В 1899 году Николай II, как бы в ответ на подобные советы, издал указ о верховенстве российского законодательства над финским, оставляя за собой право решать, что является чисто финским, а что общеимперским делом. В спорных вопросах, провозгласил царь, отныне финский парламент будет иметь лишь совещательный голос. За год до этого Николай I назначил генерал-губернатором Николая Бобрикова, предложившего программу полной интеграции Финляндии в империю с ликвидацией отдельного статуса ее армии и с призывом финнов в российскую. Предполагалось ввести русский язык в качестве официального, расширить преподавание русского в финских средних школах и отменить Государственный секретариат как верховный орган финской автономии. Указ Николая II давал Бобрикову карт-бланш на проведение его программы, что тот и сделал, несмотря на ссылки финнов на самого Николая II, который при вступлении на престол подтвердил незыблемость их конституции.
Финны ответили сначала петицией, под которой подписались около 20 % всего населения, а затем бойкотом российских учреждений. Последнее в особенности коснулось армии: в 1902 году на призывные пункты явилось менее половины подлежащих призыву, да и те подверглись осуждению со стороны соотечественников. С течением времени пассивное сопротивление начало спадать или вырождаться в насилие — в июле 1904 года Бобриков был убит финским террористом.
Финляндия — яркий пример тех трудностей, с которыми империя столкнулась в отношении своих более развитых народов, национальное сознание которых, распространившись от элиты на более широкие слои образованного населения, начало достигать масс. Предоставить или сохранить значительную степень независимости во внутренних делах означало, что они будут развиваться в своем направлении, не заботясь о нуждах империи в целом. Такая политика проводилась Габсбургской монархией, особенно в австрийской части владений, но нельзя сказать, что там она помогла решить национальный вопрос. С другой стороны, любая попытка заставить такой народ подчиниться имперским моделям грозила риском усиления того самого национального единства, которое и была призвана расстроить. Следование подобной политике превратило финнов в национально сознательный народ с резко отрицательным отношением к империи. В результате в 1904–1905 годах, когда Россия вела войну с Японией, японцы без труда поставляли оружие русским революционерам через финскую границу. Властям ничего не оставалось делать, как занять более примирительную позицию и восстановить конституцию Финляндии.
Прибалтика
Прибалтийский регион во многом напоминал Финляндию: в частности, российские власти — до определенной степени — поддерживали латышей и эстонцев в их противодействии немецкому влиянию. Но в Прибалтике такая политика проводилась с большей осторожностью, чем в Финляндии, ведь местные немцы для империи были гораздо важнее, чем шведы. Можно даже утверждать, что из всех этнических групп именно балтийские немцы были наиболее лояльными. Однако их лояльность относилась лично к царю и империи, как многонациональной общности, а не к русской нации. Как писал в 1889 году граф Александр Кайзерлинг, бывший ректор Дерптского университета: «Пока император стоит во главе нации, мы сможем существовать и развиваться».
При этом Кайзерлинг имел в виду не только русскую нацию. Рост германского национализма в равной степени угрожал прибалтийским помещикам поглощением их аристократических корпораций немцами из городов и эстонцами и латышами из сельской местности; причем обе группы имели численное преимущество над прибалтами. В конце же концов все они стали простыми пешками в игре европейских держав.
Первым русским государственным деятелем, который предпринял наступление на немецкое владычество в Прибалтике, был Юрий Самарин, посланный в 1849 году в Ригу в качестве сенатского ревизора. В его понятии немецкие городские гильдии и аристократические корпорации представляли собой пережитки устаревшей системы, мешающие монарху выступать в роли защитника и покровителя простых людей и препятствующие осуществлению русскими своей законной власти в Российской империи. «Мы, русские, заявляем право быть в России тем, что есть французы во Франции и англичане в британских доминионах».
В тот период, когда стремление к национальной однородности еще не овладело властями, такие взгляды не встретили одобрения царя: Николай приказал заключить Самарина в Петропавловскую крепость на двенадцать дней и лично упрекнул его: «Вы прямо метили на правительство: Вы хотели сказать, что со времени Императора Петра и до меня мы все окружены немцами и поэтому сами немцы».