Первые переговоры между миссией России в Японии и правительством Японии были проведены в 1853–1854 гг. Состоялись переговоры в Нагасаки, во главе миссии России был вице-адмирал Евфим Васильевич Путятин (1803–1883). Переговоры велись относительно установления межгосударственных отношений, торговли и определения государственной границы. Окончились они безрезультатно, и Е.В. Путятин на время покинул Нагасаки. Однако Япония в тот период заключила договор о дружбе с Америкой и открыла порты Симода и Хакодатэ. Узнав об этом, Е.В. Путятин потребовал возобновления переговоров. В такой обстановке в декабре 1854 г. в Симоде начался «второй раунд» переговоров между Японией и Россией.
В этот период Россия вела Крымскую войну. Тем не менее, переговоры с Россией развивались успешно, и в феврале 1855 года был подписан Трактат «О торговле и границах» («Симодский трактат») и между Японией и Россией впервые были установлены межгосударственные отношения. По этому договору, с учетом реально сложившейся ситуации, государственная граница была установлена между островами Итуруп и Уруп. При этом весь остров Итуруп признавался территорией Японии, а остров Уруп, а также Курильские острова к северу признавались территорией России. Что же касается острова Сахалин, то в договоре устанавливалось, что “он остается неразделенным между Россией и Японией, как было до сего времени”.
Иными словами, было решено оставить этот остров без определенной государственной принадлежности, что означало возможность проживания на нем народов обоих государств. По договору открытыми были признаны три порта – Хакодатэ, Симода и Нагасаки.
До того времени, как был подписан Трактат «О торговле и границах» между Японией и Россией, указом императора Александра I от 1821 г. было установлено, что “производство торговли, китовой и рыбной ловли и всякой промышленности на островах, в портах и заливах и вообще по всему северо-западному берегу Америки, начиная от Берингова пролива до 51 градуса северной широты, также по островам Алеутским и по Восточному берегу Сибири; также по островам Курильским, т. е. начиная от того же Берингова пролива до Южного мыса острова Урупа, а именно до 45 градуса 50 минут северной широты, предоставляются единственно российским подданным” и что иностранным судам запрещалось приближаться и швартоваться у морского побережья и островов, которые находятся под управлением России.
Кроме того, в инструкции императора Николая I (1796–1855), направленной в 1853 году вице-адмиралу Е.В. Путятину, который следовал на переговоры с Японией, в качестве самой важной цели определялись торговые выгоды и указывалось, “Чтобы японцы не могли бы, следуя своим обычным правилам [ссылаться на закрытие страны], тотчас же уклониться и дать ответ отрицательный”, “мысль теперь же приступить к пограничному вопросу показалась нам весьма основательной: через это можно, так сказать, заставить японцев по необходимости войти с нами в переговоры”. Исходя из этой перспективы, в упомянутой инструкции предписывалось: “Из островов Курильских южнейший, России принадлежащий, есть остров Уруп, которым мы и могли бы ограничиться, назначив его последним пунктом российских владений к югу – так, чтобы с нашей стороны южная оконечность сего острова была (как и ныне она в сущности есть) границею с Японией, а чтобы с японской стороны границею считалась северная оконечность острова Итуруп”.
Во время этих переговоров вопрос об определении линии границы был успешно разрешен благодаря тому, что обе стороны – Япония и Россия ‑ признали тот факт, что власть России простиралась до острова Уруп, а власть Японии – до островов Итуруп и Кунашир. Не прибегая к угрозе применения военной силы, Е.В. Путятин добился договоренности путем переговоров. В этом отношении его поведение кардинально отличалось от американской “дипломатии канонерок”, проводя которую США добились открытия портов Японии, направив в нарушение запрета ее правительства четыре своих военных корабля непосредственно в Токийский залив и прибегнув к угрозе открыть артиллерийский огонь по замку Эдо.