Для пресечения миссионерской деятельности европейцев и недопущения колониального подчинения страны правительство сегуна еще в 1636 г. издало эдикт об ограничении контактов своих подданных с иностранцами и запрете японцам под страхом смерти покидать страну. Запрещался ввоз в Японию каких бы то ни было книг, упоминавших о западных странах и христианской религии. Правительственным указом 1639 г. иностранцам было предписано прекратить всякую торговлю в Японии. В стране вводился строгий режим самоизоляции. Закон об изоляции гласил: «На будущее время, доколе солнце освещает мир, никто не смеет приставать к берегам Японии, хотя бы он даже и был посланником, и этот закон никогда не может быть никем отменен под страхом смерти». Приверженцев христианской веры, как европейцев, так и японцев, правительство подвергало жестоким казням: их зарывали живыми в землю, распинали на кресте, сажали на кол, распиливали на части, сжигали живыми, нередко целыми семьями, бросали в кратер действующего вулкана или завязывали в мешки и сжигали на медленном огне. По существующим сведениям, за 1614—1650 гг. за принадлежность к христианской вере было казнено 2128 человек, в том числе 71 европеец. Однако в действительности жертв было больше.
Ограниченная торговля была разрешена только голландцам. Им был выделен маленький островок Дэдзима в нагасакской гавани, где они проживали под строгим наблюдением властей. Объявленная политика самоизоляции, хотя и затормозила развитие страны и консервировала ее феодальные порядки, в то же время эффективно воспрепятствовала превращению Японии в зависимое государство.
В отличие от западноевропейцев проникновение русских на Восток осуществлялось как освоение новых земель поселенцами, вхождение сибирских и дальневосточных районов в состав Российского государства. Если на вновь открытые территории Восточной Азии из Западной Европы направлялись купцы, военные корабли, чиновники и миссионеры, то из России продвигались в восточном направлении не только заинтересованные в добыче пушнины купцы, но и искавшие свободной пахотной земли и вольной жизни казаки, беглые крестьяне, промысловые и служивые люди. Относительная легкость продвижения русских объяснялась тем, что оно проходило без противодействия других держав, ибо в XVI в. Сибирь, как Америка до Колумба, была неведомой для европейцев землей. Хотя в ряде случаев местные племена оказывали сопротивление русским, остановить их продвижение на Восток они не могли. В результате к середине XVII в. русские землепроходцы и промысловые люди вышли к Тихому океану.
Считается, что сведения о Японии стали поступать в Россию в середине XVII в. Первые же письменные упоминания об этой стране датируются 1670 г., когда было завершено составление в Холмогорском монастыре книги «Космография». В нее была включена глава «О Иапонии или Япон-острове».
Важные сведения о Японии были получены от отправленного в 1675 г. послом России в Китай Николая Спафария. Он доносил в Москву: «Великий и славный остров Японский, как пишут китайские земнописатели и чертежи, начинается против устья Амура реки и простирается далеко против Китайского государства и для того иногда из Китайского государства в двои суток плавают в Японский остров. А от устья Амура сколь далеко стоит, того еще не ведомо, а кажется не очень далеко будет, потому что иные островы меньшие видятся от усть Амура от берегу морского с гор, как о том видели в прежних летах казаки, которые зимовали на усть Амура».
Интерес России к Японии объяснялся не столько наличием в этой стране запасов золота и серебра, сколько стремлением русских мирно и взаимовыгодно торговать. Отсутствие у русских агрессивных намерений признает весьма популярный в современной Японии автор исторических романов и эссе Сиба Рётаро, кстати нередко критически относившийся к внешней политике России. Он писал в своей книге «О России. Изначальный облик Севера»: «…Россия хотела получать продовольствие из Японии для того, чтобы осваивать Сибирь. Во имя этой цели Россия изучала Японию, оказывала радушный прием потерпевшим кораблекрушения, наконец, выражала желание установить дипломатические отношения с правительством Японии. Это желание было очень настойчивым…» Признается и то, что проводившая российскую «государственную политику» на Дальнем Востоке Российско-Американская компания не имела «никаких замыслов обращения в свою собственность территории Японии, единственного независимого государства в морях Дальнего Востока».