Летом 1906 года беспорядки вспыхнули вновь, чаще всего сопровождаясь поджогами, как и в предыдущем году, и увеличившимся числом насильственных действий в отношении помещиков. На этот раз причиной явилась неспособность Думы убедить правительство отчуждать помещичью землю в пользу крестьян. После возвращения войск с Дальнего Востока власти почувствовали себя способными восстановить порядок. Усилившиеся репрессивные меры, возможно, и объясняют рост противодействия со стороны крестьян. В некоторых районах беспорядки продолжались и в 1907 году.
Крестьяне часто предпринимали значительные усилия, не всегда успешные, по поддержанию кое-какого порядка во время захвата земли и старались не допустить перерастания насилия в анархию. В конце концов, они хотели установить новый социальный порядок, а не развивать войну на взаимное уничтожение. Например, осенью 1905 года в ходе беспорядков в Саратовской губернии «все винные лавки закрывались. Деньги, захваченные у помещика, становились обшей собственностью. Помещиков мирно отвозили к ближайшей железнодорожной станции и отправляли в город. Зерно, скот и продукты распределялись в соответствии со строгими правилами. Из общей казны выплачивались авансы работникам и слугам. Потом поместье поджигали».
Не всегда подобные усилия приводили к успеху, не везде эти попытки вообще осуществлялись, а в некоторых местах крестьяне грабили все без разбора или вламывались в винные лавки и напивались допьяна, чем облегчали задачу властей.
Была предпринята лишь одна серьезная попытка организовать крестьян над уровнем волости и, таким образом, донести их чаяния и тревоги до имперской политической системы: Всероссийский Крестьянский Союз. Характерно, что частично его образование произошло благодаря инициативе властей, а помощь ему была оказана со стороны некрестьянами. Весной 1905 года губернский предводитель московского дворянства призвал несколько сельских собраний принять патриотические резолюции в поддержку войны. Те выразили свой патриотизм совсем не так, как ожидали власти, и выпустили заявление, осуждающее чиновников, которые «и от местного полицейского до самых министерств… ведут государственное дело России неправильно и транжирят деньги, собранные с бедняков».
5 мая состоялся съезд крестьян Московской губернии, призвавший к учреждению Крестьянского Союза по образу профсоюзов, уже возникших в городах. Резолюцию съезда опубликовали многие либеральные газеты.
Взлеты и падения Союза во многом совпадали с бурными событиями 1905–1906 годов. Согласно некоторым подсчетам, к концу 1905 года Союз имел от четырех до пяти тысяч отделений, в том числе в двенадцати губернских центрах, а число его членов превышало двести тысяч человек. Союз провел два съезда, в июле — августе и ноябре 1905 года, организационную подготовку к которым вело так называемое Бюро поддержки. На первом съезде около сотни крестьян представляли 22 губернии, кроме того, присутствовало примерно 25 делегатов некрестьян: учителя, агрономы, служащие земств, среди них члены партии эсеров. Число делегатов второго съезда оказалось в два раза больше, причем две трети были избраны сельскими и волостными сходами; кроме русских, на съезде присутствовали украинцы, белорусы, эстонцы, латыши и мордвины.
Это были самые крупные собрания, представляющие крестьянскую Россию. Партийный состав делегатов показал влияние социалистов-революционеров, пользовавшихся наибольшей популярностью в сельских местностях. Дебаты по земельному вопросу на первом съезде ясно обозначили крестьянские интересы. Популярную точку зрения высказал один из делегатов: «Необходимо запретить частную собственность на землю и передать землю тем, кто будет обрабатывать ее трудом своей семьи».
Другие говорили, прибегая к религиозным терминам: «Бог дал землю всем. Земля дает нам пищу и питье. Она должна быть отдана тем, кто может на ней работать». «Земля — настоящая мать всех нас. Ее создали не человеческие руки, а Святой Дух, а значит, ее нельзя покупать и продавать». Окончательная резолюция звучала не столь категорично: «Земля подлежит конфискации у частных собственников, как за компенсацию, так и без компенсации».
Это был компромисс между теми, кто настаивал, что земля должна находиться только в коллективной собственности, и теми, кто считал оправданным наличие небольших частных владений, используемых в нуждах семьи.
По другим вопросам Союз был близок по духу большинству крестьянских приговоров. Первый съезд единогласно принял резолюцию с требованием гражданских свобод и созыва Учредительного собрания. Из других требований можно отметить требование всеобщего светского и бесплатного образования и более демократичного и автономного местного самоуправления. Второй съезд, отличавшийся от первого более решительным политическим настроением, осудил правительственные репрессии, потребовал демократических свобод и амнистии политическим заключенным, а также немедленной передачи земли в руки крестьян. Съезд призвал к общенациональной забастовке и бойкоту помещиков, но отверг идею вооруженного восстания.