В январе 1938 года в Москву прибыл с особой миссией поверенный в делах Греции Д. Николопулос. Во время своего визита в НКИД он поднял вопрос о массовых арестах греческих подданных, причём представил дополнительный список арестованных в 200 человек; всего же было подано в списках 911 фамилий[74]. В свою очередь и.о. заведующего 2-м Западным отделом НКИД Г. И. Вайнштейн указал Д. Николопулосу на ненормальное положение греческих подданных, выражающееся в том, что они не имеют национальных паспортов, а только свидетельства о национальности, выданные Миссией. По таким свидетельствам им не давали визы на въезд в Грецию. Получалось, что в СССР проживали греческие подданные двух категорий, из которых одна, с точки зрения греческого правительства, становилась неполноценной в тот момент, когда поднимался вопрос о выдаче визы на въезд в Грецию. Советские органы настаивали на урегулировании вопроса о национальности греческих подданных, проживавших в СССР, и считали необходимым, чтобы все они были снабжены национальными паспортами. Д. Николопулос считал, что такое требование советских властей ставит его и греческое правительство в весьма тяжёлое положение, так как выдача национальных паспортов всем грекам, имеющим свидетельства о национальности, «потребует большого труда и времени»[75]. По его мнению, греческих подданных в СССР проживало около 50 тыс., и он очень опасался, что возможность свободного возвращения на родину по национальным паспортам вызовет массовый приток этих лиц в Грецию. «А Греция, прибавил он, страна бедная, которая никак не может обеспечить должного существования большим массам греков, вернувшихся туда после войны с Турцией»[76]. Поэтому он просил о снисхождении и пообещал, что Миссия будет выдавать визы на въезд в Грецию высылаемым из СССР грекам со свидетельствами о национальности при условии, что у греков, проживающих на территории СССР, также останутся на руках свидетельства о национальности. Греческое правительство было готово совместно с компетентными органами СССР заняться подробным рассмотрением вопроса о подданстве греческого населения, проживавшего в СССР. По мнению поверенного в делах Греции Д. Николопулоса, основанному на недавно проведённом расследовании, вытекало, что многие из этих греков неправильно рассматривались в качестве греческих граждан.
В памятной записке, переданной в НКИД в январе 1938 года, указывалось, что местные власти Юга России приступили к массовым арестам и заключениям греческих граждан. В этом документе сообщалось, что семьи арестованных, лишённые своих защитников, подвергаются всевозможным репрессиям и лишениям. В Сочи, где арестована вся мужская часть греческого населения, местные власти сообщили семьям арестованных греческих граждан, что «они будут высланы вглубь страны в двухдневный срок»[77]. Из других городов также поступали сведения, что местные власти применяли всякого рода репрессии к семьям арестованных (выселение из занимаемых квартир, изъятие имущества и т.д.). Всё это происходило с населением «лояльным и спокойным», по мнению Миссии, которое нельзя обвинить ни во вредительстве, ни в шпионаже[78]. Если отдельные личности и совершали проступки, то в целом греческое население нельзя характеризовать как содержащее опасные элементы. В подтверждение были приведены статистические данные за 1924–1937 гг., которые показывали, что процент привлечённых к суду греческих граждан совершенно ничтожный в сравнении с массой греческого населения. Греческое правительство убедительно просило советское правительство не отказать дать в срочном порядке инструкции местным властям «о применении к греческим гражданам режима благоприятствования, как это имело место до конца 1937 года»[79].
В 1938 году советские власти стали высылать в основном греков, осуждённых по уголовным делам, что вызвало большую озабоченность у греческих судебных органов, которые просили предоставить им материалы по судебным делам высылаемых граждан. Особенно это касалось преступлений со спекуляцией валютой. Поэтому греческое правительство настаивало, чтобы эти граждане после освобождения оставались в СССР. Новый греческий посланник Маркетти во время первого визита в НКИД сразу же затронул этот вопрос. В своей ноте Маркетти просил, чтобы греков высылали не крупными партиями и чтобы эту меру применяли не только к освобождённым из тюрем, но и находящимся в заключении[80]. Правительство опасалось их массового притока в Грецию, где очень трудно было бы справиться с их расселением и с предоставлением им мало-мальски сносных условий существования. По подсчётам Греческой миссии за 1938 год, помимо высланных 1500 греков, было выдано 7 тыс. паспортов греческим подданным, изъявившим согласие добровольно покинуть пределы СССР. Всего же выехало в Грецию за эти годы более 10000 человек, не считая высланных[81]. Чаще всего в своих многочисленных нотах в НКИД Греческая миссия просила сообщить о судьбе греческих граждан и гораздо реже благодарила за сообщение об освобождении. На свой запрос по поводу арестованных в декабре 1937 г. греков Миссия не могла получить ответ до марта 1939 года. В марте 1939 года она была вынуждена делать запросы вторично. Ссылаясь на ноту от 27 мая 1938 года по вопросу об аресте в г. Севастополе греческого гражданина Андронико Элефтерия Антоновича, 24 марта 1939 года вторично просили НКИД «не отказать в своём срочном вмешательстве в целях разрешения выезда в Грецию названного гражданина, где уже находятся его мать и сестра. Судьбой греческого гражданина Андронико сильно обеспокоены, так как по состоянию своего здоровья он не сможет долго перенести длительное тюремное заключение»[82]. На эту просьбу через 4 дня НКИД отправил запрос в НКВД (В Греческой миссии в 1926 году работал чиновник по фамилии Андроникос, возможно, это был родственник, поэтому за него ходатайствовали). По поводу арестованного в Новороссийске в декабре 1937 года греческого гражданина Коласиса Николая Х. был послан второй запрос в мае 1939 г. В нём было написано: «ввиду того, что со дня ареста родственники указанного гражданина не получили от него никакого известия и находятся в большом беспокойстве, Греческая миссия просит Народный Комиссариат не отказать в любезности, сообщить, если возможно, его местопребывание, состояние здоровья и причину ареста»[83]. НКИД отправил запрос в НКВД в июле 1939 г.