Бекства, в свою очередь, делились на налоговые округа (по-русски амлакдарства), количество которых колебалось от двух (Бурдалык) до двадцати (Гиссар), в зависимости от размера бекства. Каждый округ управлялся амлакдаром, назначенным беком из его родственников и фаворитов, и его администрация повторяла в миниатюре структуру администрации бекства со своими закятчи, казн и раисами. Однако амлакадар был всего лишь сборщиком налогов, не обладавшим никакими другими функциями бека. На нижнем уровне управления каждый кишлак (деревня) выбирал своего аксакала (старейшину), который имел минимум обязанностей и являлся нижним элементом административной иерархии.
Ни один из наиболее важных членов этой огромной бюрократической машины не получал жалованья. Сановники центрального правительства зависели от милостей эмира в форме земельных угодий и других подарков, а также от сборов и штрафов, которые их ведомствам удавалось собирать с населения. Провинциальные чиновники жили за счет земли по образу, напоминавшему существовавшую в древней Московии систему «кормления»: каждый бек оставлял себе определенную долю собранных налогов, которую считал необходимой для содержания себя и своего двора, а разницу передавал эмиру.
Вся административная иерархия заполнялась почти исключительно узбеками. Поразительное исключение являла должность кушбеги, на которую, начиная с конца XIX века до 1910 года, неизменно назначались персы-рабы или их потомки. Таким образом уменьшалась политическая власть узбекской аристократии и обеспечивалась полная зависимость кушбеги от его хозяина-эмира.
Помимо светской и гражданской иерархии существовала полуофициальная религиозная иерархия во главе с кази-каланом. Он назначал муфтиев — знатоков шариата (мусульманского права), которых часто приглашали для рассмотрения судебных дел. Муфтии обычно выполняли функции мударрисов (преподавателей) в медресе (семинариях или школах). Кази, муфтии и улемы (ученые теологи) почти всегда были выходцами из социальных групп сайидов (реальных или воображаемых потомков дочери пророка) и ходжи (потомком трех первых халифов). Эти религиозные деятели вместе с наследственными социальными группами, из которых они происходили, и муллами (учеными людьми, не обязательно занимавшими религиозные должности) составляли влиятельный класс, заинтересованный в защите традиций и религиозной ортодоксии.
Хива, в отличие от своего более крупного соседа, обладала географической целостностью и компактностью. Хивинское ханство состояло из одного оазиса и той части окружающих его пустынь, которую могли контролировать его правители. Экономическим и политическим центром страны была южная часть оазиса, наиболее густонаселенная и интенсивно культивируемая. На дальнем севере находилась дельта Амударьи, покрытая почти непроходимыми зарослями кустарника и тростника и изрезанная бесчисленными устьями великой реки. Население Хивы в конце XIX века, вероятно, приближалось к 700 000–800 000 человек, из которых 72 % были оседлыми, 22 % – полукочевниками и 6 % – кочевниками, что примерно соответствует тем же пропорциям в Бухаре. Около 60 % населения жили в южной части оазиса. Только 5 % – в городах, почти вполовину меньше, чем в Бухаре, а сами города были гораздо меньше, чем в Бухаре. Значительное количество постоянных жителей имелось только в столице (19 000 человек) и торговом центре Ургенч (всего 6000).
Несмотря на свою географическую цельность, этнически Хива была гомогенной не больше, чем Бухара. Большинство, близкое к 65 %, составляли в Хиве узбеки, а полукочевники-туркмены были крупным меньшинством в 27 %, что грубо соответствует размеру таджикского меньшинства в Бухаре. Узбеки доминировали в важной нижней части оазиса, тогда как полукочевники-туркмены занимали южные и западные окраины. На севере концентрировались две другие тюркские группы: в дельте реки жили полукочевники-каракалпаки, составлявшие 4 % населения, значительно меньшая группа кочевников-казахов обитала на северо-западной окраине оазиса. По своему вероисповеданию Хива была почти полностью суннитской, шиитские и немусульманские меньшинства практически отсутствовали.
Хивинский хан обладал такой же единоличной властью, как эмир Бухары. Однако административная структура, в основе своей схожая с бухарской, имела важные отличия, отражавшие географические отличия между двумя государствами. Благодаря тому, что Хива была маленьким компактным государством, ее центральное правительство могло обеспечивать себе реальную монополию власти, делегируя провинциальной администрации минимум полномочий. Однако формальная организация и разграничение функций были проработаны слабо. Хивинский диванбеги был примерно эквивалентен бухарскому кушбеги, но обычно он исполнял еще обязанности командующего армией и сборщика закята. Южной и северной половиной страны управляли соответственно мехтер и кушбеги, чья власть ограничивалась сбором налогов. В целом власть любого сановника зависела больше от его личных взаимоотношений с ханом, чем от конкретного поста, который он занимал. В Хиве также существовали кази-каланы и религиозная иерархия, но они обладали меньшим влиянием, чем их коллеги в Бухаре.