Тем временем русско-бухарские отношения ухудшались. Эмир возобновил свои попытки создать коалицию, включающую Коканд, Хиву, Кашгар и Афганистан, за которой стояли бы Турция и Великобритания, но его предложения повсеместно были отвергнуты. Еще больше Бухара настроила Россию против себя, когда в начале сентября лейтенант Служенко и еще трое военных были захвачены между Чиназом и Джизаком бандой грабителей, которую сколотил приграничный бухарский бек. Служенко пытали, угрожали убить и в конце концов вынудили принять ислам и поступить на службу к эмиру в качестве военного инструктора. В ноябре набеги приграничных беков участились, а ответа от Музаффара на проект договора по-прежнему не было. В декабре в Ташкент наконец прибыл бухарский посол. Он не привез подписанного экземпляра договора, однако не привез и новых требований и соглашался со всем, что ему говорили. Очевидно, эмир снова тянул время. 19 декабря Кауфман написал Музаффару, призывая его ратифицировать договор и требуя немедленного освобождения Служенко и его товарищей. Готовясь окончательно рассчитаться с Бухарой, Кауфман прикрыл свои тылы, заключив мир с Кокандом. Торговое соглашение, которое он подписал 29 января 1868 года, было 13 февраля ратифицировано ханом Худояром.
Вторая бухарская кампания, 1868 г
Музаффар ад-Дин еще не оставил надежду сопротивляться русским и зимой 1867–1868 года ввел чрезвычайные военные налоги на торговцев и мулл. Однако страх перед повторением поражений 1866 года заставлял его медлить с началом военных действий. Его положение внутри страны тоже было не слишком надежным. В интересах большей централизации государства Музаффар, продолжая политику своего отца по ограничению активности узбекской аристократии, в результате оттолкнул ее от себя. Дополнительную ненависть вызывала его неспособность остановить волну наступления неверных. В начале 1868 года мусульманское духовенство потребовало начать войну, утверждая, что, если эмир взимает военный налог, он обязан драться. К началу марта многие беки и богатые купцы присоединили свои гол оса к призывам начать войну в защиту страны и веры. Музаффар по-прежнему колебался. 2 марта Кауфман получил письмо от бухарского кушбеги, содержащее информацию, что Служенко и его товарищи освобождены, но ничего не сообщавшее о положительном ответе по поводу проекта договора, отправленного в сентябре прошлого года. Кауфман, в свою очередь, освободил бухарского посла, который с декабря оставался в Ташкенте, в надежде, что договор вскоре будет ратифицирован. В конце марта бухарская партия войны, возглавляемая духовенством, воспользовалась отсутствием эмира в столице и объявила священную войну против России. В Самарканде муллы оказались настолько буйными, что командир гарнизона, беглый сибирский казак Осман, был вынужден призвать войска для наведения порядка. Когда Музаффар вернулся в столицу, он встретился с такой враждебностью, что ему пришлось ретироваться в Кермине и оттуда, уступив партии войны, объявить священную войну. Ташкент узнал об этих событиях 8 апреля.
Кауфман выехал на фронт и 1 мая нанес поражение бухарской армии. В тот же день он получил ответ эмира на проект договора. Ответ оказался неприемлемым. Адресованный лично императору договор был переписан так, что создавал видимость, будто Музаффар добровольно предоставляет русским желаемые уступки. 2 мая Кауфман занял Самарканд. Надеясь, что теперь эмир будет более сговорчив, Кауфман остановился там и 11 мая предложил следующие условия заключения мира: торговое соглашение из шести пунктов, практически идентичное заключенному в феврале с Кокандом и включавшее основные статьи из проекта договора 1867 года; передача русским самаркандского бекства; уплата возмещения военных расходов и признание права собственности России на все завоеванное ею в Бухарском ханстве, начиная с 1865 года. Таким образом, мирные условия 1868 года существенно отличались от проекта договора предыдущего года. Не упоминалось о праве русских подданных иметь и приобретать недвижимость в Бухаре, а также право экстерриториальной уголовной юстиции в отношении русских на территории ханства. Несмотря на то что Кауфман выбросил статью, предписывавшую эмиру вести все дела с Россией только через генерал-губернатора, она подразумевала широкие полномочия, которые Кауфман получил при назначении, и фактически применялась с 1865 года, когда Черняев сорвал попытку эмира отправить посольство в Петербург. Но самое важное изменение касалось русско-бухарской границы. Захватив Самарканд, Россия получила контроль над водами реки Заравшан, от которой зависела жизнь Бухары и таким образом обеспечила себе решающее влияние на политику ханства.