С середины XVIII в. японцы из княжества Мацумаэ действительно бывали на Кунашире и вели там торговлю. Правда и то, что правительственный чиновник посетил Итуруп и даже «арестовал» находившихся там русских. Однако в то время ни княжество Мацумаэ, ни центральное японское правительство, не имея официальных отношений ни с одним из государств, не могло выдвигать в законном порядке претензии на «осуществление суверенитета» над этими территориями. К тому же, как свидетельствуют документы и признания японских ученых, правительство бакуфу (ставка сегуна) считало Курилы «чужой землей». Поэтому вышеуказанные действия японских чиновников на южных Курилах можно рассматривать как произвол, чинимый в интересах захвата новых владений. Россия же в отсутствие официальных претензий на Курильские острова со стороны других государств по тогдашним законам и согласно общепринятой практике включила вновь открытые земли в состав своего государства, оповестив об этом остальной мир. В конце XVIII в. России пришлось вести войны с Турцией и Швецией, что ограничивало возможности направления новых экспедиций на Тихий океан. К тому же российское правительство стало уделять все большее внимание своим владениям на Аляске и Алеутских островах, которые считались более перспективными с точки зрения коммерческой выгоды. Добытая здесь пушнина приносила большую прибыль. Для объединения всех русских купеческих компаний на Тихом океане в одну мощную силу царское правительство создает в 1799 г. «под высочайшим покровительством» Павла I Российско-Американскую компанию. Сначала главная контора компании находилась в Иркутске. Однако после того как ее акционерами стали царь и члены его семьи, а также многие близкие ко двору сановники, управление компании было переведено в Петербург, и она стала рассматриваться в качестве государственного предприятия. Российско-Американской компании было передано монопольное право и на хозяйственное освоение Курильских островов. В именном указе императора Павла I Сенату вновь со всей определенностью закрепляется владение Курильскими островами Российской империей. Указ гласил: «Учреждаемой компании для промыслов на матерой земле Северо-Восточной части Америки, на островах Алеутских и Курильских и во всей части Северо-Восточного моря, по праву открытия России принадлежащих, именоваться: под высочайшим е. и. в. покровительством Российскою Американскою компанией)…
По открытию из давних времен российскими мореплавателями берега Северо-Восточной части Америки, начиная от 55 градуса северной широты, и гряд островов, простирающихся от Камчатки на север к Америке, а на юг к Японии, и по праву обладания оных Россией пользоваться компанией всеми промыслами и заведениями, находящимися ныне по северо-восточному берегу Америки от вышеозначенного 55 градуса до Берингова пролива и за оный; также на островах Алеутских, Курильских и других, по Северо-Восточному океану лежащих».
Однако интерес вновь созданной компании к активному освоению Курил был ограниченным. Добыча шкур ценных животных здесь сокращалась, торговля с айнами велась вяло. Продолжала оставаться острой проблема снабжения находившихся в труднодоступных районах промысловых людей продовольствием. В силу этих причин русское население на Курильских островах не увеличивалось. Японцы не преминули воспользоваться ситуацией, предприняв действия по изгнанию русских с расположенных недалеко от Эдзо южных Курил, которые практически были не защищены.