В 1927 г. С.Г. Пушкарев женился на Юлии Тихоновне Поповой (1896-1961), дочери священника из родного Старого Оскола, которая до того жила в СССР и преподавала естествознание в средних школах Ленинграда. В октябре 1929 г. родился их сын Борис.
Занимая «непредрешенческую» позицию, Пушкарев сторонился эмигрантской политики меньшевиков, эсеров, кадетов и монархистов. В 1920-е гг. он короткое время интересовался евразийством. «С робкой надеждой» встретил Пражский манифест генерала А.А. Власова в ноябре 1944 г. В апреле 1945 г. выехал с семьей из Праги на Запад, но поезд был разбит американской авиацией. Пришлось задержаться в западной Чехии, куда вскоре вошли американские войска. А чешские партизаны, ограбив семью до нитки и продержав ночь в тюрьме, выдали ее Красной армии. Благодаря молодому лейтенанту, по профессии историку, который вел допрос, и его командиру, назвавшему себя «майором Павловым», встреча окончилась благополучно. В июле 1945 г. семья с транспортом беженцев прибыла из Чехии в американскую зону оккупации Германии. Здесь Пушкаревы провели четыре года в лагерях «перемещенных лиц», где Сергей Германович был директором и преподавателем русских средних школ.
При содействии проф. Г.В. Вернадского, с которым Сергей Германович был знаком по Праге, он приехал в июле 1949 г. с семьей в Нью-Хейвен (США) и в 1950 г. стал в Йелском университете преподавателем русского языка. В 1951-54 гг. читал курсы лекций по русской истории в Фордамском и Колумбийском университетах. Фонды Йелской библиотеки позволили ему частично восстановить утраченные по пути из Праги выписки из источников, и в 1953 г. в издательстве им. Чехова в Нью-Йорке вышел «Обзор русской истории», а в 1956 – «Россия в XIX веке».
С 1956 по 1972 год Пушкарев готовил материалы для трехтомной хрестоматии по русской истории «А Source Book for Russian History» (1972) и толковый словарь «А Dictionary of Russian Historical Terms» (1970). В течение 20 лет его кабинет в Йелской библиотеке служил местом консультаций для студентов и молодых американских историков. Ему было 88 лет, когда он переехал к сыну в штат Нью-Джерси, где разбирал свой архив и написал «Воспоминания историка: 1905-1945», вышедшие в Москве в 1999 г. Скончался С.Г. Пушкарев в Нью-Джерси 22 января 1984 г. и похоронен на кладбище Бивердейл в Нью-Хейвене.
Круг научных интересов С.Г. Пушкарева был широк, но основное направление уловить нетрудно. Первой работой в Праге был «Очерк истории крестьянского самоуправления в России» (1924). Затем следовали: «Как русский народ заселял Сибирь» (1925), «Очерк истории Донского казачества» (1926), работы о средневековом городе – на севере России и в Чехии; два очерка о целовальниках в Московской Руси (1933, 1936) и более десятка статей о роли Церкви в русской истории. Две из них переизданы в книге «Роль Православной Церкви в истории России» («Посев-США», 1985). «Историография Русской Православной Церкви и старообрядчества» (1974) перепечатана в «Журнале Московской Патриархии» (№ 5-7 за 1998 г.).
Главной работой пражского периода стала «Поземельно-передельная община в России» (ч. I 1939, ч. II 1941, ч. III утрачена), восполненная и переизданная в США (Newtonville, МА, 1976). Особняком от этой тематики – самоуправления в России – стоят работы о Петре Великом (1926 и 1974 гг.).
В США историк переходит к новым темам. Одна из них – Россия и Запад, другая – октябрьский переворот 1917 г. Развитию первой темы способствовала шокировавшая его русофобия ряда американских историков и публицистов. Он усердно опровергает расхожие кривотолки о русской истории. По второй теме он редактирует английский перевод книги С.П. Мельгунова «Как большевики захватили власть» («The Bolshevik Seizure of Power», Santa Barbara, CA, 1972) и пишет серию статей, вошедших в сборник «Ленин и Россия» («Посев», 1978, 1988).
К концу жизни он возвращается к теме, с которой начинал, пишет работы «Русская земля в безгосударное время 1606-1613» (1967) и «Элементы политической свободы и общественного самоуправления в допетровской Руси» (1976), задумывает большую книгу о свободе в России, опровергающую тезис «страна рабов». Ее он написать не успел. Вышедшее посмертно «Самоуправление и свобода в России» («Посев», 1985) – как бы ее конспект. Библиография работ С.Г. Пушкарева дана в «Записках Русской академической группы в США», т. XIX, 1986 (169 названий), в московском журнале «Библиография» № 4, 1994 (139 названий) и в диссертации О.Н. Семякиной «История России в творчестве С.Г. Пушкарева», МПУ, 2001 (216 названий).
Настоящая книга, возможно, самый значительный труд С.Г. Пушкарева. Вначале она вышла как «Россия в XIX веке». Но часть рукописи в опубликованный текст не вошла; кроме того, повествование заканчивалось 1914 годом. По просьбе американского издателя автор вместе с сыном дополнили текст, довели его до 1917 г., и книга увидела свет под названием «The Emergence of Modem Russia 1801-1917» в издательстве Holt, Rinehart & Winston в США (1963). Второе английское издание вышло в Канаде в университетском издательстве Pica Pica Press (1985).