Отношение России к мусульманству изменилось к концу десятилетия. Императрица дала ход программе обращения в ислам казахов, используя на равнинах казанских татар в качестве миссионеров. Их деятельность была призвана ослабить влияние в регионе бухарских мулл. Несмотря на упорное сопротивление реализации этой программы со стороны казахов, такой татарский прозелитизм успешно продолжался при официальной поддержке царских властей.
Несмотря на подобный поворот во внешней политике России, который спровоцировала просьба, переданная в 1780 году бухарским правителем Абул Гази (пр. 1758–1785) через своего посланника в Санкт-Петербурге муллу Ир Назар-бека Максудова, от русских властей не поступило ответа на запросы о свободном проходе паломников через Россию. Они продолжали относиться сдержанно к каждому такому обращению. Министр иностранных дел России граф К. В. Нессельроде мог в 1842 году только потянуть время с ответом хану Коканда Шир Али (пр. 1842–1845) по аналогичному запросу. «Считаю необходимым заявить вам, что прохождение паломников может не ограничиваться подданными Коканда, но также относиться к жителям других азиатских владений. Следовательно, возникает необходимость более широкого предварительного взгляда на этот вопрос, и когда будут найдены средства удовлетворения этой петиции без ущерба существующим в России полицейским правилам, власти Коканда будут извещены… Однако из уважения к вашей личной просьбе в прошлом году было дано разрешение прохождения через территорию России Мухаммаду Шариф Ходжа Касиму Ходжа-оглы».
Другая религиозная проблема, часто поднимавшаяся в дипломатической переписке, – браки между жителями Средней Азии и российскими подданными – возникала из-за затягивавшегося пребывания в России азиатских купцов, которые обычно брали в жены татарских и башкирских женщин. Упрямство царских властей, которые запрещали азиатам забирать с собой мусульманских жен и детей в Хиву или Бухару, вызывало поток официальных петиций с просьбами разрешить этим семьям эмигрировать. Авторам петиций отказывали скорее не по религиозным соображениям, а из-за нежелания позволить людям ускользнуть из-под российского государственного контроля.
Такое положение сравнимо в некотором отношении с проблемой тех русских, которые прожили всю жизнь рабами в Бухаре и Хиве, нередко принимали ислам и женились на местных девушках. Вероотступничество – смертный грех по канонам ислама – также противоречило и канонам русского православия, обращение в которое для мусульманина было хуже, чем обращение в язычество. Для русских церковных иерархов, имевших сильное влияние в правительственных учреждениях, потеря любого русского, который стал мусульманином (обасурманился) до такой степени, что отождествлял свои интересы с мусульманской общиной, была особенно огорчительной. А усилия русских по освобождению соотечественников из рабства были очень рискованными. То, что русские вероотступники временами служили двойными агентами против русских дипломатов, пытавшихся завербовать их для разведывательной работы в Бухаре или Хиве, подтверждал посол Петра Великого Флорио Беневени. Он докладывал, что русский, обращенный в мусульманство, знавший о деятельности дипломата в Бухаре, однажды раскрыл тайного курьера Беневени к хивинским властям.
После 1800 года, видимо, ни один повод, касавшийся Средней Азии, не возбуждал общественного негодования в России больше, чем воображаемая судьба христиан под «варварским» гнетом и чувство священного долга по их освобождению. Весьма вероятно, что национальная гордость, как и благочестие, являлись для официальных лиц мотивами особого внимания к судьбе русских пленников в Хиве. Религиозный фанатизм, которого Россия всегда справедливо или несправедливо опасалась в Бухаре, древнем мусульманском религиозном центре, вспыхнул сразу после вторжения царских войск, но еще раньше он разразился в наиболее опасной форме в Кокандском ханстве, расположенном южнее Хивы и Бухары.
Жестокий хан Коканда Алим (пр. 1800–1809) после подчинения большинства соседних территорий, присоединения их к своему владению и замирения с другими азиатскими соседями определил, кто был его реальным врагом. В конце своего правления, осознав, что царская Россия является главной угрозой власти Коканда, как и независимому существованию исламской Азии, Алим-хан заявил: «У нас нет более опасных врагов на этих землях, кроме неверных русских. Теперь нам надлежит проводить кампании во имя ислама, газават, так же как джихад против этого нечестивого стада, и опоясаться боевым поясом в борьбе против них».