впрочем, и для всего населения СССР, 1937 год. Греческая колония (в то время насчитывалось около 150 тыс. человек) вызвала обширную дипломатическую переписку по правовым, имущественным и арестным вопросам[69]. Советские органы начали высылку греков из СССР с мотивировкой «нарушение правил для проживания иностранцев» либо на основании понятия «нежелательного иностранца»[70]. Особенно усилились аресты в декабре 1937 года. Именно в это время Греческая миссия стала регулярно подавать в НКИД списки арестованных греческих граждан, чтобы выяснить причины ареста. Многие греки обращались в Миссию с просьбой выдачи им национального паспорта для въезда в Грецию. Паспорта же выдавались лишь тем гражданам, которые высылались из Советского Союза по официальному представлению НКИД. В противном случае тысячи лиц греческой национальности желали бы выехать в Грецию. Греческое правительство не могло в тот момент принять на свою территорию всех греков, проживавших за границей. Об этом неоднократно заявлял греческий поверенный в делах Киндинис[71]. Помимо экономических проблем греческое правительство И. Метаксаса (1936–1941 гг.) опасалось, что беженцы из Советской России привнесут в Грецию коммунистические идеи. Ещё в октябре 1937 года в Греции был опубликован указ, объявлявший награды за головы коммунистов[72]. В общей сложности в декабре 1937 года Миссия просила выяснить причины ареста более 3000 греков диаспоры, но получила ответ лишь о 42 лицах[73].