Борис принялся унижать род Романовых, т. к. он был самым близким к прежней династии. Придирался к ним, считал, что они хотят извести его какими-то кореньями.
Четырех братьев Романовых разослал по отдельным местам, а пятого, самого умного, постриг в монахи под именем Филарета. Многих их единомышленников сослали, а имущество отобрали в казну. Доносы стали явлением постоянным. Как пишет Ключевский, доносили друг на друга попы, дьяконы, чернецы, жены на мужей, отцы на детей, бояре друг на друга. Достаточно было одного обвинения, и подозреваемый подвергался пыткам.
В 1601 году произошел во многих местах неурожай. Он повторился и в 1602 году. Тогда только в Москве от голода погибли десятки тысяч людей, некоторые современники называют 127 000 человек. Чтобы выжить, ели собак, кошек, мышей, сено, солому и даже друг друга. В других местах хлеб был, но его не хотели продавать на всякий случай. Тогда Борис приказал продавать этот хлеб по сносной цене, отворил свои житницы и приказал хлеб продавать по дешевке. Раздал царские деньги родне, приятелям, которые делились с ним барышами.
Царь Борис Годунов
Борис не хотел, чтобы голодное состояние народа России было известно за границей и приказал никому об этом не рассказывать, не наряжаться при гостях из-за рубежа в тряпье. В народе поговаривали, что, если на престоле утвердится род Бориса, то это не принесет Русской земле счастья. Искали человека, который был бы в глазах народа более подходящим на царский трон, чем Борис. Таким лицом был Дмитрий – сын прежнего государя. Людей будоражила мысль, что Дмитрий жив. Эта весть распространилась из Польши, Литвы. В Москву из польской Украины давали знать, что под знаменем Дмитрия собирается ополчение для вторжения в Москву. Самозванец Дмитрий в октябре с толпою поляков и казаков, как пишет Н. И. Костомаров, вступил в Московское государство. Города сдавались один за другим, Борис выслал против него войско, которое было разбито. Установили, что выдает себя за царевича Гришка Отрепьев. Для подтверждения и выдачи его московскому царю направили в Польшу делегацию, которой сообщили, что Гришку надо искать в Москве.
После смерти Бориса созвали войско приводить к присяге сыну Бориса Годунова, но рязанские дворяне Ляпуновы высказались за Дмитрия Ивановича. Войско перешло на сторону Дмитрия, семью Годунова арестовали и присягнули Дмитрию Ивановичу (Лжедмитрию первому).
После первого самозванца на престол вступил князь В. И. Шуйский – заговорщик, хитрый человек, «прошедший огонь и воду». Целуя крест никого не предавать, на самом деле всё делал наоборот. Его признали царем келейно немногие сторонники из большого титулованного боярства. Чтобы поднять свой авторитет, он хотел делиться своей властью с Думой. Царь различал два вида судов: суд царя с Думой и единоличный суд царя. Он обязуется «без вины опалы своей не класти», дал такой обет, которого потом не исполнял. Шуйский призывал к участию в своей царской судной расправе не боярскую Думу, исконную сотрудницу прошлых царей, а земский Собор, изредка созываемый для обсуждения чрезвычайных вопросов Государства. Но, все-таки он был царем боярским.
Это был первый опыт установления государственного порядка на основе формально ограниченной верховной власти боярства. Как правящий класс, в продолжении смуты боярство не было единодушным. Оно разделилось на два лагеря. Один из них поддерживал самозванство. Во имя этого против Шуйского в 1606 году поднялись Северная земля и заокские города с Путивлем, Тулой и Рязанью при согласии поставить во главе русского Государства «тушинского вора».
В договоре русского посольства во главе с князем Салтыковым с польским королем Сигизмундом впервые были отражены личные свободы каждого подданного России от произвола власти. Все судятся по Закону, никто не наказывается без суда, вина за вину преступников не падает на его родственников, не ведет к конфискации всего имущества. Здесь же указано больших чинов без вины не понижать, а малочиновных возвышать по заслугам. Никого не отводить от христианской веры.
Войско царя, высланное против польского короля Сигизмунда, было разбито, а царь Василий Шуйский был боярами свергнут с престола и пострижен в монахи. Временным правителем стала боярская Дума. Москва же присягнула сыну Сигизмунда.
Прежде, чем ополченцы из провинциальных служилых людей Рязани и других городов подошли к Москве с целью спасения её от поляков, последние сожгли Москву и укрылись в Кремле и Китай-городе. В смуту кроме дворян было вовлечено и простонародье. Впоследствии оно враждебно относилось как к дворянству, так и к боярству.