Несмотря на то, что важнейшим доходом казны была продажа горячительных напитков, в целях борьбы с пьянством, кабаки были закрыты, и вместо них открыты кружечные. Вместе с тем, боярам и другим дозволялось свободное винокурение, кроме казенного.
Во второй половине 1653 года предвиделась неизбежность войны с Польшей. Царь Алексей Михайлович стал готовиться к ней. Формировал армию. В отличие от прошлого, появились конные отделы войск. Заведены и усилены за счет дополнительного набора солдатские полки в ряде городов, определены им выплаты. Эти формирования стали зародышем регулярных войск.
Начавшаяся в 1654 году война с Польшей шла успешно. Царь находился в войсках. Осенью этого года распространилась по Московскому государству зараза (чума), которая уничтожила большую часть жителей многих городов. О масштабах её можно судить по некоторым документам историков. В Чудовом монастыре из 182 монахов остались 38, в боярских домах у Морозова умерли 342 человека, остались лишь 19. У князя Трубецкого умерли 270 человек, остались 8. В Калуге умерли 1836 человек, остались 777. В Туле умерли 1808 человек, остались 760 и т. д. После смерти от чумы все вещи людей сжигали.
Несмотря на это, война проходила успешно и в последующие годы. Вся Литва покорилась царю, и Алексей Михайлович был титулован великим князем Литовским. Шведский король Карл-Густав завоевал коронные польские земли. Вековая распря Руси с Польшей тогда разрешилась. Между русским царем и королем Швеции возникали недоразумения потому, что шведы решили поддержать самозванного на русский престол Тимошку Анкудинова из Вологды, который назвался Иваном, сыном царя Шуйского. Он искал поддержки у турок, в Италии, у Хмельницкого, потом оставил Малороссию и очутился в Стокгольме. В конце концов, шведы его выдали Москве и там его четвертовали. Другое недоразумение со Швецией возникло тогда, когда Алексей Михайлович был провозглашен великим князем Литовским. Гетман Литвы Родзивиля отдался шведскому королю с землями, занятыми Россией.
Царь Алексей Михайлович, ввиду того, что шведской стороной нарушено «мирное докончание», был расположен к войне со Швецией, более того, патриарх Никон был тоже за эту войну из вражды к протестантству. И она была объявлена.
Война началась удачно. Русские взяли Борисоглебск (Динабург) и Царевичев – Дмитриев (Кокенгаузен), но потерпели поражение под Ригой и удалились из Ливонии. В это время начались переговоры с Польшей. Вселенская комиссия в октябре подписала договор, по которому поляки обещали добровольно избрать на польский престол Алексея Михайловича, а он обещал возвратить земли, отлученные от Речи Посполитой, кроме земель принадлежащих России. Государство лишало себя того, что было в руках. Договор произвёл разлад между Малороссией и Москвой. Хмельницкий, как сообщают нам историки, был поражен и раздражен унизительным договором и от огорчения умер. Его преемник Выговский заключил с Польшей договор в ущерб Москве. И польские войска начали неприязненные отношения против русских. В литовских областях война началась неудачно для поляков. Князь Юрий Долгорукий пленил литовского гетмана Гонсевского, Виговскому с помощью крымского хана удалось разбить русские войска, но народ Малороссии не разделял его планов и вместо Выговского избрал гетманом Юрия Хмельницкого на условиях повиновения Московскому царю.
В Литве московские войска потерпели неудачу. Ранее отошедшие от Литвы города возвращались обратно. Нелепая война со Швецией приостановилась. Внутри государства российского чувствовались разброд и шатания. Война требовала больших жертв, повышенных налогов. В то время (1660 г.) на военные нужды собирали серебро, серебряные деньги, а взамен их впервые выпустили в обращение медные.