Активизировала свою дальневосточную политику и Россия. Не желая уступать западным державам в вопросе об установлении отношений с Японией, царское правительство спустя полвека после неудачной миссии Резанова решает направить к японскому правителю новое российское посольство. На сей раз, сложная дипломатическая миссия была возложена на опытного военного и дипломата Е.В. Путятина, имевшего звания вице-адмирала и генерал-адъютанта. Зная о намерении американцев действовать угрозой и силой, в Петербурге решили, наоборот, добиваться задуманного без всякого принуждения, действуя исключительно дипломатическими методами. Об этом свидетельствует инструкция, данная главе российской миссии правительством. Инструкцией предписывалось воздерживаться «от всяких неприязненных по отношению к японцам действий, стараясь достигнуть желаемого единственно путями переговоров и мирными средствами». Сиба Рётаро особо отмечал, что «в отличие от Перри Путятин, в соответствии с полученными им инструкциями, всегда был в отношениях с японской стороной чрезвычайно тактичен и деликатен».
Весьма разумным был и план вступить в переговоры с японским правительством после того, как прояснится отношение Эдо к американским требованиям об «открытии» Японии. Другими словами, российская миссия намеревалась воспользоваться уже созданным прецедентом. В этом случае японцам было бы трудно ссылаться на изоляционистские законы страны.
Путятин вышел на фрегате «Паллада» из Кронштадта в октябре 1852 г. По пути в Японию через мыс Доброй Надежды он получил от капитана одного из американских пароходов сведения об экспедиции Перри. В своей информации в Петербург глава российской миссии сообщал, что «из разговоров на этом пароходе видно, что при малейшем сопротивлении американцы готовы действовать вооруженной рукой и что, истратив огромные суммы на снаряжение этой экспедиции, они не воротятся, не достигнув цели»{39}. Имея такую информацию, Путятин еще больше утвердился в намерении во что бы то ни стало добиться от японских правителей согласия на установление отношений с Россией на условиях, не уступающих японо-американским соглашениям.
Выйдя 26 июня 1853 г. из Гонконга, через месяц, 25 июля, русская эскадра собралась у островов Огасавара. В состав эскадры входили флагманский фрегат «Паллада», шхуна «Восток», корвет «Оливуца», транспортное судно Российско-Американской компании «Князь Меншиков». 10 августа российские корабли бросили якоря в гавани Нагасаки. Как и в случае с Резановым, эскадра тотчас же была взята в кольцо многочисленных японских сторожевых лодок. Сообщая местным чиновникам о целях посещения Японии, Путятин заявил, что имеет поручение российского правительства разрешить важные вопросы отношений двух стран, в частности, установить государственную границу на Сахалине. Так как губернатор Нагасаки был не вправе давать какой-либо ответ прибывшим, он направил в Эдо гонца с докладом о прибытии миссии. Сообщалось и о том, что глава миссии имеет письмо российского канцлера К.В. Нессельроде к совету старейшин японского государства.
Поступивший из Эдо ответ был обнадеживающим — японские правители соглашались принять послание российского канцлера, но просили ждать прибытия в Нагасаки представителей бакуфу. Подобное ожидание не устраивало Путятина, и он выразил намерение, не теряя времени, направить эскадру прямо в столицу. Эти слова русского посланника обеспокоили губернатора Нагасаки, который в примирительном тоне попросил Путятина отказаться от своего намерения. Он говорил, что не может дать санкцию на посещение русской эскадрой Эдо, ибо «японскому глазу будет больно видеть иностранные суда в столице». Памятуя о данных инструкциях, Путятин решил воздержаться от несогласованных с японскими властями действий. Начались томительные месяцы ожидания посланцев бакуфу.
Затягивание начала переговоров с русской миссией объяснялось не только желанием отделаться от Путятина, взяв его измором. На то были и объективные причины. Как отмечалось, именно в это время японская дипломатия находилась в состоянии шока от поведения коммодора Перри. К тому же умирает сегун Иэёси. В этой обстановке Эдо хотел избежать или хотя бы отсрочить переговоры с русскими. С другой стороны, российский посол считал недостойным месяцами ожидать аудиенции столичных чиновников. Тем более что он получил сообщение о начале Русско-турецкой войны. 11 ноября вице-адмирал извещает японцев о своем решении направиться в Шанхай. Одновременно он сообщает губернатору, что из Китая он вновь зайдет в Нагасаки и, если к тому времени уполномоченные для официальных переговоров столичные чиновники не прибудут, российская эскадра незамедлительно направится в Эдо.