В 2003 году Россия совместно с Францией и Германией фактически возглавили «лагерь несогласных» с действиями США в отношении Ирака. В конце 2004 года в российско-американских отношениях наступило небывалое похолодание, связанное с событиями на Украине («оранжевая революция»), а своего пика противоречия между США и РФ достигли после государственного переворота на Украине и воссоединения Крыма с Россией в 2014 году.
К основным проблемным вопросам между Россией и США относятся помощь России Ирану в осуществлении ядерной программы, энергобезопасность, ситуация в Грузии, Украине и Палестине, а также развертываемая Соединенными Штатами в Европе система противоракетной обороны. Под предлогом развития демократии США финансируют некоторые российские неправительственные организации и политические партии.
Вице-президент США Ричард Чейни, находясь в Вильнюсе, 4 мая 2006 года произнес речь, которую многие теперь называют «вильнюсской» по примеру «фултонской» речи Черчилля. По его словам, США не устраивает «использование Россией своих минеральных ресурсов в качестве внешнеполитического оружия давления, нарушение в России прав человека и деструктивные действия России на международной арене». Требование отказа России от прекращения сотрудничества с Ираном, Сирией, КНДР, Белоруссией и другими государствами, «вызывающими тревогу» у США, приводит к постоянным российско- американским конфликтам в Совете Безопасности ООН.
В начале 2007 года между США и Россией с новой силой разгорелся конфликт по поводу намерения США разместить в Польше и Чехии элементы своей системы ПРО. По словам руководства США, этот шаг направлен на защиту Европы от северокорейских и иранских ракет. Российское руководство категорически отвергает такое объяснение.
Министр обороны США Роберт Еейтс 8 февраля 2007 года заявил, что «Соединенным Штатам Америки следовало быть готовыми к возможному вооруженному конфликту с Россией». В свою очередь, на Мюнхенской конференции по безопасности 10 февраля 2007 года Владимир Путин с жесткой критикой обрушился на внешнюю политику США.
Президент России Владимир Путин 14 июля 2007 года подписал Указ «О приостановлении Российской Федерацией действия Договора об обычных вооружениях в Европе и связанных с ним международных договоров». Наблюдатели полагают, что это решение стало первым шагом российского руководства в сторону коренного изменения военно-политической обстановки на Евразийском континенте, складывающейся с начала 1990-х годов не в пользу России.
В сопровождающей документ справке указывается, что данное решение было вызвано «исключительными обстоятельствами, влияющими на безопасность Российской Федерации». К таковым, в частности, отнесены:
превышение восточноевропейскими государствами – участниками ДОВСЕ, присоединившимися к НАТО, «групповых» ограничений ДОВСЕ в результате расширения альянса;
невыполнение странами НАТО, принятого в 1999 году политического обязательства об ускоренной ратификации Соглашения об адаптации ДОВСЕ;
отказ Латвии, Литвы и Эстонии, вступивших в НАТО, от участия в ДОВСЕ и в результате появление на северо-западной границе РФ территории, «свободной» от ограничений на размещение обычных вооружений, в том числе и вооружений других стран;планируемое размещение военных баз США на территориях Болгарии и Румынии.
В августе 2008 года новый виток противостоянию России и США дало вторжение грузинских войск в Южную Осетию. Российские войска очистили территорию почти полностью захваченной непризнанной республики от грузинской армии и в течение нескольких дней продолжали бомбардировки военных объектов на всей территории Грузии, после чего Россия официально признала Южную Осетию и Абхазию независимыми государствами. Под вопросом оказалось дальнейшее существование Совета Россия – НАТО.
В связи с избранием Барака Обамы на первый срок Френсис Фукуяма отмечал: «Я не исключаю, что могут возобновиться отношения периода холодной войны, когда мы имели дело с русскими, которым нельзя было доверять и которые в любой момент могли прибегнуть к военной силе. Разница будет лишь в том, что в отличие от Советского Союза Россия более интегрирована в мировую экономику, а оттого и более уязвима. Это накладывает определенные ограничители на действия России, которых не существовало в период холодной войны».
На брифинге 7 января 2009 года, посвященном политике уходящей администрации президента США Буша-младшего, его советник по национальной безопасности Стивен Хэдли, говоря об американо-российских отношениях, так сформулировал итоги последних лет: «Президент Буш работал над тем, чтобы перевести двусторонние отношения из русла противостояния времен холодной войны на путь сотрудничества в тех областях, где мы имеем общие интересы, решая при этом имеющиеся разногласия в открытой, последовательной и транспарентной манере».