В России, хотя бояре и кичились древностью родов и прослеживали своё происхождение до самого Рюрика, реальная роль родословной — как регулятора отношений между людьми в борьбе за власть — была утрачена с установлением единой государственной Пирамиды. У князей и бояр уже не было военной силы для того, чтобы защищать свои старинные родовые права. Их претензия на власть на основе родового происхождения была лишь данью традиции, которую уже нетрудно было разрушить. В глазах общества единственным главой государства, верховным судьей во всех спорах и хозяином над всеми людьми был самодержец. Его правом было приближать к себе людей или накладывать на них опалу по своему собственному усмотрению, не считаясь с родами и заслугами. Благодаря этому, у Ивана Грозного появилась возможность опереться на людей менее знатных, обделенных властью, но стремящихся эту власть получить. Ближайшими советниками царя стали Алексей Федорович Адашев, человек очень незначительного происхождения, и простой священник Благовещенского собора Сильвестр, оба выходцы из низких слоев общества. Поскольку самому Ивану в это время было ещё меньше 20-ти лет, и он всё ещё нуждался в значительной помощи для управления государством, власть, которую получили новые фавориты, была очень велика. Адашев получил права верховного судьи. Все боярские жалобы и тяжбы должны были проходить через его руки. Сильвестр стал духовником Ивана и, естественно, имел возможность оказывать очень большое влияние на молодого, религиозного царя. Историки очень высоко оценивают деятельность этих людей и приписывают их влиянию (и положительному влиянию первой жены Ивана — Анастасии) успехи первого периода царствования Ивана Грозного (примерно с 1547 по 1560 годы).
Смену правящей верхушки Иван сопроводил идеологическим обоснованием. Двадцатилетний царь повелел собрать выборных людей разного чина от разных городов и с Лобного места поведал им о боярских несправедливостях. Он обвинил бояр, в том, что пользуясь его малолетством, они похитили власть и «во многих корыстях, хищениях и обидах упражнялись». Он грозил карами «лихоимцам и судьям неправедным» и обещал, что сам будет «народу своему судья и оборона», что будет «неправды разорять и похищенное возвращать». Вина за прошлые народные тяготы была возложена на опальное боярство, и простой люд был призван подчиниться обновленной верховной власти, которая впредь обещала заботиться о благе народном.
Так произошла первая перестройка Пирамиды. Наступивший период историки характеризуют как исключительно благоприятный для России. В это время были взяты Казань и Астрахань, покорена Сибирь, упрочены границы. В это же время было улучшено внутреннее устройство государства, утихли боярские распри, стали более справедливыми суды. Однако, это благостное время было очень непродолжительным и, как известно, сменилось страшными для России годами опричнины. Историки, отмечая резкую перемену в поведении Ивана, объясняют её проявлением тяжёлого характера царя, плохого воспитания в детстве, результатом дурного влияния после смерти жены и другими субъективными причинами. Все они, конечно, сыграли свою роль в тех решениях, которые принимал Иван Грозный, но всё же были и объективные предпосылки, заставившие его коренным образом пересмотреть свою политику.
Став ближайшими доверенными советниками царя когда тому было всего 15 лет, Адашев и, особенно, духовник Сильвестр, очевидно, имели огромное влияние на него. Судя по описаниям, оба они были людьми талантливыми и образованными для своего времени, в то время как сам Иван, по собственным признаниям, был в детстве обучен только грамоте. Очевидно, что все благие действия первого периода царствования Ивана Грозного исходили именно от этих людей, а не от молодого царя. Таким образом, избавившись от контроля бояр, Иван не приобрёл полной власти, а попал под мудрое и мягкое, но всё же, руководство новых фаворитов, которые назначали верных им людей на ключевые посты и создали собственную структуру для проведения власти. Вероятно, привыкнув за десятилетие к своему положению первых лиц государства и почувствовав своё моральное превосходство над царём, советники в какой-то момент переступили черту и стали слишком явно проявлять свою власть, делать слишком явные попытки влиять на решения царя и противоречить царю в его желаниях.
Одно из известных столкновений произошло из-за войны в Ливонии. Сильвестр, под тем предлогом, что следует вести войну с иноверными татарами, советовал Ивану прекратить войну в Ливонии и покорить Крым. Не сумев изменить планы царя, он стал внушать ему, что все его неприятности посланы ему богом в наказание за строптивость и отказ выполнять совет духовника. Другой, ещё более важный повод для беспокойства за свою власть возник у Ивана во время его болезни, в 1553 году. Опасаясь своей смерти, царь захотел взять с бояр клятву на верность своему малолетнему сыну. Понимая, что в этом случае вся власть после смерти Ивана перейдёт к семейству его жены Захарьевым-Юрьевым, и помня, какие тяготы переживала Россия во время малолетства самого Ивана, и Сильвестр и Адашев воспротивились принятию такой клятвы. Взамен они пытались устроить, чтобы на престол, в случае смерти царя, взошёл его двоюродный брат Владимир Андреевич Старицкий. В глазах Ивана такое ослушание в самом важном для него вопросе, несомненно, было явным предательством. В своих письмах к Курбскому, оправдывая опалу и казни многих лучших людей государства, военачальников, своих ближайших помощников, Иван Грозный подчёркивал, что при Сильвестре и Адашеве он не имел никакой власти: «...Подружился он (Сильвестр) с Адашевым и начали советоваться тайком от нас, считая нас слабоумными, мало-помалу начали они всех вас бояр в свою волю приводить, снимая с нас власть... ни одной волости не оставили, где бы своих угодников не посадили, не докладывали нам ни о каких делах, как будто нас и не было; наши мнения и разумные они отвергали, а их и дурные советы были хороши. Так было во внешних делах; во внутренних же мне не было ни в чём воли: сколько спать, как одеваться — всё было ими определено, а я был как младенец. Но разве это противно разуму, что в летах совершенных не захотел я быть младенцем?.. Обращались со мною не как с владыкою или даже с братом, но как с низшим... попробую прекословить — и вот мне кричат, что и душа-то моя погибнет, и царство-то разорится. И такое утеснение увеличивалось не день ото дня, но час от часу... Когда по возвращении в Москву (из Казанского похода) я занемог, то доброхоты эти ...хотели воцарить далёкого от нас в колене князя Владимира, а младенца нашего погубить, воцарив князя Владимира... Таким образом, изменникам нашим было хорошо, а мы терпели притеснение...». Мы видим, что постепенно Иван Грозный вновь почувствовал, что не обладает достаточной властью в своём государстве. То, что было помощью и мудрым советом в глазах 17-летнего юноши, становилось нудной опекой и непокорностью в глазах 30-летнего властного мужчины. Утратив доверие к своим ближайшим советникам и желая восстановить покорность всего народа своей воле, Иван Грозный вновь почувствовал необходимость прибегнуть к испытанному способу борьбы и сменить своё окружение. Сильвестр и Адашев вначале попали в опалу и были отправлены в дальние города, а затем, после надуманного обвинения в отравлении царицы Анастасии, были убиты. Однако, все ключевые посты в государстве занимали их ставленники, поддерживавшие их политику и обязанные им своим положением. Поэтому Ивану вновь предстояло, добывая абсолютную власть, перетрясти всю Пирамиду.