В это же время в верхних слоях общества росло недовольство политикой царевны Софьи. Два неудачных похода её фаворита князя Голицына на Крым только усилили ропот среди стрельцов и боярства. Взрослеющий Петр, хотя и не имел никаких сил и никакого влияния, но формально представлял второй, независимый от Софьи центр власти, на который начинали оглядываться люди, недовольные политикой царевны. В этом качестве, даже не вмешиваясь в государственные дела, а ведя потешные баталии, строя игрушечные корабли на Плещеевом озере или пьянствуя в Немецкой слободе, Петр всё больше и больше угрожал власти Софьи. При азиатской политической системе вся власть должна быть сосредоточена в одном центре, всякая оппозиция, какой бы слабой она ни была, ведёт к разрушению самих основ общественного устройства. Петр самим своим существованием создавал альтернативу власти Софьи, и потому решающее столкновение между ними было неизбежно. Соотношение сил перед началом такой борьбы было явно не в пользу Петра. Софья обладала всей властью, армией, деньгами, в то время как Петр имел в своём распоряжении только Преображенский и Семёновский потешные полки, состоящие из холопских детей соседних деревень. О том, что происходившая борьба была именно борьбой за власть над единым государственным аппаратом, а не борьбой двух партий, красноречиво свидетельствует способ разрешения этого конфликта в 1689 году.
Софья, пользуясь своей властью и силой, попыталась поднять стрельцов на новый бунт против Петра. Испуганный известием о том, что стрельцы идут на Преображенское, чтобы убить его, Петр среди ночи в одном исподнем белье бежал и укрылся в Троице-Сергиевом монастыре. Такая реакция Петра явно свидетельствует о том, что в тот момент у молодого царя не было никаких сил, даже для обороны и защиты своей жизни, и только в бегстве он видел единственное спасение. В Троице тоже не было войск, способных кардинально изменить положение Петра. Пришедшие туда потешные полки были явно не способны идти на Москву и соперничать со стрелецким войском. Однако, и Софья оказалась не в состоянии вести никаких решительных действий. Стрельцы, помня о печальном для них окончании бунта 1682 года, предпочли не вмешиваться в конфликт и заняли выжидательную позицию. Видя нерешительность Софьи, бояре, дьяки и прочий служилый люд начали под разными предлогами покидать Москву и переходить в Троицу. Чем больше людей уходило, тем быстрее остальные понимали, что надо успеть присоединиться к общей массе. Стрельцы вначале посылали мелкие группы для переговоров, а затем стали переходить на сторону Петра целыми полками. Попытка Софьи решить дело миром ни к чему не привела. Патриарх, посланный в Троицу для переговоров, с радостью остался там. Поездка самой Софьи окончилась полным провалом. Она не была принята Петром и была отправлена обратно в Москву с приказом дожидаться решения своей участи. К этому времени Петру уже не было. надобности вести переговоры, сила и власть перетекали к нему. Через месяц после начала противостояния Петр торжественно, как победитель, вошёл в Москву во главе бояр и стрелецкого войска. Таким образом, мы видим, что в августе Петр был беглецом, спасавшим свою жизнь, а в сентябре он уже имел власть над войском, боярами, Москвой и всей Русью. Немногие сторонники Софьи, слишком сильно с ней связанные или не пожелавшие её покинуть, были казнены либо сосланы, сама Софья заточена в монастырь. Власть, без сражений, без переговоров, без видимой борьбы, перетекла к новому царю.