Первый погром этого периода произошел в 1903 году в Кишиневе, главном городе Бессарабии, на Пасху, время, когда и в более спокойных условиях религиозные и этнические конфликты вспыхивали с особой силой. Погром последовал за убийством мальчика, а потом поползли слухи, что евреи убивают христианских детей в ритуальных целях, чтобы использовать кровь младенцев для приготовления своей пасхальной мацы. Беспорядки длились два дня, было убито 47 евреев и более 400 ранено, сгорело 700 домов и разгромлено 600 лавок.
Это кровавое событие значительно осложнило этническую ситуацию в черте оседлости. Основная газета Бессарабии, редактировавшаяся П. А. Крушеваном, постоянно клеветала на евреев, обвиняя в нелояльности, подрывной деятельности и экономической эксплуатации других национальностей. Официальные отчеты и протоколы судебных заседаний показывают: следователи и судьи относились к погромщикам снисходительно и считали, что евреи своим провокационным поведением сами навлекают на себя неприятности. Несмотря на доказательства участия в погромах официальных лиц Кишинева, ни одного человека не привлекли к ответственности.
Серия погромов, происшедших в 1905–1906 годах, была несравненно более кровавой. В период с октября 1905 года по январь 1906 года погибло более 3 тысяч евреев: за эти три месяца только в Одессе было убито 800 человек и ранено 3 тысячи. К этому времени вопрос стоял уже не об угрозе законности и порядку — революционное движение угрожало самой монархии. Власти, долго пытавшиеся подавить беспорядки, в том числе и направленные против евреев, оказались в полном недоумении и нередко поддавались соблазну направить насилие против тех, кого хотя бы номинально можно было назвать врагами монархии. Полиция, казаки и войска, не имевшие ни опыта, ни подготовки к подавлению массовых волнений, в трудных человеческих условиях нередко впадали в панику или давали волю собственным предрассудкам и обращали свои силы против демонстрантов, студентов и забастовщиков, а не только евреев. Именно в этот период из рабочих, крестьян, лавочников, мелких чиновников и безработных начали формироваться первые банды так называемой «Черной сотни» под прикрытием «Союза русского народа», провозгласившего защиту «Царя, веры и отечества» от «внутреннего врага», под которым в первую очередь подразумевались евреи.
Именно на этой стадии участие официальных лиц в преступлениях против евреев проявилось с полной очевидностью и недвусмысленностью. Полицейская типография в Петербурге выпустила тысячи листовок, в которых, к примеру, говорилось следующее: «Знаете ли вы, братья, рабочие и крестьяне, кто главный автор всех наших несчастий? Знаете ли вы, что евреи всего мира… вошли в союз и порешили полностью уничтожить Россию? Рвите этих христопродавцев на куски, убивайте их!»
Д. Ф. Трепов, генерал-губернатор Петербурга и помощник министра внутренних дел, возможно, и не давал личных указаний на распространение подобных провокационных листовок, но и не торопился остановить их выпуск. Кроме того, царь лично поддержал формирование «Союза русского народа», благословил его знамя и распорядился о выделении ему субсидий. Императору благоугодно было верить, что русские люди — вопреки бюрократам и политикам — хранят верность ему и в момент глубокого кризиса собственными, пусть и грубоватыми, способами выражают свои теплые чувства к монархии. Вскоре после октябрьского манифеста царь писал матери: «В первые дни после манифеста нехорошие элементы сильно подняли головы, но затем наступила сильная реакция, и вся масса преданных людей воспряла. Результат случился понятный и обыкновенный у нас: народ возмутился наглостью и дерзостью революционеров и социалистов, и так как 9/10 из них — жиды, то вся злость обрушилась на тех — отсюда еврейские погромы».
Во многих отношениях российские погромы можно сравнить с городскими выступлениями против «черных» в США в начале XX века. Когда политический разлад и экономические трудности усиливают отчаяние и угрожают безопасности простых людей, те вымещают свое недовольство на наиболее заметной и чуждой этнической группе.