Напряженная работа в общественных просветительских организациях, городской думе, участие в разработке проекта реформы среднего образования не отодвигали в жизни П. Г. Виноградова на второй план главный «просветительный орган» – университет. Его роль здесь не ограничивалась чтением ведущих курсов по всеобщей истории или великолепно поставленными в методическом отношении семинара. Все более отчетливо в стенах Круглой залы, где заседал профессорский совет Московского университета, звучал голос ординарного профессора П. Г. Виноградова об общественном значении университета и необходимых преобразованиях в его управлении. Наиболее полно его мысли о назревших изменениях в университетском образовании выразились в статье «Учебное дело в наших университетах» [11] .
Сам факт предпочтения публичного выступления возможности подать служебный доклад или записку, как это делали многие из его коллег, свидетельствовал о желании П. Г. Виноградова опереться на общественной мнение [12] , а не только на свой личный авторитет известного историка, для того, чтобы быть услышанным властями. За этим стояло ясное осознание им той роли, которую играло общественное мнение в выработке правительственной политики в демократических государствах Западной Европы и Америки, и стремление добиться того же в России.
П. Г. Виноградов последовательно отстаивал идею самоуправления университетских корпораций, которая была существенно урезана университетским уставом 1884 г. [13] Воссоздание автономии университетов, которая признавалась уставом 1863 г., требовалось для последовательной реализации основных начал университетского образования – научной свободы и педагогического авторитета. Сочетание этих двух начал определяло, по мнению Виноградова, значение университета как «центрального просветительного органа», от которого «зависит жизненность всех остальных частей воспитательной системы страны» [14] . Успешное выполнение этой функции университетом возможно только в условиях устранения вмешательства в учебное дело университетов со стороны бюрократии, которая осуществляла его в политических целях. Выступая за академическую свободу, П. Г. Виноградов понимал ее прежде всего как «свободу преподавания», считая, что определение учебных планов и экзаменационных программ должно быть прерогативой факультетского руководства. В данном вопросе он выступал как против сторонников «свободы слушания», так и против поборников «школьного принуждения». Осуществление идей первых, заимствованных из Германии, в условиях России привело бы к усилению бюрократического контроля в виде отделенного от преподавания государственного экзамена. Реализация намерений вторых означала введение принудительного обучения, которое «убьет свободный интерес к науке». В своих предложениях П. Г. Виноградов исходил из необходимости расширения свободы выбора лекционных курсов студентами, а также развития самостоятельности их занятий. Самоуправление профессорской коллегии, по его мнению, обеспечивало естественную основу местной университетской власти, связывая ее с авторитетом наставников, поскольку только последний позволял осуществлять правильное руководство студентами. Вместе с тем, считал П. Г. Виноградов, учащимся должно быть предоставлено право на создание собственных студенческих организаций, что отрицалось не только уставом 1884 г., но и уставом 1863 г. Причем мнение профессора в данном вопросе оказалось радикальнее, чем мог допустить даже такой относительно либеральный министр народного просвещения, как П. С. Ванновский. Признавая важность студенческих организаций для материальной взаимопомощи и в культурно-образовательных целях, Павел Гаврилович выступал за превращение курсовых, факультетских и общеуниверситетских представительных собраний студентов в инструмент выработки у них навыков законного выражения общественного мнения под руководством заслуживших их доверие профессоров. Именно так были организованы под руководством комиссии, возглавляемой П. Г. Виноградовым, курсовые и факультетские совещания в Московском университете в ноябре 1901 г., названные одним из участников «студенческим парламентом». При их проведении были последовательно реализованы принципы: выборности, свободного обсуждения вопроса и тайного голосования, подчинения мнению большинства при уважении права меньшинства на особое мнение. Непризнание такого характера деятельности студенческих организаций министром стало одной из причин добровольной отставки историка, решившего вскоре после этого уехать из России [15] .