Тем не менее до 1880-х годов доминирующим оставался взгляд на армян как на братский христианский народ, союзников в борьбе с исламом. В 1836 году Николай I гарантировал автономию армянской церкви, свободу совести и право открывать собственные школы. Однако в 1885 году все изменилось: армянские приходские школы закрыли, а их место заняли русские. Хотя через год эти меры вдруг отменили, армяне чувствовали себя оскорбленными.
Такова атмосфера, в которой возникли первые армянские революционные партии. И хотя эти партии, особенно основная, Дашнакцютюн (близкая по взглядам русским народникам), вначале направляли свою деятельность главным образом против Османской империи, российские власти относились к ним настороженно. Подозрение, что армянские приходские школы и семинарии готовят террористов, послужило достаточным основанием, чтобы подчинить их Министерству образования в Петербурге. В 1903 году князь Григорий Голицын, царский наместник на Кавказе, взял на себя управление всей церковной собственностью. Как заметил один из обозревателей, «взял церковь под свою опеку, как ребенка или лунатика».
Во исполнение этого распоряжения российской полиции пришлось занять резиденцию католикоса в Эчмядзине, взломать сейф и захватить документы, подтверждающие право собственности. Эта оскорбительная процедура, последовавшая после двух десятилетий бестактного и высокомерного администрирования, убедила террористов повернуть оружие против России и обратить почти всех армян в союзников. Несколько русских чиновников были убиты, а в октябре 1903 года террористы серьезно ранили Голицына. Армяне бойкотировали официальные школы, суды, административные учреждения и для исполнения их функций формировали собственные, нелегальные. За этим движением мирного протеста стояли дашнаки, параллельно возглавлявшие и кампанию террора. Бестактные меры имперской интеграции спровоцировали армян на создание национальных институтов, направленных против России.
Будучи не в состоянии противостоять волне пассивного и активного сопротивления, российские власти отреагировали так же, как и всегда во время имперских кризисов: разделением для того, чтобы править. В Баку, как и в Тифлисе, армяне составляли весьма заметный и процветающий средний класс, представлявший легкую цель для ненавидящих их азербайджанцев, многие из которых были полунищими рабочими на нефтяных месторождениях. В феврале 1905 года азербайджанцы, не встречая сопротивления полиции, ворвались в армянский квартал и в ходе бесчинств, продолжавшихся несколько дней, убили около 1,5 тысячи человек, включая 1 тысячу армян. В ответ последние создали собственную милицию, в которую вошло немало беженцев из Османской империи. Хотя резня символически закончилась совместной процессией во главе с армянским епископом и главный саидом шиитской исламской общины, этническая солидарность с обеих сторон была разбужена, и армяне, и азербайджанцы стали определять себя прежде всего по противостоянию друг другу.
Встревоженные столь серьезным нарушением общественного порядка, российские власти поспешили вернуть армянской церкви земли и школы. Очередной наместник, граф Воронцов-Дашков, доказывал, что официальная политика должна быть направлена на восстановление и поддержание союза с армянами, что крайне важно в условиях угрозы внешнего вторжения и внутреннего мусульманского восстания. Иногда, под давлением обстоятельств, Воронцов-Дашков, для восстановления порядка, даже шел на сотрудничество с дашнаками, за что впоследствии его упрекал Столыпин.
Межобщинные столкновения укрепили не только армянскую, но и азербайджанскую солидарность. К тому времени уже сформировался литературный азербайджанский язык, основанный на разговорной речи и отличавшийся как от персидского, так и от турецкого, причем вначале процесс пользовался поддержкой российских властей. Азербайджанский стал языком периодических изданий, озабоченных проблемами мусульманского образования и местом мусульман в империи. 1905–1906 годы — время кристаллизации азербайджанского самосознания у простых мусульманских рабочих и крестьян, присоединившихся к повстанческим отрядам для охраны сел и исполнения долга чести. Их эмблемой стало зеленое знамя Пророка; враги — армяне.
Таким образом, политика России на Кавказе вызвала серьезное отчуждение ее верных подданных и спровоцировала этнические конфликты, серьезно осложнившие положение в стратегически чувствительном районе.