В марте 1866 года Романовский прибыл в русский лагерь под Чиназом и принял командование. Перестрелки с бухарскими войсками случались постоянно, кроме того, поступали донесения, что Музаффар просил помощи у Хивы. 19 апреля Романовский принял бухарское посольство, доставившее письмо от эмира, который настаивал, чтобы русские немедленно отошли за Сырдарью, однако ничего не сообщал об освобождении миссии Струве. 7 мая русские разбили лагерь под Ирджаром и на следующий день нанесли поражение бухарской армии в крупном сражении. Сам Музаффар бежал с поля боя.
Вместо того чтобы использовать эту победу для освобождения русских заложников и затем отойти с бухарских земель в соответствии с духом своих предписаний, Романовский по своей инициативе пошел вперед и осадил город Ходжент – ключ к Ферганской долине, в то время находившийся в руках Коканда, и 24 мая взял его. Свой поступок он оправдывал следующими соображениями стратегии: обладание Ходжентом необходимо для защиты района, расположенного по ту сторону Чирчика, он отделяет Коканд от Бухары и обеспечивает самый удобный доступ к обоим ханствам. Как Ташкент до этого был необходим для защиты Чимкента, а район за Чирчиком – для защиты Ташкента, так же теперь Ходжент был необходим для защиты района, расположенного за Чирчиком. Такого рода аргументация всегда была близка сердцам военных.
Бой под Ирджаром и падение Ходжента сильно повлияли на эмира. В начале июня он освободил миссию Струве и отправил к Романовскому посольство, чтобы потребовать от генерала обещание, что он не будет предпринимать никаких дальнейших действий по захвату бухарских территорий. Романовский ответил, что для обсуждения условий мира в Ташкент прибудет его начальник, генерал-губернатор Оренбурга. А пока Романовский выдвинул четыре условия заключения мира. Бухара должна: признать все последние завоевания России и согласиться, что русско-бухарская граница проходит по Голодной степи и пустыне Кызылкум; снизить пошлины на русские товары до уровня пошлин на бухарские товары в России; предоставить полную свободу и безопасность всем русским подданным в Бухаре; выплатить контрибуцию, чтобы покрыть расходы по проведению последней кампании. Пункт о возмещении Романовский включил, чтобы в дальнейшем его можно было заменить другими, более необходимыми нуждами. Как условие для немедленного прекращения военных действий, Романовский потребовал освобождения всех русских торговцев и их товаров и пообещал ходатайствовать об освобождении бухарцев, арестованных в Оренбурге. Впоследствии Музаффар освободил русских торговцев в Бухаре и вернул им их товары.
Лето 1866 года не принесло значительных событий. Падение Ходжента положило конец военным столкновениям с Кокандом, владения которого теперь сократились до одной лишь Ферганской долины, хотя формальный договор о мире был заключен только в конце 1868 года. Мир с Бухарой сохранялся. Однако из России поступали грозные сигналы. В июле генерал Крыжановский, только что вернувшийся из Петербурга, написал Романовскому, выражая свое недовольство, как Романовский повел себя с эмиром, в особенности его прошением об освобождении бухарских торговцев, находившихся в Оренбурге. Крыжановсий советовал Романовскому «бить эмира, как вы делали это раньше, и предъявлять ему требования, ничего не уступая взамен».
Интересным побочным результатом миссии Струве стал меморандум, врученный генералу Романовскому 23 июля одним из членов миссии, подполковником А.И. Глуховским. Глуховской утверждал, что для того, чтобы сохранить Бухару и весь бассейн Амударьи недосягаемым для Англии и сделать последний надежным источником хлопка-сырца, необходимо поставить его под влияние России, причем добиваться этого он рекомендовал «самыми простыми и дешевыми средствами». Прямая аннексия и даже приведение Бухары к статусу вассального государства потребовали бы огромных затрат. Вместо этого Глуховской предлагал, чтобы Россия сделала Бухару своим «независимым союзником», лояльность которого можно гарантировать следующим способом. Россия оккупирует Джизак – ключ к долине Заравшан, обладание которым как опорным пунктом позволит ей оказывать непреодолимое влияние на Бухару; эмиру придаются четыре-пять отрядов русских солдат для защиты его от внутренних врагов; центральноазиатские ханства, расположенные до Амударьи, объединяются с Россией в рамках таможенного союза. Предложение Глуховского возложить на Бухару роль независимого, но подконтрольного союзника отражали тогдашние взгляды правительственных кругов, но их реализация оказалась далеко не такой простой и дешевой, как он предполагал.