Несмотря на то что возвращение Самарканда Бухаре неоднократно обсуждалось в России зимой 1869/70 года, на тот момент оно было невозможным шагом для Петербурга ввиду неопределенного будущего русско-бухарских взаимоотношений. Первоначальной причиной того, что дружба эмира дрогнула, мог стать отказ России в его просьбе помочь ему подчинить Шахрисабз осенью 1868 года. Другим фактором, способствовавшим усилению напряженности в отношениях с Россией, стали действия эмира на востоке ханства в 1869–1870 годах. После шести-семимесячной кампании в 1869 году войска Музаффара захватили Гиссар и Куляб, беки которых никогда не признавали власти эмира и поддержали мятеж Абдул-Малика. В начале 1870 года войска Бухары подошли к Каратегину. Вплоть до лета предыдущего года Каратегин де факто был независимым, хотя формально подчинялся Коканду. В то время как войска Бухары устанавливали ее власть в Гиссаре и Кулябе, кокандские войска вошли в Каратегин и, захватив в плен его правителя Музаффар-шаха, отправили его в Коканд и посадили на его место Шир-Али. После покорения Куляба Бухара обвинила Шир-Али, что он поддерживал бывшего бека Куляба Сари-хана. Бухарские войска вошли в Каратегин и помогли племяннику Музаффар-шаха Рахиму изгнать Шир-Али. Хан Коканда пожаловался в Ташкент, что Бухара вторглась в его владения. Генералу фон Кауфману как представителю державы, от которой зависели оба ханства, важно было не допустить столкновения между ними, поскольку проигравший затаил бы обиду на Россию. Решив, что письмо, согласно которому Шир-Али участвовал в борьбе Сари-хана с Бухарой, было фальшивкой, Кауфман посоветовал эмиру вернуть Каратегин Коканду и убедить Худояра отложить задуманную им экспедицию для возвращения этой провинции. Однако в это время Шир-Али был схвачен бухарцами при попытке отвоевать Каратегин. Тогда Кауфман предложил компромисс. Эмир должен был освободить Шир-Али, а Худояр – Музаффар-шаха и снова сделать его правителем Каратегина. Бухара и Коканд согласились на план Кауфмана, но Мухаммад Рахим успешно отбил попытку Коканда вернуть правление в руки его дяди и продолжил править Каратегином как независимым государством еще шесть лет. Несмотря на то что посредничество России в споре за Каратегин, возможно, усилило ее влияние, оно мало чем помогло снизить напряженность между Ташкентом и Бухарой. Кауфмана, безусловно, задела попытка эмира вступить в переговоры с Петербургом через его голову. Кроме того, как считал Милютин, его также рассердило, что Музаффар предпринял экспедицию в Гиссар и Куляб без его ведома и согласия. Музаффар, со своей стороны, был разочарован неудачей миссии своего сына в России и, возможно, тоже чувствовал себя задетым восстановлением власти Коканда над Каратегином. Несмотря на заключенное в конце 1869 года соглашение между Кауфманом и эмиром, позволявшее каждому из государств преследовать грабителей на территории другого и ставшее необходимым из-за распространения на границе беспорядков, которые сопутствовали вспыхнувшей в восточной части Бухары междоусобице, к весне 1870 года Ташкент смотрел на Бухару с большим подозрением.
В начале 1869 года Кауфман доложил Милютину, что в Бухаре растут антирусские настроения и что Музаффар колеблется между страхом перед Россией и страхом перед эмиром Кабула и британским протеже Шир-Али. Вопреки уверениям Стремоухова, что центральноазиатская коалиция против России является «несбыточной фантазией», Кауфман в январе и феврале 1870 года по-прежнему предупреждал о планах Шир-Али усилить свою позицию на Амударье и втянуть Бухару, Шахрисабз и Хиву в антирусский альянс. В марте и апреле Кауфман сообщал Милютину о своих подозрениях, что Бухара ведет переговоры с Турцией, а также с Хивой и Афганистаном.