До Гражданской войны в США крупнейшим единоличным поставщиком хлопка-сырца в Россию являлись Соединенные Штаты. Во время войны, когда северяне заблокировали порты конфедератов, сорвав экспорт хлопка, важность Центральной Азии как альтернативного источника поставок многократно возросла. В 1862 году, когда влияние войны в Америке впервые стало ощущаться в полной мере, цена на центральноазиатский хлопок на русском рынке утроилась по сравнению с 1860 годом. К 1864 году она выросла еще вдвое. Производители из Центральной Азии увеличили площади, отведенные под хлопок, и стоимость хлопкового экспорта ханств в Россию выросла с 713 000 рублей в 1860 году до 6 521 000 рублей в 1864-м. Хлопок-сырец в 1864 году составил 85 % от всей стоимости центральноазиатского экспорта. Однако с учетом постоянного роста цен на хлопок более показательными являются количественные показатели российского импорта хлопка-сырца из Центральной Азии. Этот импорт вырос с 174 059 пудов в 1860 году до 459 000 пудов в 1864-м. Он составлял всего 6 % от общего импорта хлопка из всех источников в 1860 году, и вырос до рекордных 40 % в 1862-м (в то время как импорт из других источников снизился на 80 %), и продолжил составлять существенные 28 % в 1864 году. Даже после окончания Гражданской войны в Америке российский хлопковый импорт из Центральной Азии продолжил расти в абсолютных величинах, хотя после возобновления импорта из Америки его относительная значимость снизилась. Русский экспорт в центральноазиатские ханства тоже пережил резкий взлет после того, как граница сдвинулась вперед. С 1863 по 1867 год годовая стоимость русского экспорта в Центральную Азию выросла больше чем втрое, а доля русского экспорта во все страны Азии возросла с 22 до 42 %.
После 1862 года растущая зависимость России от центральноазиатского хлопка и преимущества, полученные русской экспортной торговлей, благодаря продвижению русских войск, являются неопровержимыми фактами. Ясно также, что, по меньшей мере, некоторые группы русского промышленного и коммерческого сообщества стремились добиться правительственного акта, закрепляющего их привилегии в Центральной Азии. Дискриминация русских купцов со стороны ханств долгое время являлась камнем преткновения и была устранена только после завоевания. В конце 1850-х годов русские производители и торговцы начали постоянно жаловаться в Министерство иностранных дел на дискриминационные пошлины в ханствах, с помощью которых вся торговля оставалась в руках местных купцов. В 1862 году, когда хлопок из ханств приобрел особую значимость для русской промышленности, за прямое государственное вмешательство в Центральной Азии стал мягко выступать даже такой влиятельный журнал, как «Русский вестник» М.Н. Каткова. В начале того же года пятнадцать крупнейших купцов подали прошение в Министерство финансов с просьбой открыть в Бухаре консульство для защиты интересов русских подданных. Несмотря на скептицизм министра иностранных дел по поводу получения от эмира гарантий нормального функционирования консульства в соответствии с международным правом, две специальные комиссии изучили этот вопрос и дали положительный ответ. В конце 1864 года дальнейшее обсуждение было отложено по просьбе Азиатского департамента, ожидавшего урегулирования отношений России и Бухары.
Хотя накануне завоевания значение центральноазиатского хлопка для России существенно возросло и заметно усилились настроения в пользу продвижения вглубь Центральной Азии для защиты и продвижения интересов русских промышленников и торговцев, влияние этих факторов на формирование политики было минимальным. История обсуждений, которые привели к завоеванию, и самого завоевания указывает, что ни для столицы, ни для военного командования экономические соображения не имели большого значения. Примером может служить М.А. Хлудов, владелец одной из крупнейших в России хлопкопрядильной фабрики и главный российский экспортер в Центральную Азию, приехавший в Бухару в 1863 году и в 1867-м сообщивший правительству об условиях, в которых находилась торговля в период непрочного перемирия с Бухарой. Хлудов отметил, что Центральная Азия представляет собой исключительно прибыльный рынок для русских товаров, но торговля за пределами областей, подконтрольных русской администрации, представляет опасность для русских купцов. Его заключение сводилось к тому, что «нам будет очень трудно конкурировать [с англичанами] даже под защитой наших властей, и совершенно невозможно без нее». Не согласившись с выводами Хлудова, П.Н. Стремоухов, занимавший с 1864 года пост директора Азиатского департамента Министерства иностранных дел, отмечал, что русские получили бы несомненное преимущество, если бы стали «полновластными хозяевами Центральной Азии, но для рационального решения этого вопроса коммерческие соображения могут считаться только одним из условий, важным, но не первостепенным». За пять лет до этого Министерство иностранных дел отказало в подобном прошении о государственной поддержке торговли в Центральной Азии, поданным одним из знатоков русского хлопкового производства, безоговорочно заявив, что «правительство может принимать во внимание только интересы государства». Короче говоря, существовал целый комплекс причин, подталкивавших Россию в направлении Центральной Азии: создание безопасной границы, провокации со стороны нестабильных соседей, страх оказаться вытесненной с этой территории Англией и соблазн обрести новые дипломатические рычаги, экономическую выгоду и военную славу.