Хотя Петр III заключил мир с Пруссией, война на этом не закончилась даже для русских войск. Нужно было еще победить Австрию, и не успели высохнуть чернила в подписях на мирном договоре, как русские и прусские войска столкнулись с австрийской армией в Саксонии. Петр III объявил, что встанет во главе армии для завоевания Шлезвига. Русский народ, поверивший, что с восшествием Петра на престол наступит мир, воинственных намерений царя не понимал и не разделял.
Поэтому понадобилось совсем немного времени, чтобы император, сначала встреченный с общим безразличием и усталостью от бесконечной войны, а затем возбудивший кратковременную надежду своим примирением с Фридрихом II, стал крайне непопулярен. Тем более что любовь к Пруссии толкала его к решениям, шокирующим подданных. Он широко распахнул двери страны и ее управляющих органов для многочисленных немцев. Амнистия, объявленная в начале его царствования, больше благоприятствовала сосланным немцам, чем русским: Бестужев оставался в ссылке, в то время как Миних с триумфом вернулся в столицу. К этим причинам недовольства добавился начавшийся кризис в отношениях между императором и русской церковью, который усугубил разногласия между императором и его подданными, задетыми его стремлением уничтожить русскую самобытность, онемечив страну и ее органы власти. Русофобия породила у императора стремление реформировать православную церковь, государственную и автокефальную, в духе и по образцу ритуалов протестантизма, религии Петра III по рождению! Вся церковь в едином порыве восстала против этого проекта при поддержке многочисленных верующих, и в начале царствования никто еще не знал, какие масштабы приобретет этот конфликт.
Уже не на полях сражений закончившейся войны, но в своих реформаторских порывах Петр III очень скоро столкнется также с внешним миром, и прежде всего с Францией. Едва взойдя на трон, Петр III известил представителей иностранных государств в России, что те должны будут пройти процедуру, сильно напоминающую новую аккредитацию. Их верительные грамоты, представленные уже давно, будут иметь силу только после того, как они явятся к принцу Георгу Гольштейн-Готторпскому, которого император только что назначил фельдмаршалом. Представители Франции (барон де Бретёйль), Австрии (граф де Мерси-Аржанто) и Испании (маркиз Альмодовар) возмутились. Что за странный протокол? Они согласны следовать ему, только если принц Гольштейн-Готторпский возьмет на себя инициативу его применения, объявит им о своем назначении и попросит их отдать ему визит. Бретёйль информировал обо всем своего министра, и тот поддержал его. Петр же усилил напряженность, угрожая послам потребовать их отзыва, если они не перестанут упрямиться. Странный протокольный инцидент приобрел неожиданные масштабы, создавая угрозу затронуть всю систему дипломатических отношений России. Дело дошло до того, что чуть не оказался под сомнением императорский титул Петра III, признание которого Россия пыталась вырвать у Франции со времен Петра Великого и Елизавета наконец добилась от Людовика XV. В ходе протокольного кризиса 1762 года Версаль сделал нестерпимое для русской монархии уточнение: императорский титул признан за Елизаветой лично и не может передаваться ее потомкам. Барон де Бретёйль предложил русскому монарху решение, которое могло бы затушить пожар. Он нанесет принцу Гольштейн-Готторпскому требуемый визит, и Франция сохранит за Петром императорский титул. Но после подписания русско-прусского договора о дружбе эти дебаты уже не имели значения. Барона де Бретёйля отозвали на родину. Он рассказал своему министру о ситуации в России, о растущей непопулярности государя, о несогласии внутри имперской четы, которое могло привести к расторжению брака и замене императрицы выбранной Петром фавориткой. Подробно описал личность Екатерины, безусловно немки, но глубоко привязанной к России и любимой за это русскими. Бретёйль также подчеркивал близость между Екатериной и наставником ее сына графом Никитой Паниным, опытным дипломатом, учившимся этой профессии в Дании, а затем в Швеции. Его вернули оттуда, чтобы доверить ему образование юного цесаревича Павла, будущего Павла I. По поводу столь спорного наследования Елизавете Панин предлагал альтернативное решение: передать корону его ученику, введя его самого в качестве воспитателя молодого государя в регентский совет. Проект не был принят, но Панин остался близок с Екатериной и ее подругой и доверенным лицом княгиней Дашковой, племянницей, а затем любовницей Панина. Эта троица, обеспокоенная эксцентричными выходками Петра III, привлекла внимание Бретёйля, о чем он и сообщил своему министру.