Угроза предстоящей войны с Францией вынудила императора создать еще один специальный орган. В начале января 1807 года он учредил Особый комитет. В его функции входила координация деятельности Тайной полицейской экспедиции, Особой секретной полиции, а также МВД в сфере внешней и внутренней безопасности России. На рассмотрение Особого комитета выносились дела по преступлениям «клонящимся к нарушению общественного спокойствия». Возглавил Комитет министр юстиции князь П. Лопухин. В его состав вошли министр внутренних дел князь В. Кочубей, сенаторы Н. Новосельцев и А. Макаров.
25 июля 1811 года было образовано министерство полиции, а в его недрах создана Особая канцелярия. Первым ее начальником стал опытный контрразведчик, прошедший хорошую школу в Тайной экспедиции Я. де Санглен. На нее возлагались функции: «ведать делами по ведомству иностранцев и заграничными паспортами, цензурной ревизией», позже политического сыска. Глава Особой канцелярии был наделен правом непосредственного доклада императору без согласования с министром и исполнял его личные указания по надзору за высшими государственными чиновниками.
Одно из таких указаний касалось статс-секретаря М. Сперанского — большого поклонника Наполеона и сторонника французской системы государственного устройства. В результате контрразведывательной работы в марте 1812 года Сперанский был освобожден от должности, отправлен в отставку и сослан в Нижний Новгород.
Угроза надвигающейся войны с Наполеоном подтолкнула Александра I и его окружение к созданию в армии специального централизованного органа, который бы осуществлял разведку неприятеля. 27 января 1812 года император утвердил «Образование Высшей воинской полиции при армии». В ее Положении было определено:
«…1. Высшая полиция армии состоит в непосредственном ведомстве начальника Главного штаба.
2. При нем находится директор оной.
3. Вся окружность, армией занимаемая, разделяется на три части, то есть: по обоим флангам и в центру неприятельской армией.
4. Каждая часть сей окружности составляет округ Высшей полиции.
5. Каждый из сих округов вверяется самому надежному и испытанному чиновнику….
8. Обязанность окружных управлений Высшей полиции состоит в следующем:
1- е Самый осторожный выбор агентов.
2-е Проверка сведений, или доставляемых, сличением различных известий из одного места.
3-е Строгое соблюдение дабы агенты не могли знать либо встретить друг друга.
4-е Охранение в величайшей осторожности и тайне сношений своих с директоров Высшей полиции, строгим исполнением предписанных от него способов переписки…».
В этом документе впервые вводилась классификация агентов, лазутчиков и содержались требования к организации работы с ними.
Деятельность Высшей воинской полиции осуществлялась в глубочайшей тайне даже от большинства военачальников. Разглашение сотрудником принадлежности к ее составу влекло за собой суровое наказание. При поступлении на службу кандидат письменно — в специальной клятве подтверждал свою готовность выполнять эти суровые требования.
Организационные и кадровые меры, принятые Александром I позволили российским спецслужбам внести значительный вклад в победу над Наполеоном.
Тайная война с Наполеоном
Операция, начатая Особой канцелярией при военном министре в феврале 1811 года, по своему содержанию, вне всякого сомнения, носила стратегический характер, а ее результаты сказались на итогах войны с Наполеоном. Она продолжалась почти два года. Целями операции являлись агентурное проникновение в разведсеть Франции и дезинформирование ее Генштаба.
Начало ей положил отставной ротмистр Д. Саван. Он обратился к командованию 1-й Западной армии и сообщил, что начальник Генштаба и разведки Герцогства Варшавского — вассального государства Наполеона I, генерал С. Фишер предложил ему негласное сотрудничество с целью шпионажа в боевых порядках русской армии в интересах французской спецслужбы.
Командующий армией Барклай-де-Толли по достоинству оценил сообщение Савана и поручил контрразведчикам начать оперативную игру. В Варшаву на встречу с Фишером русский разведчик отправился с «собранными сведениями». Они были подготовлены подчиненными Барклая-де-Толли и содержали дезинформацию. Результаты «работы» Савана получили самую высокую оценку, разведчика принял на личную связь сам глава секретной службы «передового базирования» барон Л. Биньон.