Весной 1871 года цикл русско-бухарских взаимоотношений стал повторяться. Из-за неурожая предыдущей осенью в Бухаре начался голод. Многие бухарцы считали причиной неурожая нехватку воды для орошения и обвиняли русских из Самарканда, что они не воспользовались дамбой и не обеспечили Бухаре достаточно воды. Более того, из-за высоких цен на зерно в русском Туркестане Кауфман запретил любой экспорт зерна. Попытки Музаффара добиться снятия запрета, чтобы уменьшить проблему голода, закончились неудачей. Самое большее, что мог сделать Кауфман, – это отправить в качестве подарка 54 тонны зерна. Бухару наводнили слухи о заговоре против эмира и возобновлении переговоров эмира с соседними правителями против России. Несмотря на все уверения Музаффара в дружбе с Россией, генерал-губернатор был обеспокоен этими слухами. По этой причине весной 1871 года он отправил в Бухару К.В. Струве, чтобы тот собрал информацию о положении дел там, заверил эмира в поддержке России и узнал мнение того насчет предполагавшейся русской кампании против Хивы. Струве, профессиональный дипломат, возглавлявший злополучное посольство 1865–1866 годов, с 1868 по 1873 год был прикомандирован к Кауфману в качестве дипломатического доверенного лица и связующего звена с Министерством иностранных дел. На этот раз Струве удалось прояснить обстановку. Он пришел к заключению, что эмир настроен к России благожелательно. Музаффар заявил, что готов разрешить русским войскам пройти по его территории в направлении Хивы и обеспечить эти войска необходимым продовольствием. Говоря словами британского посла в России, отношения Ташкента с Бухарой снова стали «полностью удовлетворительными».
В июне Кауфман в очередной раз продемонстрировал доказательства добрых намерений России в отношении эмира Бухары. Один из вновь назначенных беков Шахрисабза посетил генерал-губернатора в Самарканде и выказал ему уважение, которое полагалось выказывать только одному эмиру. За такое нарушение этикета Музаффар сместил бека, и тот бежал в Самарканд. При отсутствии какого-либо договора об экстрадиции и с учетом неподчинения эмира требованию русских о выдаче дезертиров Кауфман вполне мог предоставить беку убежище. Вместо этого, чтобы доказать намерение России поддерживать власть эмира над его подданными, генерал фон Кауфман передал ему беглеца, который по совету генерала получил прощение Музаффара.
Зимой 1871/72 года вопрос об использовании воды из реки Заравшан был наконец решен. В Самарканде собрался комитет, состоявший из трех русских и трех бухарцев, под председательством генерал-майора Абрамова, который принял решение заменить старые водораспределительные сооружения, которые приходилось каждый год ремонтировать, на новые, построенные за счет русского правительства. Раньше использовавшие воду для орошения крестьяне, большая часть которых проживала с бухарской стороны границы, платили ежегодный налог, чтобы покрыть расходы на ремонт. Теперь эти средства должны были идти на оплату расходов, потраченных Россией в ходе строительства новых сооружений. Кроме того, было решено, что два раза в год, если Бухара сообщит о нехватке воды, каналы на самаркандском участке будут закрыты, чтобы повысить уровень воды в реке на территории ханства.
В этот же период решился и другой вопрос, стоявший перед русской оккупационной администрацией в Самарканде. Раньше бухарское духовенство получало доход от большого количества вакуфных земель (участков, принадлежащих мусульманским религиозным и благотворительным институтам), которые теперь оказались под управлением русских в Заравшанском округе. Точно также самаркандское духовенство владело многими участками на территории, по-прежнему остававшейся под управлением эмира. Поскольку доходы от участков на территории ханства были больше, чем доходы от участков в Заравшанском округе, Музаффар конфисковал первые и разрешил Кауфману конфисковать вторые.
Услужливое поведение Кауфмана в случае с беглым беком из Шахрисабза и урегулирование вопросов с водой Заравшана и вакуфными землями помогли примирить Музаффара с его новым статусом клиента России. Но еще более действенной в этом отношении стала неудача его последнего отчаянного обращения к Британии и Турции за помощью против России. Посольства, отправленные летом 1871 года в Калькутту и Константинополь, вернулись на следующий год, не привезя с собой даже обещания поддержки. Тем временем опасения Бухары в отношении грядущего нападения русских развеялись весной 1872 года, когда эмир по предложению Кауфмана отправил посольство в Ташкент, чтобы убедиться в отсутствии каких-либо военных приготовлений со стороны России. На обратном пути в Бухару в конце апреля посольство сопровождал чиновник Министерства финансов Н.Ф. Петровский, чьей основной задачей было выяснить состояние русской торговли с Бухарой.