На самом деле концепции нейтральной зоны и сфер влияния были бы совместимы при наличии нейтральной зоны между сферами влияния. Однако в ноябре 1869 года Лондон и Калькутта исключили возможность создания нейтральной зоны. Убедившись, что эмир Шир-Али уверенно контролирует афганский Туркестан до самой Амударьи, они отказались от первоначальной идеи Кларендона и объявили Амударью северной границей Афганистана, как это было в последние годы правления Дост Мухаммада. В феврале 1870 года британский посол в Петербурге сэр Эндрю Бьюкенен предложил Горчакову и Стремоухову, чтобы Россия последовала политике, похожей на политику Калькутты, по созданию на русской границе «ряда находящихся под ее влиянием, но не подчиненных, или нейтральных, государств». Когда в ноябре 1872 года русский товарищ министра иностранных дел Вестман снова вернулся к идее нейтральной зоны, преемник Бьюкенена лорд Август Лофтус ответил: «Термин „нейтральная зона“… относится только к независимым государствам, расположенным между [южной] границей Афганистана и границей России, и этой роли отлично соответствует Бухара на севере и даже, пожалуй, Афганистан к югу от Оксуса». Поскольку лорд Гранвиль, который после смерти Кларендона в 1870 году занял пост министра иностранных дел, однозначно подтвердил слова Лофтуса, они могли считаться официальной точкой зрения Британии по этому вопросу. По мнению Лондона, нейтральная зона в действительности не являлась нейтральной, а состояла из британской и русской сфер влияния по обе стороны Амударьи.
Россия, со своей стороны, в течение трех лет отказывалась признавать Амударью северной границей Афганистана, настаивая, что Бадахшан, расположенный к югу от верховий этой реки, вместе с зависимым от него Ваханом является независимым государством, более того, государством, сохранение которого в качестве буфера жизненно важно для безопасности Бухары, Коканда и Кашгара. Бадахшан, подобно клинку, врезался в земли на правом берегу реки. Принадлежность этого стратегического клина к Афганистану создала бы особую опасность Бухаре, недавно получившей контроль над Кулябом, бежавший бек которого жил при дворе афганского эмира. Отказываясь признавать Амударью по всей длине границей Афганистана, Петербург фактически добивался создания нейтральной зоны, пусть даже ограниченной горным регионом, удаленным от основных дорог, соединявших Афганистан и Бухару. Настойчивость России в отношении этого, казалось бы, мелкого пункта была, без сомнения, тактическим ходом с целью избежать обязывающего урегулирования в Центральной Азии, пока Россия не решит своих проблем с Хивой. Подписание соглашения с Британией, пока Хива остается враждебной, могло ограничить свободу России в ее действиях в отношении хивинского хана. В апреле 1869 года Кларендон посчитал, что договоренность запрещает России иметь любой постоянный плацдарм на левобережных землях Амударьи, принадлежащих Хиве. Предложение Мэйо от июня 1869 года, согласно которому Хива отходила к сфере влияния России, что в большей степени соответствовало интересам русских, так никогда и не было передано Петербургу в качестве официального. Таким образом, если бы договоренность по Центральной Азии была достигнута, пока не решен вопрос с Хивой, Россия могла многое потерять и ничего не получить, кроме признания Британией уже полученных русскими территориальных приобретений.
Британия, которая инициировала эти переговоры из-за беспокойства о приближении русских к Индии, в конце концов довела их до успешного завершения. В сентябре 1872 года лорд Гранвиль справедливо предположил, что Петербург был бы готов заручиться благожелательным отношением Британии во время предстоящей кампании против Хивы, согласившись определить афганскую границу на условиях Лондона. Несмотря на то что поначалу Горчаков снова представил свои возражения в отношении признания афганского суверенитета над Бадахшаном и Ваханом и снова предложил считать нейтральной зоной весь Афганстан, он довольно быстро уступил после того, как Россия приняла решение атаковать Хиву. 31 января 1873 года Горчаков признал афганскую границу в соответствии с заявлением Великобритании и пониманием, что Британия «употребит все свое влияние», чтобы убедить Кабул поддерживать мир и воздерживаться от дальнейших завоеваний. В действительности возможность создания нейтральной зоны была отвергнута в пользу граничащих друг с другом сфер влияния, хотя в течение следующих нескольких лет Россия заявляла, что договоренность 1873 года создала в Афганистане промежуточную нейтральную зону. Только в феврале 1876 года, когда Петербург стал опасаться реакции Британии на его действия против Коканда, он наконец согласился с мнением Лондона, что Афганистан – это часть британской зоны влияния, как Бухара – российской.