Москва, со своей стороны, рассматривала Переяславский договор как первый шаг по включению территорий так называемой «Малороссии» в состав империи, как часть процесса «единения русских земель». С этого времени началась медленная интеграция, внесение раздоров в украинское общество и эксплуатация украинцев в интересах Москвы. Московские воеводы выслушивали жалобы крестьян и рядовых казаков на своих хозяев и иногда передавали эти жалобы в столицу. В 1686 году после длительных переговоров с патриархом Константинопольским Киевский митрополит, символ автокефалии православной церкви на Украине, был подчинен Москве.
Коренной переворот в отношениях произошел во время войны Петра I против Швеции. Гетман Иван Мазепа узнал, что русская армия, занятая защитой дороги на Москву, не выделила никаких сил для оказания помощи Украине. Это открытие подняло вопрос о соблюдении условий Переяславского договора: и в феодальной, и в степной дипломатии считалось, что сюзерен, который не может или не хочет обеспечить защиту своего вассала, не вправе ожидать сохранения верности.
Мазепа решил связать судьбу своей страны со шведами и поляками, надеясь, что со временем Украина станет равноправным партнером Литвы и Польши. Реакция Петра была быстрой и безжалостной. Он обвинил гетмана в измене и послал в Батурин, город, где находился штаб Мазепы, армию под командованием князя Меншикова. Город был захвачен, все жители перебиты. Повсюду русские командиры отыскивали сторонников гетмана, допрашивали и отправляли на казнь или в ссылку. Сторонников Мазепы оказалось меньше, чем ожидалось, возможно, из-за демонстративной жестокости Петра, возможно, из-за того, что многие казаки не захотели подчиниться католическим властям.
Эти события открыли путь к полной интеграции Украины в Российскую империю. Украинскими делами стала заниматься не Коллегия иностранных дел, а Сенат. Это означало, что Украина стала составной частью России. Гетманство упразднили в 1763 году. Впрочем, этот институт все равно находился в состоянии упадка, ведь казакам приходилось совмещать несение воинской службы с обработкой земли без привлечения крепостных. Растущая поляризация казаков ослабляла их чувство общей политической судьбы: бедные казаки и горожане искали у русской администрации защиты от эксплуатации своими богатыми соседями и начальством.
Кроме того, от полной ассимиляции в имперское дворянство выиграла и украинская знать. Прежде всего, их крестьяне стали крепостными. Далее, благодаря более высокому уровню культуры и образования украинцы часто получали преимущество перед русскими в борьбе за официальные посты. Империя позволяла им применить свои таланты, предоставляя для этого более широкие возможности, чем родная Украина.
К 1780-м годам гетманство было упразднено, и Левобережная Украина поделена на те же губернии, которые существовали в остальной части империи. Казачьи части вошли в состав российской армии, сохранив названия, униформу и звания как напоминание об отдельном статусе. Сечь не только прекратила свое существование, но ее укрепления были разрушены и сровнены с землей, так как уже не имели значения в качестве противостояния туркам.
Процесс утраты Украиной своего национального своеобразия был более сложным по сравнению с аналогичными процессами в других регионах. В период с конца XVIII века по конец XIX века сельская элита Украины стала во всех отношениях русской, тогда как большие города явно несли черты космополитизма: русские, евреи, поляки, немцы, греки и другие народы жили бок о бок. Крестьяне говорили на разнообразных украинских диалектах, но при этом вовсе не испытывали чувства принадлежности к украинской нации. Идея национальной украинской обособленности сохранилась разве что в умах образованных людей, интересовавшихся литературой, фольклором и древностью.
БЕССАРАБИЯ. Бессарабия представляла собой продолжение южной части Украины со сходным смешанным городским населением, только крестьянство было румынским. Узкую полоску земли между реками Днестр и Прут Россия завоевала в 1812 году. Бессарабия составляла северо-восточную половину провинции Молдавия, одного из двух румынских княжеств, бывшего предметом спора между Российской и Османской империями с начала XVIII века. Традиционно управляемая румынскими боярами, она была жертвой особенно непереносимого налогового гнета, при котором крестьяне, несмотря на плодородные земли, оставались одними из самых беднейших в Европе.