Через несколько дней Черняев под свою ответственность начал переговоры с Бухарой, стремясь «отвлечь эмира от попытки вмешательства в дела Ташкента и повернуть его действия в другом направлении, более соответствующем нашим интересам». В своем письме эмиру Черняев заявил, что Александр II велел ему не переходить Сырдарью, но хотел, чтобы для обеспечения спокойствия и порядка эмир оттеснил Коканд к югу от реки. Далее русский командующий обещал, если Музаффар пожелает, испросить разрешения императора на отправку русских войск в помощь этой операции, и оставил на усмотрение эмира вопрос, следует ли Худояру продолжать сидеть на троне Коканда.
13 мая Черняев написал Крыжановскому, предлагая, чтобы Россия использовала Сырдарью как свою естественную границу и согласилась с оккупацией Бухарой Южного Коканда, чего, по его утверждению, Россия все равно не могла избежать на данный момент. Он также просил разрешения начать переговоры с эмиром по этому вопросу. Просьба Черняева санкционировать его действия была всего лишь формальностью, поскольку он уже написал Музаффару и в любом случае не мог бы ждать два месяца, необходимых для получения ответа из Петербурга. Ответ правительства, представлявший чисто академический интерес к тому времени, когда он в конце июня – начале июля дошел до Черняева, состоял в том, что оккупация эмиром остатков Кокандского ханства рассматривалась бы как враждебный акт в отношении России и привела бы к приостановке торговли Бухары с Россией. Несмотря на то что сама Россия не стремилась к дальнейшим территориальным приобретениям, она, по-видимому, ничего не имела против усиления одного из своих соседей за счет другого. Петербург воспользовался этой возможностью, чтобы подчеркнуть, что и Ташкент, и Коканд должны остаться незатронутыми русской оккупацией. Их нужно сохранить как независимые государства под русским влиянием, чтобы, таким образом, гарантировать спокойствие русских границ и безопасность своей торговли. Оказавшись перед лицом правительственного неодобрения, Черняев в своем рапорте от 6 августа преуменьшил значимость предложения, которое он сделал эмиру, утверждая, что Россия в любом случае не смогла бы предотвратить захват Бухарой Южного Коканда, а русское обещание военной поддержки Россию ни к чему не обязывает. Отправленное в мае письмо Черняева эмиру по какой-то необъяснимой причине дошло к нему с большим опозданием. Тем временем пробухарская партия добилась контроля в Ташкенте и вступила в контакт с Музаффаром. Встревоженный намерениями русских, эмир пошел на Ходжент и захватил город. Но 17 июня Ташкент сдался Черняеву, и в нарушение приказов там разместился русский гарнизон. По словам Черняева, это было сделано, чтобы не допустить междоусобиц и защитить город от Коканда и Бухары.
Тем временем Петербург обдумывал свою будущую политику в отношении Бухары. В течение мая Министерство иностранных дел совместно с генералом Крыжановским подготовило проект требований, в котором настоятельно просило Бухару вести себя как добрый сосед и обеспечить русским купцам «полную безопасность и сохранность их собственности; право свободно торговать во всех городах Бухарского ханства; такие же таможенные пошлины, как у подданных Бухары, и равные с ними права в бухарских судах». Россия по-прежнему требовала от Бухары не больше, чем в прошлые десятилетия.
Разрыв с Бухарой
Прямо перед падением Ташкента, но после того, как Музаффар захватил столицу Коканда и восстановил Худояра на троне, он отправил посольство к Александру II с просьбой установить границу между Россией и Бухарой. В ожидании ответа Бухара потребовала от Черняева, чтобы он отошел как минимум в Чимкент. В ответ на попытку эмира решить дело непосредственно с Петербургом Черняев приказал арестовать всех подданных Бухары и конфисковать все бухарские караваны в Ташкентской области. Затем он попросил свое начальство распространить эти меры на всю Российскую империю. Крыжановского сильно обеспокоило положение, в котором он оказался из-за действий Черняева. Опасаясь недовольства Петербурга, он тем не менее предпочел распространить аресты на Оренбургское генерал-губернаторство, чем отменить приказ Черняева, заставив его потерять лицо в глазах местных жителей и открыв им отсутствие единства среди русских. В результате в генерал-губернаторстве было арестовано 138 бухарских торговцев. Еще до того, как Музаффар узнал об их аресте, он наконец получил первое письмо Черняева и выразил свое удовлетворение, послав русскому командующему подарки с единственной просьбой, чтобы русские не переходили реку Чирчик, которая могла бы служить временной границей, пока бухарское посольство не получит ответ из Петербурга. Черняев не дал положительного ответа, возможно, потому, что Ташкент зависел от поставок зерна из района, расположенного к югу от Чирчика. Когда эмир узнал об аресте своих подданных, его пыл заметно охладел, и он немедленно отправил посыльных с требованием освободить их.