Петербург был недоволен, что Черняев предпринял такой важный шаг, даже не объяснив причин, но в то же время исполнился решимости не уступать Музаффар ад-Дину ни дюйма. 23 июля Горчаков пожаловался на действия Черняева военному министру Милютину, хотя подтвердил: «Мы не можем сейчас отступить. Склониться перед эмиром было бы немыслимо». Министерство иностранных дел чувствовало, что ситуация стремительно ускользает из рук гражданских властей, переходя в руки военных, но его беспокоило только, чтобы армия была уверена в своих силах, когда дело дойдет до столкновения с Бухарой. Несмотря на то что приказы Черняева и Крыжановского получили подтверждение, в ожидании поступления дальнейших указаний их действие ограничили Оренбургским генерал-губернаторством. Уведомляя об этом Крыжановского, Милютин добавил, что «необходимо любой ценой обеспечить наше влияние и сохранить наше достоинство». 29 июля военный министр разъяснил политику правительства в отношении Бухары на длительную перспективу: «Честь империи и интересы России не позволяют нам даже рассматривать возможность отступления или уступок высокомерным требованиям эмира Бухары. Наше будущее во всей Центральной Азии зависит от той позиции, которую мы займем в отношении Бухары, и Его Величество Император надеется, что ваше превосходительство не преминет приложить все усилия для поддержания чести России и нашего влияния в Центральной Азии». Там же Милютин передал Крыжановскому предостережение Горчакова использовать силу только в крайнем случае и избегать любых военных поражений, которые могут ударить по престижу России.
В конце июля посланцы эмира, направлявшиеся в Петербург, добрались до Казалинска, расположенного в низовьях Сырдарьи, где были задержаны по приказу генерала Крыжановского, который объяснил им, что Музаффар должен договариваться с ним, а не с императором. В то же время Крыжановский предложил, чтобы Петербург разрешил ему вести дела с эмиром по вопросу Ташкента, который должен остаться независимым государством под гарантии России.
Оккупация Ташкента и арест бухарских торговцев, которые были произведены по инициативе Черняева, стали непосредственной причиной усиления враждебности между Россией и Бухарой. Петербург был встревожен. В сентябре директор Азиатского департамента Министерства иностранных дел Стремоухов в ответ на предложение Черняева захватить Ташкент и часть Коканда, расположенную севернее Сырдарьи, предупреждал против любого дальнейшего продвижения в Центральной Азии. 19 октября в попытке вернуть правительству контроль над событиями Кабинет министров приказал Крыжановскому как можно скорее отменить репрессивные меры в отношении бухарских торговцев, и в будущем не предпринимать никаких экстраординарных мер без санкции правительства.
Тем временем дело шло к войне. В сентябре Черняев приказал своим войскам усмирить район за рекой Чирчик, тем самым отказывая Музаффару в его июльской просьбе считать Чирчик временной границей Бухары. В середине октября Черняев отправил к эмиру посольство во главе с надворным советником К.В. Струве из Военного министерства, чтобы договориться о восстановлении дружеских отношений и торговли. В Бухаре русские обнаружили посланцев из Коканда, Хивы, Шахрисабза и Афганистана. Судя по всему, в ближайшем будущем следовало ожидать формирования антирусской коалиции. В ноябре Музаффар арестовал не только миссию Струве, но и всех остальных русских в Бухаре. 7 декабря Черняев потребовал у эмира объяснений по поводу этих арестов. Эмир ответил, что русская миссия была задержана в отместку за арест бухарского посольства (в ноябре переведенного в Оренбург) и будет освобождена после того, как посланцы Бухары получат положительный ответ от самого императора.