Расхождение во мнениях между центральным правительством и командующими на местах никуда не делись. Генерал Мантейфель, принявший на себя обязанности правителя Туркестанской области после отзыва Романовского, убеждал продолжить наступление, но на этот раз на Самарканд. Стремоухов 29 июля ответил начальнику Генерального штаба графу Ф.Л. Гейдену возмущенным письмом: «Нам постоянно говорили, что различные пункты в Центральной Азии необходимы, чтобы укрепить нашу позицию и служить оплотом и бастионом для наших владений. Такими пунктами поочередно назывались Чимкент, Ташкент, Ходжент и Джизак, и теперь нам указывают на Самарканд… Постоянно говорилось, что ради славы России, ради поднятия ее престижа необходимо взять ту или иную твердыню или разгромить азиатские орды на поле боя. Твердыни были взяты одна за другой, орды наконец разгромлены, подходящие границы установлены, но потом неизбежно выяснялось, что не хватает еще одной твердыни, что нужна еще одна победа, что по-настоящему правильная граница проходит где-то дальше, что прошлые успехи подняли наш престиж недостаточно высоко. Вы, ваше сиятельство, справедливо согласитесь, что такому образу действий нужно наконец положить конец, поскольку он не согласуется ни с достоинством, ни с истинными интересами правительства». Этими словами, отвергая хорошо знакомые аргументы военных о стратегической необходимости, Стремоухов обращался к Горчакову и к императору.
Заняв свой пост, генерал Кауфман обратился к задаче заключения мира с Бухарой. Крыжановский доработал свои прежние сентябрьские мирные условия, превратив их в проект договора из десяти пунктов, получивший одобрение императора. Кауфман предложил несколько поправок, включая положение, что эмир должен поддерживать отношения с императором только через генерал-губернатора, находящегося в Ташкенте, и что Яны-Курган будет возвращен Бухаре. Крыжановский принял поправки и 14 сентября 1867 года подписал проект договора и передал его бухарскому послу, который с мая оставался в Оренбурге.
Согласно проекту договора, русско-бухарская граница устанавливалась между Джизаком и Яны-Курганом и оттуда шла на север к устью Сырдарьи. И Россия, и Бухара были обязаны поддерживать мир на границе, пресекая набеги на территорию соседа. Семь из двенадцати статей договора были направлены на то, чтобы открыть Бухару для русских торговцев, которые получали право торговать, размещать караван-сараи и держать торговых представителей на всей территории ханства, а также иметь и приобретать там недвижимое имущество, что подлежало согласованию с генерал-губернатором в Ташкенте. Русские должны были платить такие же торговые пошлины, как и бухарцы. Бухара была обязана защищать русские караваны от грабителей и предоставить генерал-губернатору исключительное право уголовной юрисдикции в отношении всех русских, находящихся на территории ханства. Несмотря на специально оговоренный запрет эмиру иметь дело непосредственно с правительством Российской империи, договор никоим образом не ущемлял бухарский суверенитет. Кауфман изложил свое мнение на этот счет в письме к Стремоухову, когда проект договора был передан бухарскому послу: «Некоторых пунктов мы вообще не касались. Например, я счел несвоевременным и излишним оговаривать, что эмир не должен без нашего согласия брать на себя никаких политических обязательств в отношении соседних ханств или других стран в целом. Это несвоевременно, поскольку выдало бы наши опасения по поводу любых центральноазиатских альянсов или даже вмешательства англичан; мы не должны, как мне кажется, обозначать свои, даже воображаемые, слабые места. Это было бы излишним, поскольку мы в любом случае будем не в состоянии воспользоваться этой статьей договора. Пусть эмир сам придет к заключению, что интересы его страны требуют тесного союза с Россией и что любое злонамеренное влияние извне на наши взаимоотношения непременно плохо отразится прежде всего на нем самом». Короче говоря, этот договор соответствовал линии Петербурга по защите интересов России в Бухаре без установления прямого русского контроля над ней. Посол эмира в Оренбурге подписал договор, и он был направлен для ратификации Музаффару.