Уважение России к целостности Бухары подверглось испытанию уже очень скоро после победы 1868 года. В конце лета того года старший сын эмира Абдул-Малик, катта-тюра (кронпринц), и бек Карши взбунтовались. В то время как Музаффар, уже имевший разногласия с аристократией и духовенством, добавил к своей непопулярности сдачу русским, катта-тюра, наоборот, был популярен благодаря своей непримиримой ненависти к ним. Он нашел приют в Шахрисабзе, где собрал все недовольные силы ханства и стал представлять серьезную угрозу для своего отца. Чтобы не допустить прихода к власти антироссийской партии и возобновления военных действий, а также чтобы продемонстрировать Музаффару ощутимые преимущества дружбы с русскими, генерал фон Кауфман решил поддержать эмира.
Чтобы припугнуть правителей Шахрисабза, генерал-губернатор приказал начальнику Заравшанского округа генерал-майору А.К. Абрамову усилить войска в Джаме, на границе между Самаркандом и Шахрисабзом, однако воздерживаться от активных военных действий.
Тем временем Абдул-Малик, подняв знамя мятежа в Бухаре, нашел союзников среди туркменских и казахских племен и даже в Хиве. В разное время мятежники удерживали Нурату, Чиракчи и Карши. В конце лета русская разведывательная экспедиция, направлявшаяся в сторону Китаба, вынудила беков Шахрисабза отозвать свои войска из Бухары и остановила наступление кронпринца. И все же угроза, что популярный, энергичный и враждебно настроенный Абдул-Малик может сместить своего непопулярного и уступчивого отца, оставалась. Поэтому, когда Музаффар позвал на помощь Абрамова, русский генерал двинулся на Карши, 21 октября разбил катта-тюру и через два дня занял Карши. После недолгой оккупации Абрамов 27 октября передал Карши эмиру. Музаффар был так благодарен за это своим русским избавителям, что попросил их захватить для него Шахрисабз и Яккабаг. Он даже предложил им оплатить военные расходы. Однако к тому времени Шахрисабз был так напуган демонстрацией русской силы, что его беки сами пообещали вернуть Яккабаг эмиру. Проблема Шахрисабза была временно устранена. Абдул-Малик с небольшим отрядом верных ему людей после еще нескольких попыток поднять мятежи в Шахрисабзе, Гиссаре, Карши и Кермине бежал в Нурату, а затем в конце декабря в Хиву. Остаток жизни он провел изгнанником в Хиве, Афганистане, Кашгаре и в конце концов в Индии, где и умер в 1909 году в Пешаваре.
Петербург плохо отнесся к экспедиции генерала Абрамова против Карши. 28 декабря Стремоухов предостерег Кауфмана в отношении нежелательности «военного вмешательства» в «политические дела соседнего ханства» и вновь настаивал на необходимости «как можно скорее уйти из Самарканда и всего Заравшанского округа» и «возвращении на восточную сторону» водораздела между бассейнами Амударьи и Сырдарьи.
Из-за разрушений, вызванных мятежом Абдул-Малика, Бухара просрочила выплату контрибуции России. В начале 1869 года русский промышленник и купец М.А. Хлудов предложил ссудить эмиру 276 000 рублей, которые тот был должен, если русское правительство выступит гарантом займа. Кауфман приветствовал предложение Хлудова как способ поставить Бухару в зависимость от русского капитала и таким образом укрепить политическое влияние русской столицы и ее экономические связи с Бухарой. Вероятно, чтобы избежать такого расширения активности русских в Бухаре, которое угрожало бы политике невмешательства, Петербург предложил Хлудову довольствоваться гарантиями займа от коммерческого сообщества Бухары. Тем не менее эмир согласился возложить это бремя на своих купцов, чтобы получить необходимые средства, и последняя часть контрибуции была выплачена спустя семь месяцев, в апреле 1870 года. Задержка отчасти объяснялась ходившими в Бухаре слухами, что Кауфман, который тогда находился в Петербурге, вот-вот будет заменен другим генерал-губернатором с последующим изменением русской политики.
Уверенность, что условия, предписанные ему в 1868 году, должны быть смягчены, не покидала эмира Бухары. Сразу же после заключения мирного договора в июне 1868-го Музаффар попросил дозволения, чтобы его четвертый и любимый сын Абдулфаттах-хан учился в Петербурге. Несмотря на то что император и Кауфман дали согласие, мятеж Абдул-Малика не позволил этому плану осуществиться. В июле 1869 года эмир решил послать своего любимца в Петербург в качестве номинального главы миссии, чтобы ходатайствовать перед императором о возвращении Бухаре территорий, завоеванных русскими. Хотя до покорения ханств правителям Центральной Азии было отказано в прямых сношениях с императорским правительством, после заключения договора 1868 года такие сношения допускались в качестве особой любезности. Коканд отправил в Петербург посольство вскоре после подписания своего договора в феврале 1868 года. Однако возможности таких посольств были ограничены чисто церемониальными функциями. В Петербурге в октябре 1869 года слова Кауфмана, что он обладает всеми правами решать вопросы на месте, были повторены бухарским послам еще раз. Александр II и его министры не только отказали эмиру в его просьбе, но и подтвердили, что отношения с соседними ханствами – это прерогатива генерал-губернатора Ташкента и Петербург не станет принимать непосредственного участия в этих делах. На обратном пути домой в марте 1870 года юный принц и сопровождавший его посол сделали в Ташкенте последнюю попытку добиться возвращения Самарканда, но она также не имела успеха.