В том тревожном настроении, которое охватило власти после убийства Александра II, параноические идеи Игнатьева получили поддержку. «Временные правила», принятые в мае 1882 года, запрещали евреям переселяться или приобретать собственность в аграрных областях, даже в пределах черты оседлости. В последующие годы евреям отказали в праве заниматься адвокатской деятельностью и обучаться военно-медицинским профессиям, ограничивался их доступ в средние и высшие учебные заведения. Евреи не могли участвовать в городских выборах и лишались голоса в земствах. Во время еврейской Пасхи 1891 года многих евреев, нелегально проживавших в Москве, изгнали из города, в результате чего численность еврейского населения во второй столице уменьшилась на две трети.
Отождествление евреев с финансами и торговлей сделало их пешкой в распре между Министерством финансов и Министерством внутренних дел, символизировавшей столкновение императивов экономического роста и внутренней безопасности. Примечательно, что коммерческие и технические училища, пользовавшиеся поддержкой министра финансов Витте, не ограничивали прием ни евреев, ни представителей какой-нибудь другой этнической или социальной группы. В то же время министры внутренних дел, особенно В. К. Плеве (1902–1904), неоднократно предупреждали: такие меры поощряют евреев, как природно одаренный и энергичный народ, к установлению контроля над экономикой страны, средствами массовой информации, к эксплуатации крестьян, которые оставались бы беспомощными без защиты сельской общины. Оппоненты Витте упорно характеризовали его как «государственного социалиста» и «друга евреев».
Кульминацией кампании против Витте стал документ, сфабрикованный в полицейском департаменте Министерства внутренних дел. Так называемые «Протоколы сионских мудрецов» представляли собой якобы стенографический отчет заседания лидеров международного еврейского сообщества, планирующих заключительную стадию кампании по захвату всего мира, стадию, на которой главной мишенью представлялось российское самодержавие как наиболее серьезное препятствие на их пути после того, как Западная Европа и Северная Америка стали их добычей. В протоколах объяснялось, как евреи, используя лозунги либерализма и Французской революции, ведут подрывную работу против легитимных монархий во всей Европе, как с помощью промышленности и финансов уничтожают земельную аристократию, как посредством школ и университетов ослабляют нравственность и, проповедуя атеизм, отвращают людей от церкви. В документе излагалась стратегия использования финансовых учреждений, средств массовой информации и системы образования для свержения существующего режима и захвата власти, после чего еврейское мировое правительство установит безжалостное и эффективное полицейское государство, защищающее себя с помощью пропаганды и шпионажа.
Это был старый образ явившегося из-за границы Антихриста, преподанный в новой версии, более подходящей времени. «Протоколы» возникли слишком поздно, чтобы оказать влияние на судьбу Витте, но сыграли зловещую роль в конституционной политике после 1905 года и, позднее, в судьбе евреев по всей Европе. По иронии судьбы кошмарный образ, описанный в фальшивке, гораздо точнее определял черты будущего советского коммунистического государства, чем реально существовавшей императорской России или какой-либо еврейской организации.
Антисемитизм породил своего рода массовую националистическую политику в форме еврейских погромов, наиболее разрушительная волна которых захлестнула Россию в 1903–1906 годах. Они последовали за периодом быстрого экономического роста и миграции населения, которые усилили опасения и недовольство, направленные против тех, кто, казалось, подрывал устои традиционной жизни. Своей кульминации они достигли осенью и зимой 1905–1906 годов, когда после октябрьского манифеста местные власти пребывали в состоянии дезориентации, а нееврейское население в черте оседлости забеспокоилось по поводу того, что евреи составят им еще более сильную конкуренцию, если получат полные гражданские права. Один начальник железнодорожной станции в Херсонской губернии, услышав о манифесте, заметил: «Самое время бить жидов, или нам всем придется чистить им сапоги».
Такую реакцию на манифест и на очевидную слабость правительства следует рассматривать в контексте целой волны беспорядков, охвативших Россию: крестьянские волнения, забастовки, демонстрации, вооруженные восстания рабочих, межэтнические столкновения. В черте оседлости насилие чаще всего направлялось против евреев, как наиболее заметных мишеней, вызывавших стойкое неприятие многих официальных лиц. В период беспорядков широко использовалась традиция самосуда, жертвами которого становились первые попадающиеся на глаза виновники. Что касается местной полиции, она часто не знала, что делать, кому подчиняться и как использовать явно недостаточные силы для борьбы с крупномасштабными волнениями. Некоторые официальные лица прямо поддерживали акты насилия в отношении евреев, но согласованной политикой российского правительства антисемитизм никогда не был.