Думая напугать эмира, Черняев 12 января 1866 года послал небольшой отряд на другую сторону Сырдарьи в Чиназ, но в результате Музаффар начал собирать войска и вступил в переговоры с Хивой и туркменскими племенами. Тогда 31 января в нарушение предписаний своего начальства в Оренбурге и Военном министерстве, Черняев форсировал ледяную Сырдарью и двинулся на Джизак, самую мощную крепость на бухарской границе. Губернатор Туркестанской области был награжден за взятие Ташкента и не сомневался, что, несмотря на нарушение предписаний, получит аналогичную награду за предполагаемую кампанию против Бухары. Черняев сообщил Музаффару, что перешел Сырдарью не чтобы что-то завоевать, а чтобы освободить захваченных русских послов. Эмир попытался остановить дальнейшее наступление, пообещав освободить миссию Струве, но Черняев повторил, что продолжит наступление по Голодной степи, пока не дойдет до первого места водопоя, где и будет ждать своих соотечественников. Русские остановились примерно в пяти милях от Джизака, бек которого отказался продать им дрова и сено и открыл огонь по русскому отряду, посланному раздобыть их. Вскоре стало ясно, что Музаффар остановился и не собирается отпускать пленных. Черняев решил не пытаться взять Джизак и 11 февраля начал отходить на левый берег Сырдарьи. Еще до того, как началось отступление от Джизака, Черняев, который уже давно был в ссоре с Крыжановским, был снят со своего поста и отозван домой для объяснения своего поведения.
Первая бухарская кампания, 1866 г
Преемником Черняева на посту военного губернатора Туркестанской области стал генерал-майор Д.И. Романовский. Он получил совместное предписание от Военного министерства и Министерства иностранных дел, которое фактически давало ему полную свободу действий. Эти предписания приказывали ему «всячески стремиться не расширять наши владения в Центральной Азии, однако не отказываться ради достижения этой цели от таких действий, которые могут быть нам необходимы, и в целом, прежде всего, иметь в виду истинные интересы России». Петербург выражал сожаление, что недавние события сделали эмира Бухары нашим врагом, и настаивал на скорейшем восстановлении дружеских коммерческих отношений. Однако никакие специальные действия в этом направлении не были рекомендованы. Напротив, предписание напоминало, что «азиаты уважают только военную силу, что малейшие колебания и нерешительность, а особенно уступки в ответ на какие-нибудь неподобающие заявления с их стороны будут восприняты как слабость и не только не достигнут своей цели, но могут иметь тяжелые последствия, как для недавно присоединенных нами регионов, так и для степей, расположенных у наших бывших границ». Главной задачей Романовского в отношении Бухары было «заставить эмира понять, что мы не хотим ничего завоевывать и не угрожаем целостности его владений, но мы не позволим ему расширить свои владения в направлении наших границ».
Более однозначное доказательство намерений России в то время содержалось в проекте договора с Бухарой, составленном в конце 1865 года Крыжановским. Проект договора содержал следующее: размещение в Бухаре русского торгового представительства, равные права для русских торговцев в Бухаре, снижение экспортных и импортных пошлин, признание Бухарой независимости Ташкента, свободное плавание по Сырдарье для русских кораблей и возможная поддержка требований Бухары к Коканду со стороны России. Только после того, как эмир подписал этот договор, его послу позволили продолжить свой путь в Петербург. 4 января 1866 года Милютин, действовавший от имени императора и правительства, одобрил проект Крыжановского, но добавил к нему ответное предоставление торговых привилегий бухарцам в России и исключил вмешательство бухарцев в Коканде.
Политика самого Романовского, утвержденная в сентябре 1867 года, состояла в том, чтобы, насколько возможно, улучшить позиции России в Центральной Азии за счет ослабления влияния Бухары, оккупируя только стратегические пункты, и в том, чтобы убедить соседей России в ее мирных намерениях. Одним из первых действий Романовского, направленных на ослабление влияния Бухары, стало обращение к эмиру «ваше высокостепенство», а не «высочество», как всегда обращался к нему Черняев. К эмирам больше не обращались как к царям. Так продолжалось до самого конца XIX века, но к тому времени они уже передали реальную власть своим русским патронам.