Очевидная гармония в отношениях Санкт-Петербурга с казахами, проживавшими на крайнем западе, была нарушена в 1770 году. Емельян Пугачев легко нашел союзников в казахских жузах для участия в его восстании против Екатерины Великой. Казахские султаны Досалы и Нуралы, не разобравшиеся в событиях в России и пренебрегавшие своими обязательствами, уведомили Пугачева до конца 1773 года о своей поддержке в ответ на его «указ». Кроме того, Досалы позволил своему сыну Саид Али Султану посетить ставку Пугачева и обещал мятежникам дополнительную помощь.
Чтобы обуздать непослушных казахов после поражения Пугачева, царские власти на время воздерживались от дальнейших попыток заключать альянсы с ними и стремились усилить свое влияние в казахских степях средствами подкупа. Султанам, лояльным России, выплачивалось жалованье. Более того, царские чиновники приобретали авторитет среди окружения ханов, выделяя значительные пособия его должностным лицам в обмен на их готовность поселиться в Оренбурге, где ими было легко манипулировать. Ханы из каждого жуза приняли такие условия в 1780 году.
Российское влияние на казахов еще больше усилилось, когда в начале XIX века при помощи русских образовался совершенно новый жуз. В 1801 году султан Бокей (ум. 1815), один из сыновей Нуралы-хана, предпринял попытку отделиться от соперничающих родов Младшего жуза и утвердиться в другом районе степи. Петиция султана императору Павлу I с просьбой разрешить казахам откочевать на север, на земли между Волгой и Уралом, недавно освободившиеся из-за бегства калмыков, получила одобрение.
Власти справедливо посчитали, что поселение Бокеевского жуза, или Букеевской орды, как его называли русские, поблизости к царским укрепленным линиям, поможет легко контролировать кочевников. По их оценкам, распад этого рода также ослабит родительский Младший жуз и сделает его более уязвимым перед лицом русских посягательств. Так, к 1812 году царские власти именовали султана Бокея ханом «орды», однако власть хана продлилась только до 1845 года, когда русские отменили этот титул, как поступили ранее подобным образом со Средним жузом в 1822 году и Младшим жузом в 1824 году.
«Приручение» казахских ханов и некоторых султанов взятками не вывело тем не менее их отношения с Россией на уровень, удовлетворявший царя. И дипломатия уступила место жестким переговорам и военной силе, которые превалировали в первую половину XIX века. Под таким давлением в 1819, 1823 и в 1846 году десятки султанов и беев – последних свободных казахов, представлявших Старший жуз, – скрепили печатями документы с присягами верности России. Принятие этих грамот царем сделало их, по мнению русских, подданными империи.
Такие новые «подданные», как Кенесары Касымов, отказавшиеся склониться перед российской властью, были признаны «мятежниками». Мятежи, естественно, следовало подавлять, и государственные чиновники поступали соответствующим образом, привлекая армию. Отношение казахов к русским радикально менялось. Многие кочевники на практике убеждались, что договоры, заключенные предками или соплеменниками, не воспринимались как обязывающие. Даже те казахи, которые чтили прежние соглашения с Москвой или Санкт-Петербургом, являвшиеся гарантией их целостности, не без оснований считали, что русские нарушали эти соглашения, посягая на новые территории и усиливая вмешательство во внутренние дела кочевников.
В результате всего этого ширилось сопротивление азиатов, прежде более или менее дружественных России. В этой напряженной ситуации правители России и дипломаты упрямо держались мнения, что казахов все еще связывают с царем узы XVIII века. Между тем это убеждение почти утратило под собой почву, поскольку торговые караваны продолжали подвергаться нападениям, русских опять брали в плен, и целые кочевые роды демонстрировали свою независимость, перемещаясь за пределы отведенных для них пастбищ. Развязка неминуемой трагедии случилась скорее на поле брани в казахской степи, чем в посольствах, как это ожидалось.
В условиях царской бюрократической системы дела, связанные со Средним казахским жузом, административно перешли в 1821 году из юрисдикции МИДа России в ведение западносибирской Омской губернии. Букеевская орда, в свою очередь, была передана в 1838 году под контроль Министерства госимущества. Значительную часть Среднего жуза подчинили в 1854 году центральным властям, затем в 1859 году Младший жуз вошел в сферу ответственности МВД, а в 1863 году Старший казахский жуз перешел из-под опеки МИДа под контроль западносибирского военного командования. Наконец, казахи, проживавшие по берегам Сырдарьи, попали в 1864 году под юрисдикцию военного ведомства.