15 мая 1591 г. царевич Дмитрий погиб. Его смерть послужила прологом к восстанию в Угличе. Подстрекаемые царицей Марией и Михаилом Нагим угличане разгромили Приказную избу, убили государева дьяка Битяговского, его сына и нескольких других лиц. Четыре дня спустя в Углич прибыла следственная комиссия. Она допросила 140 свидетелей. Протоколы допросов, а также заключение комиссии о причинах смерти Дмитрия дошли до наших дней. Однако существует мнение, что основная часть угличских материалов дошла до нас в виде беловой копии, составители которой то ли ограничились простой перепиской имевшихся в их распоряжении черновых документов, то ли произвели из них некую выборку, а возможно, и подвергли редактированию[288]. Тщательное палеографическое исследование текста «обыска», проведенное В. К. Клейном, в значительной мере рассеивает подозрения насчет сознательной фальсификации следственных материалов в момент составления их беловой копии[289]. Основной материал переписан восемью разными почерками. Входившие в комиссию подьячие провели обычную работу по подготовке следственных материалов к судопроизводству. В подавляющем большинстве случаев показания свидетелей-угличан отличались завидной краткостью, и подьячие, записав их, тут же предлагали грамотным свидетелям приложить руку. По крайней мере 20 свидетелей подписали на обороте свои «речи». Их подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности, довольно точно соответствовавшую их общественному положению и роду занятий.
В следственную комиссию вошли очень авторитетные лица, придерживавшиеся разной политической ориентации. Скорее всего по инициативе Боярской думы руководить расследованием поручили боярину Василию Шуйскому, едва ли не самому умному и изворотливому противнику Годунова, незадолго до этого вернувшемуся из ссылки. Его помощником стал окольничий А. П. Клешнин. Он поддерживал дружбу с правителем, но в то же время приходился зятем Григорию Нагому, состоявшему при царице Марии в Угличе. Вся практическая организация следствия лежала на главе Поместного приказа думном дьяке Е. Вылузгине и его подьячих. По прошествии времени следователь В. Шуйский не раз менял свои показания относительно событий в Угличе, но комиссия в целом своих выводов не пересматривала.
Составленный следственной комиссией «обыск» сохранил не одну, а по крайней мере две версии гибели царевича Дмитрия. Версия насильственной смерти всплыла в первый день дознания. Наиболее энергично ее отстаивал дядя царицы Михаил Нагой. Он же назвал имена убийц Дмитрия: сына Битяговского Данилу и др. Однако Михаил не смог привести никаких фактов в подтверждение своих обвинений. Его версия рассыпалась в прах, едва заговорили другие свидетели. Когда позвонили в колокол, показала вдова Битяговского, «муж мой Михайло и сын мой в те поры ели у себя на подворьишке, а у него ел священник… Богдан». Поп Богдан был духовником Григория Нагого и изо всех сил выгораживал Нагих, утверждая, что те не причастны к убийству дьяка, погубленного посадскими людьми. Хотя показания попа откровенностью не отличались, он простодушно подтвердил перед Шуйским, что обедал за одним столом с Битяговским и его сыном, когда в городе ударили в набат. Таким образом, в минуту смерти царевича его «убийцы» мирно обедали у себя в доме вдалеке от места преступления. Они имели стопроцентное алиби. Преступниками их считали только сбитые с толку люди. Показания свидетелей выяснили еще одну любопытную деталь: Михаил Нагой не был очевидцем происшествия. Он прискакал во дворец «пьян на коне», «мертв пьян», после того как ударили в колокол. Протрезвев, Михаил осознал, что ему придется держать ответ за убийство дьяка, представлявшего в Угличе особу царя. В ночь перед приездом Шуйского он велел преданным людям разыскать несколько ножей и палицу и положить их на трупы Битяговских, сброшенные в ров у городской стены. Комиссия, расследовавшая дело по свежим следам, без труда разоблачила подложные улики. Городовой приказчик Углича Русин Раков показал, что он взял у посадских людей в Торговом ряду два ножа и принес их к Нагому, а тот велел слуге зарезать курицу и вымазать ее кровью оружие. Михаил Нагой был изобличен, несмотря на запирательство. На очной ставке с Раковым слуга Нагого, резавший курицу в чулане, подтвердил показания приказчика. Михаила Нагого окончательно выдал брат Григорий, рассказавший, как он доставал из-под замка «ногайский нож» и как изготовлены были другие «улики».