В 1872 году было наложено первое ограничение на суверенное право эмира поддерживать отношения с другими государствами, кроме России. Мирный договор 1868 года никак не ограничивал этого права. Музаффар продолжал обмениваться посланиями с Хивой, Афганистаном и Османской империей. Но когда весной 1872 года бухарский посол явился в Константинополь в поисках турецкой и британской помощи против России, Ташкент возмутился. Впоследствии Музаффар согласился отказаться от своего права напрямую контактировать с Портой без предварительного уведомления генерал-губернатора Туркестана. Но на этом проблемы, видимо, не закончились, поскольку в январе 1873 года посол России в Константинополе жаловался по поводу действий другого посланца из Бухары.
Вопрос о заключении нового договора
Результаты первых четырех с половиной лет зависимости Бухары от России оказались для генерала фон Кауфмана несколько разочаровывающими. Между Бухарой и Ташкентом то и дело возникали трения. Музаффар заигрывал с антирусскими правителями Афганистана, Хивы и Турции; его правительство пыталось скрыть продолжающуюся работорговлю; поддержание взаимоотношений с помощью спорадических миссий оказалось неудовлетворительным; русская торговля в Бухаре расширялась недостаточно активно.
Короче говоря, из-за российской политики невмешательства во внутренние дела ханств и крайнего нежелания возлагать на империю дополнительное бремя, политическое и экономическое господство России над Бухарой оказалось далеко не полным.
Уже в 1871 году Кауфман предлагал дополнить несовершенные договоренности 1868 года новым, куда более обязывающим договором. Предложение генерал-губернатора должно было: 1) сделать более определенной существующую русско-бухарскую границу, оставляя Заравшанский округ за русскими; 2) разместить в Бухаре русского торгового представителя, а в Ташкенте – постоянного представителя эмира; 3) отрегулировать выдачу коммерческих виз и паспортов; 4) обеспечить русским подданным в Бухаре право заключать разнообразные сделки и использовать природные ресурсы страны; 5) сделать обязательным выдачу беглых преступников; 6) установить регламент ведения судебных процессов между русскими и бухарцами. Кроме того, Кауфман предложил секретное дополнение к новому договору, которое обязывало эмира: 7) следовать предписаниям русского правительства при ведении дел с другими соседями ханства; 8) следовать советам генерал-губернатора Туркестана при назначении кушбеги и беков в провинциях, граничащих с Россией; 9) не предоставлять судам Афганистана и других иностранных держав права прохода по Амударье; 10) дать России право иметь пароходные пристани на бухарских берегах Амударьи. Со своей стороны, оно обязывало генерал-губернатора: 11) помогать эмиру в борьбе с внутренними и внешними врагами в случаях, если сама Бухара не является агрессором; 12) гарантировать владениям эмира существующие границы; 13) ходатайствовать перед императором о признании наследником эмира того из его сыновей, кого назначит Музаффар, и о гарантиях того, что к нему перейдут владения его отца (беглый Абдул-Малик был бы навсегда лишен права наследования). Наконец, 14) оно обязывало Музаффара в качестве любезности императору запретить работорговлю и принять шаги к постепенному запрету рабства как такового. Предложенное Кауфманом секретное соглашение резко ограничивало суверенитет эмира Бухары и делало его де-юре вассалом Российской империи. Его лишили бы контроля над международными делами Бухары, права делать важные назначения, распоряжаться собственной территорией, а Россия получила бы право голоса при назначении его преемника.
Предложения генерал-губернатора абсолютно не пришлись по вкусу Петербургу. На заседании правительства, прошедшем в столице 4 ноября 1872 года, наиболее радикальные статьи были отвергнуты, а остальные приняты, но только в смягченном виде. Кауфману велели: 1) установить в Заравшанском округе такую же систему управления и налогообложения, как в остальной части русского Туркестана (до сих пор в Самарканде сохранялась старая бухарская административная система), но не делать публичных заявлений об аннексии Заравшанского округа; 2) дать ясно понять эмиру, что Россия намеревается действовать как добрый сосед и не собирается аннексировать или подчинять его страну, хотя русское влияние в ханстве продолжит превалировать; 3) при благоприятных обстоятельствах заключить с эмиром новый договор, включающий в себя размещение в бухарских городах русских торговых агентов и постоянного представителя Бухары в Ташкенте, а также подготовку подробных правил ведения торговли, занятия ремеслами, заключения сделок, выдачу паспортов и передачу беглых преступников; 4) отказаться от идеи заключения секретного соглашения. Если эмир согласен, то в новый договор можно будет включить обязательство прекратить работорговлю. Советы, касающиеся международных дел эмира и назначений на важные должности людей, выгодных России, могут передаваться эмиру неофициально генерал-губернатором. А если бы эмир сам обратился с соответствующей просьбой, Петербург не будет против признания наследником одного из его сыновей.