В августе 1866 года генерал Крыжановский прибыл в Ташкент и объявил о присоединении к Российской империи этого города, а также района, расположенного на другой стороне Чирчика, и Ходжента. Война с Бухарой заставила Петербург отказаться от идеи независимого Ташкента. В конце месяца Романовский написал Музаффару, что Крыжановский ждет его в Ташкенте, имея все полномочия для заключения мира. Если эмир немедленно не отправит посланца для обсуждения условий мирного договора, Романовский угрожал возобновить военные действия. В соответствии с этим Музаффар в начале сентября отправил посольство в Ходжент с заявлением о своей полной готовности идти навстречу требованиям русских.
Условия мира, представленные бухарскому посланцу Крыжановским, были похожи на те, которые в начале года обсуждались Омском и Петербургом. Для защиты интересов русских торговцев в Бухаре должен находиться русский торговый представитель; российские подданные должны иметь право устраивать караван-сараи в любом городе ханства; русские торговцы должны платить те же пошлины, что и бухарцы; эмир должен навсегда отказаться от вмешательства в дела Коканда и выплатить контрибуцию в размере 100 000 тилл (примерно 400 000 рублей).
Несмотря на возражение бухарского посла, что у него нет полномочий соглашаться на контрибуцию, Крыжановский, верный собственному совету, который он дал в июле Романовскому, остался непреклонным. В мае Музаффар ничем не подкрепил своего согласия с предварительными условиями Романовского, а Крыжановский был лично оскорблен скудными подарками, присланными ему эмиром, и решил заставить Музаффара принять условия, захватив Ура-Тюбе и Джизак. 5 сентября он написал Милютину, что возобновляет военные действия против Бухары. Восемь дней спустя бухарскому послу сказали, что у эмира есть всего десять дней, чтобы заплатить контрибуцию, или он окажется перед лицом военных действий. Крыжановский знал, что за десять дней невозможно добраться из Ходжента до Бухары (более 300 миль), собрать такую большую сумму и вернуться назад. 20 сентября русские войска выступили из Ходжента, чтобы к тому моменту, когда 23-го истечет срок ультиматума, быть на бухарской границе.
В октябре русские войска взяли один за другим Ура-Тюбе, Джизак и Яны-Курган. В преддверии окончания сезона кампанию решили завершить, и генералы Крыжановский и Романовский вернулись в Ташкент. От Музаффара вестей не было, но вскоре после падения Джизака 18 октября беки из Шахрисабза попросили русских продолжить наступление на Бухару и заявили о своем желании сотрудничать.
1866 год принес русским новые значительные завоевания, но не принес в Центральную Азию мира и стабильности. Александр II и Горчаков не преминули выразить недовольство. В ноябре Милютин напомнил Крыжановскому, что «император не хотел новых завоеваний» и ждет возобновления мирных переговоров с Бухарой, «поскольку в нынешних условиях умиротворение на этой территории и возобновление торговли с нашими азиатскими соседями важнее, чем самые блестящие военные успехи, особенно если они требуют усиления наших войск и новых расходов из государственной казны». В следующем месяце события 1866 года получили критическую оценку в меморандуме Министерства иностранных дел: «Какими бы блестящими ни были успехи нашего оружия, с точки зрения политики они не достигли положительных результатов».
Проект договора 1867 г
В январе 1867 года Индия ответила отказом на призыв Музаффара помочь ему против России, поэтому в мае эмир отправил в Оренбург другого посла для возобновления мирных переговоров. Очевидно, его целью было добиться возвращения Ура-Тюбе и Джизака и признания границей левого берега Сырдарьи, а если это не получится, то, по крайней мере, выиграть время, чтобы подготовиться к возобновлению военных действий.
Пока в Оренбурге шли переговоры, Туркестанская область получила статус генерал-губернаторства, а Романовского сменил генерал К.П. Кауфман. Императорский указ от 17 июля давал Кауфману всю полноту власти «решать любые политические, пограничные и коммерческие вопросы, отправлять на сопредельные территории доверенных лиц для ведения переговоров и подписания соглашений, условий и административных положений, затрагивающих подданных обеих сторон». Император заранее брал на себя обязательство «одобрять все, что будет заключено и подписано на основании указанных выше полномочий». Назначение пришлось фон Кауфману по вкусу. Тщеславный и жаждавший личной славы новый генерал-губернатор наслаждался и сущностью, и преимуществами власти. Церемонное поведение и строгое соблюдение этикета, которым он себя окружил в Ташкенте, так поразило жителей Центральной Азии, что они прозвали его ярым-падишах (полуимператор).